1vrq

Crystal Structure of Heterotetrameric Sarcosine Oxidase from Corynebacterium sp. U-96 in complex with Folinic Acid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 116.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vrq
沉积日期 deposition_date	2005-04-27
结构标题 title	Crystal Structure of Heterotetrameric Sarcosine Oxidase from Corynebacterium sp. U-96 in complex with Folinic Acid
关键词 keywords	Heterotetrameric sarcosine oxidase, flavoenzyme, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.47 Å
零角强度 I(0) i0	528311000.00
分子量 molecular_weight	181110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	224080 Å³
包络体积 envelope_volume	273400 Å³
水化壳体积 shell_volume	61965 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.6 Å
壳层 Rg shell_rg	43.76 Å
包络 Rg envelope_rg	35.33 Å
形状 Rg shape_rg	35.45 Å
总 Rg total_rg	36.01 Å
总原子数 total_atoms	12739
残基数 n_residues	1651
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	116.6 Å
Rg (实空间) rg_real	36.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.7230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	528300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8895
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.292
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.370
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	145900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.906

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	Sarcosine oxidase alpha subunit
分子量 formula_weight	102850.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13880

SKPQRLSAAQTAGARINRDEALTLTVDGQQLSAFRGDTVASAMLANGLRSCGNSMYLDRPRGIFSAGVEEPNALITVGARHQADINESMLPATTVSVTDGLNATLLSGLGVLDPSEDPAYYDHVHVHTDVLVVGAGPAGLAAAREASRSGARVMLLDERPEAGGTLREASGEQIDGIDAAQWIDAVTEELAAAEETTHLQRTTVFGSYDANYILAAQRRTVHLDGPSGQGVSRERIWHIRAKQVVLATAAHERPIVFENNDRPGIMLAGSVRSYLNRFGVRAGSKIAVATTNDSVYPLVSELAASGGVVAVIDARQNISAAAAQAVTDGVTVLTGSVVANTEADASGELSAVLVATLDEQRNLGEAQRFEADVLAVSGGFNPVVHLHSQRQGKLNWDTSIHAFVPADAVANQHLAGALTGLLDTASALSTGAATGAAAASAAGFEKIAEVPQALAVPAGETRPVWLVPSLSGDDAVHYKFHFVDLQRDQTVADVLRATGAGMQSVEHIKRYTSISTANDQGKTSGVAAIGVIAAVLGIENPAQIGTTTFRAPYTPVSFAALAGRTRGELLDPARLTAMHPWHLAHGAKFEDVGQWKRPWYYPQDGESMDEAVYRECKAVRDSVGMLDASTLGKIEIRGKDAAEFLNRMYTNGYTKLKVGMGRYGVMCKADGMIFDDGVTLRLAEDRFLMHTTTGGAADVLDWLEEWLQTEWPELDVTCTSVTEQLATVAVVGPRSRDVIAKLASSLDVSNDAFKFMAFQDVTLDSGIEARISRISFSGELAFEIAIPAWHGLQVWEDVYAAGQEFNITPYGTETMHVLRAEKGFIIVGQDTDGTVTPQDAGMEWVVSKLKDFVGKRSFSREDNVREDRKHLVSVLPVDSSLRLAEGAALVAADAVASEGVTPMEGWVTHAYNSPALGRTFGLALIKNGRNRIGEVLKTPVDGQLVDVQVSDLVLFDPEGSRRDG

来源 Source

来源生物 organism	Corynebacterium sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	31944
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Sarcosine oxidase beta subunit
分子量 formula_weight	44048.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ADLLPEHPEFLWNNPEPKKSYDVVIVGGGGHGLATAYYLAKNHGITNVAVLEKGWLAGGNMARNTTIIRSNYLWDESAGIYEKSLKLWEELPEELEYDFLFSQRGVLNLAHTLGDVRESIRRVEANKFNGVDAEWLTPEQVKEVCPIINTGDNIRYPVMGATYQPRAGIAKHDHVAWAFARKANEMGVDIIQNCEVTGFLKDGEKVTGVKTTRGTILAGKVALAGAGHSSVLAELAGFELPIQSHPLQALVSELFEPVHPTVVMSNHIHVYVSQAHKGELVMGAGIDSYNGYGQRGAFHVIEEQMAAAVELFPIFARAHVLRTWGGIVDTTMDASPIISKTPIQNLYVNCGWGTGGFKGTPGAGYTLAHTIAHDEPHKLNAPFALERFETGHLIDEHGAAAVAH

来源 Source

来源生物 organism	Corynebacterium sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	31944
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Sarcosine oxidase gamma subunit
分子量 formula_weight	21732.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MIDSTQLRRSPAAHLAAAMEAAEVAGERAVTLREVAFTTQLGLRAVPGSTGHAALAAATGVGLPAAVGEVAGDVSGTAVLWLGPDEFLLAAEENPALLDTLQGALGQEPGQVLDLSANRSVLQLEGPAAALVLRKSCPADLHPREFGVNRAITTSLANIPVLLWRTGEQSWRILPRASFTEHTVHWLIDAMSEFSAAEVAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Corynebacterium sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	31944
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Sarcosine oxidase delta subunit
分子量 formula_weight	11445.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MMLIECPNCGPRNENEFKYGGEAHVAYPEDPNALSDKEWSRYLFYRGNKKGIFAERWVHSGGCRKWFNALRDTVSYEFKAVYRAGEARPQLDSTEGGTR

来源 Source

来源生物 organism	Corynebacterium sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	31944
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 6 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	N-{[4-({[(6R)-2-amino-5-formyl-4-oxo-1,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)phenyl]carbonyl}-L-glutamic acid
分子量 formula_weight	473.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	N,N-DIMETHYLGLYCINE
分子量 formula_weight	103.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1141

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1vrqA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1

结构域编号 domain_id	1vrqB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1vrqB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	9 — D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	1vrqC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1

结构域编号 domain_id	1vrqC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1520 — Heterotetrameric sarcosine oxidase

结构域编号 domain_id	1vrqD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2270 — Folate-binding fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Folate-binding superfamily

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	199.402 Å
晶胞边长 b length_b	199.402 Å
晶胞边长 c length_c	197.309 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	99.500 Å
R 因子 r_factor	0.1920
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2241

fit	/app/data/saxs_computation/vr/1vrq/1vrq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vr/1vrq/1vrq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vr/1vrq/1vrq.dat

Crystal Structure of Heterotetrameric Sarcosine Oxidase from Corynebacterium sp. U-96 in complex with Folinic Acid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)