1w05

Isopenicillin N Synthase Aminoadipoyl-Cysteinyl-Alanine-Fe Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 65.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1w05
沉积日期 deposition_date	2004-06-01
结构标题 title	Isopenicillin N Synthase Aminoadipoyl-Cysteinyl-Alanine-Fe Complex
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, B-LACTAM ANTIBIOTIC, OXYGENASE, PENICILLIN BIOSYNTHESIS; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.32 Å
零角强度 I(0) i0	24516500.00
分子量 molecular_weight	37635.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46879 Å³
包络体积 envelope_volume	53703 Å³
水化壳体积 shell_volume	22603 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.7 Å
壳层 Rg shell_rg	26.45 Å
包络 Rg envelope_rg	19.67 Å
形状 Rg shape_rg	19.31 Å
总 Rg total_rg	20.27 Å
总原子数 total_atoms	2661
残基数 n_residues	329
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.7 Å
Rg (实空间) rg_real	20.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24520000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8915
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.138
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.417
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6301000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.995

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	ISOPENICILLIN N SYNTHETASE
分子量 formula_weight	37563.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.21.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2978

MGSVSKANVPKIDVSPLFGDDQAAKMRVAQQIDAASRDTGFFYAVNHGINVQRLSQKTKEFHMSITPEEKWDLAIRAYNKEHQDQVRAGYYLSIPGKKAVESFCYLNPNFTPDHPRIQAKTPTHEVNVWPDETKHPGFQDFAEQYYWDVFGLSSALLKGYALALGKEENFFARHFKPDDTLASVVLIRYPYLDPYPEAAIKTAADGTKLSFEWHEDVSLITVLYQSNVQNLQVETAAGYQDIEADDTGYLINCGSYMAHLTNNYYKAPIHRVKWVNAERQSLPFFVNLGYDSVIDPFDPREPNGKSDREPLSYGDYLQNGLVSLINKNGQT

来源 Source

来源生物 organism	Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139)
通用名 common_name	Aspergillus nidulans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	227321
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 non-polymer

描述 description	DELTA-(L-ALPHA-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-ALANINE
分子量 formula_weight	335.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	317

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1w05a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.2 — Clavaminate synthase-like
家族 Family family	b.82.2.1 — Penicillin synthase-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1w05A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.770 Å
晶胞边长 b length_b	101.770 Å
晶胞边长 c length_c	115.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.460 Å
最低分辨率 resolution_low	87.710 Å
R 因子 r_factor	0.1620
R_work r_work	0.1600
R_free r_free	0.2140

fit	/app/data/saxs_computation/w0/1w05/1w05.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w0/1w05/1w05.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w0/1w05/1w05.dat