1w1t

Crystal structure of S. marcescens chitinase B in complex with the cyclic dipeptide inhibitor cyclo-(His-L-Pro) at 1.9 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHITINASE B

SERRATIA MARCESCENS

UniProt Q54276

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 GLYCEROL × 19 SULFATE ION × 6 CYCLO-(L-HISTIDINE-L-PROLINE) INHIBITOR × 4 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q54276_SERMA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–499; UniProt 1–499 作者链 B; PDB构建体 1–499; UniProt 1–499

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1w1t
沉积日期 deposition_date2004-06-24
结构标题 titleCrystal structure of S. marcescens chitinase B in complex with the cyclic dipeptide inhibitor cyclo-(His-L-Pro) at 1.9 A resolution
关键词 keywordsHYDROLASE, GLYCOSIDE HYDROLASE, CHITINASE, STRUCTURE-BASED INHIBITOR DESIGN, CYCLIC DIPEPTIDE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1w1t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1w1t__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1w1t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)36.77 Å
Rg(电子密度)36.26 Å
总 Rg36.67 Å
原子数8015
残基数994
排除体积141560 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1w1t__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1w1ta1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family familyc.1.8.5 — Type II chitinase
结构域编号 domain_idd1w1ta2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.26.3 — Chitinase insertion domain
家族 Family familyd.26.3.1 — Chitinase insertion domain
结构域编号 domain_idd1w1ta3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.72 — WW domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.72.2 — Carbohydrate binding domain
家族 Family familyb.72.2.1 — Carbohydrate binding domain
结构域编号 domain_idd1w1tb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family familyc.1.8.5 — Type II chitinase
结构域编号 domain_idd1w1tb2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.26.3 — Chitinase insertion domain
家族 Family familyd.26.3.1 — Chitinase insertion domain
结构域编号 domain_idd1w1tb3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.72 — WW domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.72.2 — Carbohydrate binding domain
家族 Family familyb.72.2.1 — Carbohydrate binding domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1w1tA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Glycosidases
结构域编号 domain_id1w1tA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1w1tA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Carbohydrate-binding module superfamily 5/12
结构域编号 domain_id1w1tB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Glycosidases
结构域编号 domain_id1w1tB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1w1tB03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Carbohydrate-binding module superfamily 5/12

7. 引用文献 (1)