SAXSdb — 1vmf

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vmf
沉积日期 deposition_date	2004-09-23
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF a YBJQ-LIKE FOLD PROTEIN OF UNKNOWN FUNCTION (BH3498) FROM BACILLUS HALODURANS AT 1.46 A RESOLUTION
关键词 keywords	STRUCTURAL GENOMICS, JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS, JCSG, PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE, PSI, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.78 Å
零角强度 I(0) i0	38273500.00
分子量 molecular_weight	46415.0 kDa
排除体积 excluded_volume	57395 Å³
包络体积 envelope_volume	64341 Å³
水化壳体积 shell_volume	25808 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.6 Å
壳层 Rg shell_rg	27.60 Å
包络 Rg envelope_rg	19.98 Å
形状 Rg shape_rg	19.79 Å
总 Rg total_rg	20.63 Å
总原子数 total_atoms	3261
残基数 n_residues	407
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.8 Å
Rg (实空间) rg_real	20.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9065
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.012
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.529
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9464000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.993

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	hypothetical protein
分子量 formula_weight	16563.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	3727

MGSDKIHHHHHHMKTFHLTTQSRDEMVDITSQIETWIRETGVTNGVAIVSSLHTTAGITVNENADPDVKRDMIMRLDEVYPWHHENDRHMEGNTAAHLKTSTVGHAQTLIISEGRLVLGTWQGVYFCEFDGPRTNRKFVVKLLTD

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus halodurans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	86665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	417

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1vmfa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.273 — YjbQ-like
超家族 Superfamily superfamily	d.273.1 — YjbQ-like
家族 Family family	d.273.1.1 — YjbQ-like

结构域编号 domain_id	d1vmfa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vmfb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.273 — YjbQ-like
超家族 Superfamily superfamily	d.273.1 — YjbQ-like
家族 Family family	d.273.1.1 — YjbQ-like

结构域编号 domain_id	d1vmfb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vmfc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.273 — YjbQ-like
超家族 Superfamily superfamily	d.273.1 — YjbQ-like
家族 Family family	d.273.1.1 — YjbQ-like

结构域编号 domain_id	d1vmfc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1vmfA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	460 — YjbQ-like

结构域编号 domain_id	1vmfB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	460 — YjbQ-like

结构域编号 domain_id	1vmfC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	460 — YjbQ-like

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.601 Å
晶胞边长 b length_b	58.951 Å
晶胞边长 c length_c	134.964 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.460 Å
最低分辨率 resolution_low	29.480 Å
R 因子 r_factor	0.1496
R_work r_work	0.1483
R_free r_free	0.1748

fit	/app/data/saxs_computation/vm/1vmf/1vmf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vm/1vmf/1vmf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vm/1vmf/1vmf.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF a YBJQ-LIKE FOLD PROTEIN OF UNKNOWN FUNCTION (BH3498) FROM BACILLUS HALODURANS AT 1.46 A RESOLUTION

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)