1vrn

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER BLASTOCHLORIS VIRIDIS (ATCC)

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Reaction center protein H chain × 1 （P06008） Reaction center protein L chain × 1 （P06009） Reaction center protein M chain × 1 （P06010） HEME C × 4 SULFATE ION × 7 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 6 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 2 UBIQUINONE-7 × 1 FE (II) ION × 1 MENAQUINONE-9 × 1 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Reaction center protein H chain × 2 （P06008） Reaction center protein L chain × 2 （P06009） Reaction center protein M chain × 2 （P06010） HEME C × 8 SULFATE ION × 14 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 12 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 8 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 4 UBIQUINONE-7 × 2 FE (II) ION × 2 MENAQUINONE-9 × 2 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYCR_RHOVI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–332； UniProt 21–352

Reaction center protein H chain

物种未注明

UniProt P06008

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （P07173） Reaction center protein L chain × 1 （P06009） Reaction center protein M chain × 1 （P06010） HEME C × 4 SULFATE ION × 7 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 6 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 2 UBIQUINONE-7 × 1 FE (II) ION × 1 MENAQUINONE-9 × 1 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 2 （P07173） Reaction center protein L chain × 2 （P06009） Reaction center protein M chain × 2 （P06010） HEME C × 8 SULFATE ION × 14 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 12 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 8 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 4 UBIQUINONE-7 × 2 FE (II) ION × 2 MENAQUINONE-9 × 2 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEH_RHOVI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–258； UniProt 1–258

Reaction center protein L chain

物种未注明

UniProt P06009

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （P07173） Reaction center protein H chain × 1 （P06008） Reaction center protein M chain × 1 （P06010） HEME C × 4 SULFATE ION × 7 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 6 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 2 UBIQUINONE-7 × 1 FE (II) ION × 1 MENAQUINONE-9 × 1 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 2 （P07173） Reaction center protein H chain × 2 （P06008） Reaction center protein M chain × 2 （P06010） HEME C × 8 SULFATE ION × 14 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 12 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 8 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 4 UBIQUINONE-7 × 2 FE (II) ION × 2 MENAQUINONE-9 × 2 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEL_RHOVI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–273； UniProt 1–273

Reaction center protein M chain

物种未注明

UniProt P06010

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （P07173） Reaction center protein H chain × 1 （P06008） Reaction center protein L chain × 1 （P06009） HEME C × 4 SULFATE ION × 7 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 6 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 2 UBIQUINONE-7 × 1 FE (II) ION × 1 MENAQUINONE-9 × 1 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 2 （P07173） Reaction center protein H chain × 2 （P06008） Reaction center protein L chain × 2 （P06009） HEME C × 8 SULFATE ION × 14 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 12 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 8 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 4 UBIQUINONE-7 × 2 FE (II) ION × 2 MENAQUINONE-9 × 2 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEM_RHOVI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vrn
沉积日期 deposition_date	2005-02-23
结构标题 title	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER BLASTOCHLORIS VIRIDIS (ATCC)
关键词 keywords	INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN; UBIQUINONE; SECONDARY QUINONE (QB), PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1vrn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1vrn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1vrn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.83 Å
Rg（电子密度）	35.80 Å
总 Rg	36.46 Å
原子数	10191
残基数	1185
排除体积	184820 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1vrn__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1vrn__assembly_2__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	37108.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	10747

CFEPPPATTTQTGFRGLSMGEVLHPATVKAKKERDAQYPPALAAVKAEGPPVSQVYKNVKVLGNLTEAEFLRTMTAITEWVSPQEGCTYCHDENNLASEAKYPYVVARRMLEMTRAINTNWTQHVAQTGVTCYTCHRGTPLPPYVRYLEPTLPLNNRETPTHVERVETRSGYVVRLAKYTAYSALNYDPFTMFLANDKRQVRVVPQTALPLVGVSRGKERRPLSDAYATFALMMSISDSLGTNCTFCHNAQTFESWGKKSTPQRAIAWWGIRMVRDLNMNYLAPLNASLPASRLGRQGEAPQADCRTCHQGVTKPLFGASRLKDYPELGPIK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein H chain
分子量 formula_weight	28557.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MYHGALAQHLDIAQLVWYAQWLVIWTVVLLYLRREDRREGYPLVEPLGLVKLAPEDGQVYELPYPKTFVLPHGGTVTVPRRRPETRELKLAQTDGFEGAPLQPTGNPLVDAVGPASYAERAEVVDATVDGKAKIVPLRVATDFSIAEGDVDPRGLPVVAADGVEAGTVTDLWVDRSEHYFRYLELSVAGSARTALIPLGFCDVKKDKIVVTSILSEQFANVPRLQSRDQITLREEDKVSAYYAGGLLYATPERAESLL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	30469.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ALLSFERKYRVRGGTLIGGDLFDFWVGPYFVGFFGVSAIFFIFLGVSLIGYAASQGPTWDPFAISINPPDLKYGLGAAPLLEGGFWQAITVCALGAFISWMLREVEISRKLGIGWHVPLAFCVPIFMFCVLQVFRPLLLGSWGHAFPYGILSHLDWVNNFGYQYLNWHYNPGHMSSVSFLFVNAMALGLHGGLILSVANPGDGDKVKTAEHENQYFRDVVGYSIGALSIHRLGLFLASNIFLTGAFGTIASGPFWTRGWPEWWGWWLDIPFWS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	35932.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

ADYQTIYTQIQARGPHITVSGEWGDNDRVGKPFYSYWLGKIGDAQIGPIYLGASGIAAFAFGSTAILIILFNMAAEVHFDPLQFFRQFFWLGLYPPKAQYGMGIPPLHDGGWWLMAGLFMTLSLGSWWIRVYSRARALGLGTHIAWNFAAAIFFVLCIGCIHPTLVGSWSEGVPFGIWPHIDWLTAFSIRYGNFYYCPWHGFSIGFAYGCGLLFAAHGATILAVARFGGDREIEQITDRGTAVERAALFWRWTIGFNATIESVHRWGWFFSLMVMVSASVGILLTGTFVDNWYLWCVKHGAAPDYPAYLPATPDPASLPGAPK

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
分子量 formula_weight	229.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL B
分子量 formula_weight	909.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN B
分子量 formula_weight	887.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-7
分子量 formula_weight	659.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE-9
分子量 formula_weight	785.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	15-cis-1,2-dihydroneurosporene
分子量 formula_weight	540.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	542

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1vrnc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.2 — Photosynthetic reaction centre (cytochrome subunit)

结构域编号 domain_id	d1vrnh1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.10 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region
家族 Family family	f.23.10.1 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region

结构域编号 domain_id	d1vrnh2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.41 — PRC-barrel domain
超家族 Superfamily superfamily	b.41.1 — PRC-barrel domain
家族 Family family	b.41.1.1 — Photosynthetic reaction centre, H-chain, cytoplasmic domain

结构域编号 domain_id	d1vrnl_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family family	f.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

结构域编号 domain_id	d1vrnm_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family family	f.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1vrnC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	468 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2

结构域编号 domain_id	1vrnC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	468 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2

结构域编号 domain_id	1vrnH01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	540 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1vrnH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	50 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2

结构域编号 domain_id	1vrnL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	1vrnL02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	1vrnM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	1vrnM02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

▶

晶胞边长 a length_a	219.400 Å
晶胞边长 b length_b	219.400 Å
晶胞边长 c length_c	112.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	19.180 Å
R 因子 r_factor	0.1911
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2120

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER BLASTOCHLORIS VIRIDIS (ATCC)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein H chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein L chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein M chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vrn__assembly_1__model_1

1vrn__assembly_1__model_1 | I(q)

1vrn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)