1w4w

Ferric horseradish peroxidase C1A in complex with formate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 65.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HORSERADISH PEROXIDASE C1A

ARMORACIA RUSTICANA

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 31–353	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 2 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG8000, 0.2M CA-ACETATE, 0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5, FERULIC ACID AS ADDITIVE STREAK SEEDING, HANGING DROP, 4DEGC	分辨率 1.55 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1W4W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ATJ RECOMBINANT HORSERADISH PEROXIDASE C1A 提交 1997-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 31–336（306 aa）链 B 31–336（306 aa）链 C 31–336（306 aa）链 D 31–336（306 aa）链 E 31–336（306 aa）链 F 31–336（306 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 12 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；16% (W/V) PEG 4000, 0.2 M ZINC ACETATE AND 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 2.15 Å R-free 0.242
1GW2 RECOMBINANT HORSERADISH PEROXIDASE C1A THR171SER IN COMPLEX WITH FERULIC ACID 提交 2002-03-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	突变：YES	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 2 FER 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；16% PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE,0.1 M CACODYLATE BUFFER PH 6.5	分辨率 2.15 Å R-free 0.211
1GWO Recombinant horseradish peroxidase C1A ALA170GLN 提交 2002-03-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	突变：YES	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；16% PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER PH 6.5	分辨率 2.07 Å R-free 0.221
1GWT RECOMBINANT HORSERADISH PEROXIDASE C1A PHE221MET 提交 2002-03-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	突变：YES	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 FER 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；16% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE AND 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.198
1GWU RECOMBINANT HORSERADISH PEROXIDASE C1A ALA140GLY 提交 2002-03-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	突变：YES	NA SODIUM ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；16%(W/V)PEG4000,0.2M CALCIUM ACETATE,0.1M CACODYLATE PH6.5, pH 6.50	分辨率 1.31 Å R-free 0.193
1GX2 Recombinant horseradish peroxidase Phe209Ser complex with benzhydroxamic acid 提交 2002-03-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	突变：YES	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 BHO BENZHYDROXAMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.197
1GX2 Recombinant horseradish peroxidase Phe209Ser complex with benzhydroxamic acid 提交 2002-03-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 31–338（308 aa）	突变：YES	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 BHO BENZHYDROXAMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.197
1H55 STRUCTURE OF HORSERADISH PEROXIDASE C1A COMPOUND II 提交 2001-05-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 O OXYGEN ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.61 Å R-free 0.210
1H57 Structure of horseradish peroxidase C1A compound III 提交 2001-05-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.196
1H58 STRUCTURE OF FERROUS HORSERADISH PEROXIDASE C1A 提交 2001-05-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5 THE FERROUS STATE WAS FORMED BY SOAKING THE CRYSTALS FOR 30 MINUTES IN A RESERVOIR SOLUTION SUPPLEMENTED WITH 100 MM SODIUM DITHIONITE AND PEG400 BEFORE FLASH FREEZING	分辨率 1.70 Å R-free 0.200
1H5A STRUCTURE OF FERRIC HORSERADISH PEROXIDASE C1A IN COMPLEX WITH ACETATE 提交 2001-05-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.202
1H5C X-ray induced reduction of horseradish peroxidase C1A Compound III (100-200% dose) 提交 2001-05-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.62 Å R-free 0.198
1H5D X-ray induced reduction of horseradish peroxidase C1A Compound III (0-11% dose) 提交 2001-05-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
1H5E X-ray induced reduction of horseradish peroxidase C1A Compound III (11-22% dose) 提交 2001-05-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.223
1H5F X-ray induced reduction of horseradish peroxidase C1A Compound III (22-33% dose) 提交 2001-05-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
1H5G X-ray induced reduction of horseradish peroxidase C1A Compound III (33-44% dose) 提交 2001-05-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.223
1H5H X-ray induced reduction of horseradish peroxidase C1A Compound III (44-56% dose) 提交 2001-05-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.218
1H5I X-ray induced reduction of horseradish peroxidase C1A Compound III (56-67% dose) 提交 2001-05-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE AND 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.216
1H5J X-ray induced reduction of horseradish peroxidase C1A Compound III (67-78% dose) 提交 2001-05-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.221
1H5K X-ray induced reduction of horseradish peroxidase C1A Compound III (78-89% dose) 提交 2001-05-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.213
1H5L X-ray induced reduction of horseradish peroxidase C1A Compound III (89-100% dose) 提交 2001-05-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.219
1H5M X-ray induced reduction of horseradish peroxidase C1A Compound III (0-100% dose) 提交 2001-05-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.198
1HCH Structure of horseradish peroxidase C1A compound I 提交 2001-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–336（306 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 O OXYGEN ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE AND 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.57 Å R-free 0.203
1KZM Distal Heme Pocket Mutant (R38S/H42E) of Recombinant Horseradish Peroxidase C (HRP C). 提交 2002-02-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）片段：Horseradish Peroxidase C1A (HRP C)	突变：R38S/H42E	CA CALCIUM ION × 2 CAC CACODYLATE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；PEG-8000, calcium acetate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.00 Å R-free 0.203
1W4Y Ferrous horseradish peroxidase C1A in complex with carbon monoxide 提交 2004-08-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–353（323 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG8000, 0.2 M CA-ACETATE, 0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5, FERULIC ACID AS ADDITIVE, HANGING DROP, STREAK SEEDING, 4DEGC	分辨率 1.60 Å R-free 0.211
2ATJ RECOMBINANT HORSERADISH PEROXIDASE COMPLEX WITH BENZHYDROXAMIC ACID 提交 1997-08-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–337（307 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 BHO BENZHYDROXAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.198
2ATJ RECOMBINANT HORSERADISH PEROXIDASE COMPLEX WITH BENZHYDROXAMIC ACID 提交 1997-08-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 31–337（307 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 BHO BENZHYDROXAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.198
2YLJ Horse Radish Peroxidase, mutant S167Y 提交 2011-06-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–336（306 aa）片段：RESIDUES 31-336	突变：YES	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7	分辨率 1.69 Å R-free 0.189
3ATJ HEME LIGAND MUTANT OF RECOMBINANT HORSERADISH PEROXIDASE IN COMPLEX WITH BENZHYDROXAMIC ACID 提交 1998-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–338（308 aa）链 B 31–338（308 aa）	突变：F221M 突变：F221M	CA CALCIUM ION × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 BHO BENZHYDROXAMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.203
4ATJ DISTAL HEME POCKET MUTANT (H42E) OF RECOMBINANT HORSERADISH PEROXIDASE IN COMPLEX WITH BENZHYDROXAMIC ACID 提交 1999-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–338（309 aa）	突变：H42E	CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 BHO BENZHYDROXAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.194
4ATJ DISTAL HEME POCKET MUTANT (H42E) OF RECOMBINANT HORSERADISH PEROXIDASE IN COMPLEX WITH BENZHYDROXAMIC ACID 提交 1999-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 30–338（309 aa）	突变：H42E	CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 BHO BENZHYDROXAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.194
6ATJ RECOMBINANT HORSERADISH PEROXIDASE C COMPLEX WITH FERULIC ACID 提交 1999-04-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 FER 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；16% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE AND 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.199
7ATJ RECOMBINANT HORSERADISH PEROXIDASE C1A COMPLEX WITH CYANIDE AND FERULIC ACID 提交 1999-04-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 CYN CYANIDE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 FER 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；16% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE AND 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5	分辨率 1.47 Å R-free 0.203
9H1M Recombinant ferric horseradish peroxidase C1A 提交 2024-10-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–338（308 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 2HP DIHYDROGENPHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；25% (w/v) PEG 1500, 100 mM SPG (2:7:7, succinic acid:sodium hydrogen phosphate:glycine buffer pH 8.5	分辨率 1.63 Å R-free 0.189

共 31 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PERA_ARMRU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–323； UniProt 31–353

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1w4w
沉积日期 deposition_date	2004-08-03
结构标题 title	Ferric horseradish peroxidase C1A in complex with formate
关键词 keywords	;OXIDOREDUCTASE, FORMATE ION, CALCIUM, FERRIC STATE, GLYCOPROTEIN, HEME, HORSERADISH, IRON, MULTIGENE FAMILY, PEROXIDASE, PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.01 Å
零角强度 I(0) i0	21267800.00
分子量 molecular_weight	34442.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42787 Å³
包络体积 envelope_volume	46797 Å³
水化壳体积 shell_volume	20491 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.58 Å
包络 Rg envelope_rg	19.30 Å
形状 Rg shape_rg	18.98 Å
总 Rg total_rg	19.93 Å
总原子数 total_atoms	2417
残基数 n_residues	306
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.7 Å
Rg (实空间) rg_real	20.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8852
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.278
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.306
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5211000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.846; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.966

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HORSERADISH PEROXIDASE C1A
分子量 formula_weight	35652.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2802

QLTPTFYDNSCPNVSNIVRDTIVNELRSDPRIAASILRLHFHDCFVNGCDASILLDNTTSFRTEKDAFGNANSARGFPVIDRMKAAVESACPRTVSCADLLTIAAQQSVTLAGGPSWRVPLGRRDSLQAFLDLANANLPAPFFTLPQLKDSFRNVGLNRSSDLVALSGGHTFGKNQCRFIMDRLYNFSNTGLPDPTLNTTYLQTLRGLCPLNGNLSALVDFDLRTPTIFDNKYYVNLEEQKGLIQSDQELFSSPNATDTIPLVRSFANSTQTFFNAFVEAMDRMGNITPLTGTQGQIRLNCRVVNSNSLLHDMVEVVDFVSSM

来源 Source

来源生物 organism	ARMORACIA RUSTICANA
通用名 common_name	HORSERADISH
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3704
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	354

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1w4wa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamily	a.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family family	a.93.1.1 — CCP-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1w4wA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1w4wA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	420 — Peroxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peroxidase, domain 2

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	40.330 Å
晶胞边长 b length_b	68.302 Å
晶胞边长 c length_c	117.048 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	29.870 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2150

fit	/app/data/saxs_computation/w4/1w4w/1w4w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w4/1w4w/1w4w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w4/1w4w/1w4w.dat