PROTEIN (NF-KAPPA B P65 SUBUNIT)
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 | 链 A; UniProt 19–291 | 未记录 | ;DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*C)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*C)-3') ; × 1 PROTEIN (NF-KAPPA B P50 SUBUNIT) × 1 (P25799) | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | 分辨率 2.90 Å R-free 0.320 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1VKX | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BFT STRUCTURE OF NF-KB P65 HOMODIMER BOUND TO A KB SITE 提交 1997-09-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
191–291(101 aa)
片段:DIMERIZATION DOMAIN
链 B
191–291(101 aa)
片段:DIMERIZATION DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å R-free 0.294 |
| 1IKN IKAPPABALPHA/NF-KAPPAB COMPLEX 提交 1998-11-13 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
19–304(286 aa)
片段:N-TERMINAL AND DIMERIZATION DOMAINS
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7;pH 7.00
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.277 |
| 1K3Z X-ray crystal structure of the IkBb/NF-kB p65 homodimer complex 提交 2001-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
191–326(136 aa)
片段:p65 dimerization domain
链 B
191–326(136 aa)
片段:p65 dimerization domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.256 |
| 1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 A
20–291(272 aa)
片段:p65 RHR
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;291 K;50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.293 |
| 1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 E
20–291(272 aa)
片段:p65 RHR
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;291 K;50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.293 |
| 1LE9 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to the Ig/HIV-kB siti 提交 2002-04-09 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 A
20–291(272 aa)
片段:p65 RHR
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.305 |
| 1LE9 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to the Ig/HIV-kB siti 提交 2002-04-09 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 E
20–291(272 aa)
片段:p65 RHR
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.305 |
| 1LEI The kB DNA sequence from the HLV-LTR functions as an allosteric regulator of HIV transcription 提交 2002-04-09 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 A
20–291(272 aa)
片段:p65 RHR
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
SMALL TUBES;pH 6.5;291 K;PEG 3350, CaCl2, sodium spermine, pH 6.5, SMALL TUBES, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.284 |
| 1MY5 NF-kappaB p65 subunit dimerization domain homodimer 提交 2002-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
191–304(114 aa)
片段:residues 191-304 (dimerization domain)
链 B
191–304(114 aa)
片段:residues 191-304 (dimerization domain)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;291 K;0.1M sodium HEPES, 0.2M sodium tartrate, 2M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.221 |
| 1MY7 NF-kappaB p65 subunit dimerization domain homodimer N202R mutation 提交 2002-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
191–304(114 aa)
片段:residues 191 - 304 (dimerization domain)
链 B
191–304(114 aa)
片段:residues 191 - 304 (dimerization domain)
|
突变:N202R 突变:N202R | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;291 K;0.l M sodium HEPES, 0.2 M sodium tartrate, 2 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.247 |
| 1OY3 CRYSTAL STRUCTURE OF AN IKBBETA/NF-KB P65 HOMODIMER COMPLEX 提交 2003-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 B
191–326(136 aa)
片段:p65 dimerization domain
链 C
191–326(136 aa)
片段:p65 dimerization domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.8;291 K;PEG 8000, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.247 |
| 1RAM A NOVEL DNA RECOGNITION MODE BY NF-KB P65 HOMODIMER 提交 1997-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 A
19–291(273 aa)
片段:P65 SUBUNIT, RESIDUES 19 - 291
链 B
19–291(273 aa)
片段:P65 SUBUNIT, RESIDUES 19 - 291
|
未记录 | DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;291 K;crystallized from PEG 3350, CACL2, BETA-OCTYL GLUCOPYRANOSIDE, HEPES and GLYCEROL, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.00K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.324 |
| 2I9T Structure of NF-kB p65-p50 heterodimer bound to PRDII element of B-interferon promoter 提交 2006-09-06 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 A
19–291(273 aa)
片段:residues 19-291
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.6;293 K;8% PEG 5K monomethylether, 200mM sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.60
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.288 |
| 2RAM A NOVEL DNA RECOGNITION MODE BY NF-KB P65 HOMODIMER 提交 1997-11-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 A
19–291(273 aa)
片段:P65 RESIDUES 19 - 291
链 B
19–291(273 aa)
片段:P65 RESIDUES 19 - 291
|
未记录 | DTV (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5;pH 7.5
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.308 |
| 5U01 Cooperative DNA binding by two RelA dimers 提交 2016-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:hexameric |
链 A
19–291(273 aa)
片段:UNP residues 19-291
链 B
19–291(273 aa)
片段:UNP residues 19-291
链 C
19–291(273 aa)
片段:UNP residues 19-291
链 D
19–291(273 aa)
片段:UNP residues 19-291
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 5.5;293 K;Nacit 5.5 100mM, CaCl2 10mM, DTT 10mM, PEG 3350 15%.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.274 |
| 6GGR Crystal structure of Salmonella zinc metalloprotease effector GtgA in complex with p65 提交 2018-05-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
20–188(169 aa)
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Crystallyzation conditions: 0.1 M Tris pH 8.3, 0.5 M LiCl and 32.5% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.252 |
| 8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 A
19–98(80 aa)
链 A
191–291(101 aa)
链 B
19–98(80 aa)
链 B
191–291(101 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.2M Sodium/Potassium phosphate
0.1M Bis Tris propane pH 6.5
20% PEG 3350
10mM DTT
0.5% BOG
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.329 |
| 8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 G
19–98(80 aa)
链 G
191–291(101 aa)
链 H
19–98(80 aa)
链 H
191–291(101 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.2M Sodium/Potassium phosphate
0.1M Bis Tris propane pH 6.5
20% PEG 3350
10mM DTT
0.5% BOG
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.329 |
| 8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 信息不足 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 K
19–98(80 aa)
链 K
191–291(101 aa)
链 L
19–98(80 aa)
链 L
191–291(101 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.2M Sodium/Potassium phosphate
0.1M Bis Tris propane pH 6.5
20% PEG 3350
10mM DTT
0.5% BOG
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.329 |
| 8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 信息不足 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 O
19–98(80 aa)
链 O
191–291(101 aa)
链 P
19–98(80 aa)
链 P
191–291(101 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.2M Sodium/Potassium phosphate
0.1M Bis Tris propane pH 6.5
20% PEG 3350
10mM DTT
0.5% BOG
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.329 |
| 9BDU NF-kappaB RelA homo-dimer bound to AT-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 A
19–304(286 aa)
片段:residues 19-304
链 B
19–304(286 aa)
片段:residues 19-304
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;PEG3350, MES, beta-octylglucoside, spermine
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.273 |
| 9BDV NF-kappaB RelA homo-dimer bound to TA-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 A
19–304(286 aa)
片段:residues 19-304
链 B
19–304(286 aa)
片段:residues 19-304
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.230 |
| 9BDW NF-kappaB RelA homo-dimer bound to GC-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 A
19–304(286 aa)
片段:residues 19-304
链 B
19–304(286 aa)
片段:residues 19-304
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.227 |
| 9BDX NF-kappaB RelA homo-dimer bound to CG-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 A
19–304(286 aa)
片段:residues 19-304
链 B
19–304(286 aa)
片段:residues 19-304
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.374 |
| 9E6W NF-kappaB RelA homo-dimer bound to a kappaB site of Cxcl2 gene 提交 2024-10-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 A
19–304(286 aa)
片段:residues 19-304
链 B
19–304(286 aa)
片段:residues 19-304
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;Tris HCl 25mM pH 7.5, NaCl 50 mM, DTT 1 mM, MES 50 mM pH 5.5, CaCl2 2 mM, Spermidine 1 mM, b-D-octylglucopyranoside 0.05%, Ammonium chloride 50 mM, PEG3350 14%
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.283 |
共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
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| UniProt名称 | TF65_MOUSE |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 3 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–273; UniProt 19–291 |