SAXSdb — 1vrl

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vrl
沉积日期 deposition_date	2005-03-08
结构标题 title	MutY adenine glycosylase in complex with DNA and soaked adenine free base
关键词 keywords	DNA repair, DNA glycosylase, 8-oxoguanine, protein-DNA complex, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.62 Å
零角强度 I(0) i0	37416200.00
分子量 molecular_weight	43359.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52440 Å³
包络体积 envelope_volume	63011 Å³
水化壳体积 shell_volume	23811 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.9 Å
壳层 Rg shell_rg	29.14 Å
包络 Rg envelope_rg	22.91 Å
形状 Rg shape_rg	22.64 Å
总 Rg total_rg	23.29 Å
总原子数 total_atoms	3026
残基数 n_residues	365
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.7 Å
Rg (实空间) rg_real	22.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.8680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37420000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8503
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.501
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.033
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8224000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.721; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.930

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(APAPGPAPCP(8OG)PTPGPGPAP*C)-3'
分子量 formula_weight	3423.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	3136

AAGACGTGGAC

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(TPGPTPCPCPAP(HPD)PGPTPCP*T)-3'
分子量 formula_weight	3209.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

TGTCCAXGTCT

Entity 3 polymer

描述 description	MutY
分子量 formula_weight	42091.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.-
突变 mutation	D144N, F347S, K357E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GSHMTRETERFPAREFQRDLLDWFARERRDLPWRKDRDPYKVWVSEVMLQQTRVETVIPYFEQFIDRFPTLEALADADEDEVLKAWEGLGYYSRVRNLHAAVKEVKTRYGGKVPDDPDEFSRLKGVGPYTVGAVLSLAYGVPEPAVNGNVMRVLSRLFLVTDDIAKPSTRKRFEQIVREIMAYENPGAFNEALIELGALVCTPRRPSCLLCPVQAYCQAFAEGVAEELPVKMKKTAVKQVPLAVAVLADDEGRVLIRKRDSTGLLANLWEFPSCETDGADGKEKLEQMVGEQYGLQVELTEPIVSFEHAFSHLVWQLTVFPGRLVHGGPVEEPYRLAPEDELKAYAFPVSHQRVWREYKEWASGVRPPP

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENINE
分子量 formula_weight	135.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	55

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1vrla1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.96 — DNA-glycosylase
超家族 Superfamily superfamily	a.96.1 — DNA-glycosylase
家族 Family family	a.96.1.2 — Mismatch glycosylase

结构域编号 domain_id	d1vrla2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamily	d.113.1 — Nudix
家族 Family family	d.113.1.3 — MutY C-terminal domain-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1vrlA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1670 — Endonuclease Iii, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal)

结构域编号 domain_id	1vrlA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Hypothetical protein; domain 2

结构域编号 domain_id	1vrlA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.977 Å
晶胞边长 b length_b	85.730 Å
晶胞边长 c length_c	141.635 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	33.720 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2780

fit	/app/data/saxs_computation/vr/1vrl/1vrl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vr/1vrl/1vrl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vr/1vrl/1vrl.dat

MutY adenine glycosylase in complex with DNA and soaked adenine free base

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)