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1w7z

Crystal structure of the free (uncomplexed) Ecballium elaterium trypsin inhibitor (EETI-II)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPSIN INHIBITOR II

ECBALLIUM ELATERIUM

UniProt P12071

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–31 链 B； UniProt 1–31 链 C； UniProt 1–31 链 D； UniProt 1–31 链 E； UniProt 1–31 链 F； UniProt 1–31 未记录 NA SODIUM ION × 3 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；2M NA-FORMATE 0.1 M NA-ACETATE PH 4.6 分辨率 1.67 Å R-free 0.235
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 1–31 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；2M NA-FORMATE 0.1 M NA-ACETATE PH 4.6 分辨率 1.67 Å R-free 0.235
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 1–31 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；2M NA-FORMATE 0.1 M NA-ACETATE PH 4.6 分辨率 1.67 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1W7Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1H9H COMPLEX OF EETI-II WITH PORCINE TRYPSIN 提交 2001-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 1–30（30 aa）
突变：YES CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.70
分辨率 1.50 Å R-free 0.276
1H9I COMPLEX OF EETI-II MUTANT WITH PORCINE TRYPSIN 提交 2001-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 1–30（30 aa）
突变：YES CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.70
分辨率 1.90 Å R-free 0.175
2C4B Inhibitor cystine knot protein McoEeTI fused to the catalytically inactive barnase mutant H102A 提交 2005-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 16–29（14 aa）
突变：YES 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 FMT FORMIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 7 UNX UNKNOWN LIGAND × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；1.3 M AMMONIUM SULPHATE, 7% PEG400 (V/V), 0.1 M MES PH 6.5 AS RESERVOIR SOLUTION. DROPLETS MIXED FROM 8 UL PROTEIN (30 MG/ML) AND 4 UL RESERVOIR. SITTING DROP VAPOR DIFFUSION. 4 DEG. C.
分辨率 1.30 Å R-free 0.164
2C4B Inhibitor cystine knot protein McoEeTI fused to the catalytically inactive barnase mutant H102A 提交 2005-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 16–29（14 aa）
突变：YES 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 FMT FORMIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 10 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；1.3 M AMMONIUM SULPHATE, 7% PEG400 (V/V), 0.1 M MES PH 6.5 AS RESERVOIR SOLUTION. DROPLETS MIXED FROM 8 UL PROTEIN (30 MG/ML) AND 4 UL RESERVOIR. SITTING DROP VAPOR DIFFUSION. 4 DEG. C.
分辨率 1.30 Å R-free 0.164
2ETI USE OF RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS IN WATER TO DETERMINE THREE-DIMENSIONAL PROTEIN STRUCTURE: PREDICTION OF THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ECBALLIUM ELATERIUM TRYPSIN INHIBITOR II 提交 1991-07-15 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–28（28 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2IT7 Solution structure of the squash trypsin inhibitor EETI-II 提交 2006-10-19 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–28（28 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 2.7；285 K；压力 1
NMR测量条件 pH 2.7；300 K；压力 1
NMR样品组成 4mM EETI-II, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 4mM EETI-II, D2O | D2O
分辨率未提供
2LET AN 1H NMR DETERMINATION OF THE THREE DIMENSIONAL STRUCTURES OF MIRROR IMAGE FORMS OF A LEU-5 VARIANT OF THE TRYPSIN INHIBITOR ECBALLIUM ELATERIUM (EETI-II) 提交 1994-01-04 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–28（28 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITR2_ECBEL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 B； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 C； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 D； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 E； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 F； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 G； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 H； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1w7z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1w7z
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1w7z
沉积日期 deposition_date2004-09-14
结构标题 titleCrystal structure of the free (uncomplexed) Ecballium elaterium trypsin inhibitor (EETI-II)
关键词 keywordsSQUASH SEED INHIBITOR, CYSTEIN KNOT, ECBALLIUM ELATERIUM, TRYPSIN, PROTEASE INHIBITOR; PROTEASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.65 Å
零角强度 I(0) i013729200.00
分子量 molecular_weight24663.0 kDa
排除体积 excluded_volume29689 ų
包络体积 envelope_volume37118 ų
水化壳体积 shell_volume17742 ų
包络直径 envelope_diameter61.7 Å
壳层 Rg shell_rg23.54 Å
包络 Rg envelope_rg17.86 Å
形状 Rg shape_rg17.69 Å
总 Rg total_rg18.42 Å
总原子数 total_atoms1678
残基数 n_residues245
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.7 Å
Rg (实空间) rg_real18.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5780e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13730000.0000
解质量估计 total_estimate0.7181
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.5 Å
偏度 Skewness skewness0.144
峰度 Kurtosis kurtosis-0.272
角度范围 angular_range— – 0.4250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1117000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.804; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.313; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.990
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd1w7za_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.2 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
家族 Family familyg.3.2.1 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
结构域编号 domain_idd1w7zb_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.2 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
家族 Family familyg.3.2.1 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
结构域编号 domain_idd1w7zc_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.2 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
家族 Family familyg.3.2.1 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
结构域编号 domain_idd1w7zd_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.2 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
家族 Family familyg.3.2.1 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
结构域编号 domain_idd1w7ze_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.2 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
家族 Family familyg.3.2.1 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
结构域编号 domain_idd1w7zf_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.2 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
家族 Family familyg.3.2.1 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
结构域编号 domain_idd1w7zg_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.2 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
家族 Family familyg.3.2.1 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
结构域编号 domain_idd1w7zh_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.2 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
家族 Family familyg.3.2.1 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)