1vkx

CRYSTAL STRUCTURE OF THE NFKB P50/P65 HETERODIMER COMPLEXED TO THE IMMUNOGLOBULIN KB DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (NF-KAPPA B P65 SUBUNIT)

物种未注明

UniProt Q04207

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 19–291 未记录 ;DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*C)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*C)-3') ; × 1 PROTEIN (NF-KAPPA B P50 SUBUNIT) × 1 (P25799) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.90 Å R-free 0.320

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TF65_MOUSE
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–273; UniProt 19–291

PROTEIN (NF-KAPPA B P50 SUBUNIT)

物种未注明

UniProt P25799

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 39–350 未记录 ;DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*C)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*C)-3') ; × 1 PROTEIN (NF-KAPPA B P65 SUBUNIT) × 1 (Q04207) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.90 Å R-free 0.320

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NFKB1_MOUSE
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–312; UniProt 39–350

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1vkx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1vkx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1vkx
沉积日期 deposition_date1997-09-17
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE NFKB P50/P65 HETERODIMER COMPLEXED TO THE IMMUNOGLOBULIN KB DNA
关键词 keywordsTRANSCRIPTION FACTOR, NF-KB, HETERODIMER, DNA-BINDING, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.63
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.14
零角强度 I(0) i099620600.00
分子量 molecular_weight73131.0 kDa
排除体积 excluded_volume89072 ų
包络体积 envelope_volume115930 ų
水化壳体积 shell_volume32691 ų
包络直径 envelope_diameter109.4
壳层 Rg shell_rg36.04
包络 Rg envelope_rg31.30
形状 Rg shape_rg31.18
总 Rg total_rg31.43
总原子数 total_atoms5116
残基数 n_residues609
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.8
Rg (实空间) rg_real30.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.94
I(0) (实空间) i0_real9.9620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.68
I(0) (倒空间) i0_reciprocal99620000.0000
解质量估计 total_estimate0.8805
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.9
偏度 Skewness skewness0.384
峰度 Kurtosis kurtosis-0.369
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13090000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.921; Smooth: 0.917

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1vkxa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1vkxa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain
结构域编号 domain_idd1vkxb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1vkxb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1vkxA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain
结构域编号 domain_id1vkxA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1vkxB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain
结构域编号 domain_id1vkxB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)