1vyh

PAF-AH Holoenzyme: Lis1/Alfa2

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT

HOMO SAPIENS

UniProt Q29459

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT × 2 (P63005) 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT × 2 (P63005) 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT × 2 (P63005) 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT × 2 (P63005) 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT × 2 (P63005) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PA1B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 B; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 E; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 F; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 I; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 J; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 M; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 N; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 Q; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 R; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229

PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT

MUS MUSCULUS

UniProt P63005

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT × 2 (Q29459) 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT × 2 (Q29459) 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT × 2 (Q29459) 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT × 2 (Q29459) 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT × 2 (Q29459) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LIS1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 2–410; UniProt 1–409 作者链 D; PDB构建体 2–410; UniProt 1–409 作者链 G; PDB构建体 2–410; UniProt 1–409 作者链 H; PDB构建体 2–410; UniProt 1–409 作者链 K; PDB构建体 2–410; UniProt 1–409 作者链 L; PDB构建体 2–410; UniProt 1–409 作者链 O; PDB构建体 2–410; UniProt 1–409 作者链 P; PDB构建体 2–410; UniProt 1–409 作者链 S; PDB构建体 2–410; UniProt 1–409 作者链 T; PDB构建体 2–410; UniProt 1–409

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1vyh
沉积日期 deposition_date2004-04-30
结构标题 titlePAF-AH Holoenzyme: Lis1/Alfa2
关键词 keywords;LISSENCEPHALY, ACETYLHYDROLASE, PLATELET ACTIVACTING FACTOR, REGULATOR OF CYTOPLASMIC DYNEIN, HYDROLASE, CELL DIVISION, MITOSIS, NEUROGENESIS, CYTOSKELETON ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1vyh__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1vyh__assembly_3__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1vyh__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)34.77 Å
Rg(电子密度)34.31 Å
总 Rg34.91 Å
原子数8318
残基数1056
排除体积147430 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1vyh__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1vyh__assembly_2__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 1vyh__assembly_3__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 1vyh__assembly_4__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 1vyh__assembly_5__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_idd1vyha1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.10 — SGNH hydrolase
家族 Family familyc.23.10.3 — Acetylhydrolase
结构域编号 domain_idd1vyhb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.10 — SGNH hydrolase
家族 Family familyc.23.10.3 — Acetylhydrolase
结构域编号 domain_idd1vyhc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd1vyhd1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd1vyhe1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.10 — SGNH hydrolase
家族 Family familyc.23.10.3 — Acetylhydrolase
结构域编号 domain_idd1vyhf1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.10 — SGNH hydrolase
家族 Family familyc.23.10.3 — Acetylhydrolase
结构域编号 domain_idd1vyhg1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd1vyhh1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd1vyhi1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.10 — SGNH hydrolase
家族 Family familyc.23.10.3 — Acetylhydrolase
结构域编号 domain_idd1vyhj1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.10 — SGNH hydrolase
家族 Family familyc.23.10.3 — Acetylhydrolase
结构域编号 domain_idd1vyhk1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd1vyhl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd1vyhm1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.10 — SGNH hydrolase
家族 Family familyc.23.10.3 — Acetylhydrolase
结构域编号 domain_idd1vyhn1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.10 — SGNH hydrolase
家族 Family familyc.23.10.3 — Acetylhydrolase
结构域编号 domain_idd1vyho1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd1vyhp1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd1vyhq1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.10 — SGNH hydrolase
家族 Family familyc.23.10.3 — Acetylhydrolase
结构域编号 domain_idd1vyhr1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.10 — SGNH hydrolase
家族 Family familyc.23.10.3 — Acetylhydrolase
结构域编号 domain_idd1vyhs1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd1vyht1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id1vyhA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1110 — SGNH hydrolase
结构域编号 domain_id1vyhB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1110 — SGNH hydrolase
结构域编号 domain_id1vyhC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id1vyhD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id1vyhE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1110 — SGNH hydrolase
结构域编号 domain_id1vyhF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1110 — SGNH hydrolase
结构域编号 domain_id1vyhG01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id1vyhH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id1vyhI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1110 — SGNH hydrolase
结构域编号 domain_id1vyhJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1110 — SGNH hydrolase
结构域编号 domain_id1vyhK01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id1vyhL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id1vyhM00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1110 — SGNH hydrolase
结构域编号 domain_id1vyhN00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1110 — SGNH hydrolase
结构域编号 domain_id1vyhO01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id1vyhP01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id1vyhQ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1110 — SGNH hydrolase
结构域编号 domain_id1vyhR00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1110 — SGNH hydrolase
结构域编号 domain_id1vyhS01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id1vyhT01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
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7. 引用文献 (1)