1w8x

Structural analysis of PRD1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 215.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 900 PDB 声明：900-MERIC（900）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–395 链 B； UniProt 1–395 链 C； UniProt 1–395 链 D； UniProt 1–395 链 E； UniProt 1–395 链 F； UniProt 1–395 链 G； UniProt 1–395 链 H； UniProt 1–395 链 I； UniProt 1–395 链 J； UniProt 1–395 链 K； UniProt 1–395 链 L； UniProt 1–395	未记录	PROTEIN P30 × 60 （P27391） PROTEIN P31 × 60 （P27384） PROTEIN P16 × 60 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–395 链 B； UniProt 1–395 链 C； UniProt 1–395 链 D； UniProt 1–395 链 E； UniProt 1–395 链 F； UniProt 1–395 链 G； UniProt 1–395 链 H； UniProt 1–395 链 I； UniProt 1–395 链 J； UniProt 1–395 链 K； UniProt 1–395 链 L； UniProt 1–395	未记录	PROTEIN P30 × 1 （P27391） PROTEIN P31 × 1 （P27384） PROTEIN P16 × 1 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 75 PDB 声明：75-meric（75）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–395 链 B； UniProt 1–395 链 C； UniProt 1–395 链 D； UniProt 1–395 链 E； UniProt 1–395 链 F； UniProt 1–395 链 G； UniProt 1–395 链 H； UniProt 1–395 链 I； UniProt 1–395 链 J； UniProt 1–395 链 K； UniProt 1–395 链 L； UniProt 1–395	未记录	PROTEIN P30 × 5 （P27391） PROTEIN P31 × 5 （P27384） PROTEIN P16 × 5 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 90 PDB 声明：90-meric（90）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–395 链 B； UniProt 1–395 链 C； UniProt 1–395 链 D； UniProt 1–395 链 E； UniProt 1–395 链 F； UniProt 1–395 链 G； UniProt 1–395 链 H； UniProt 1–395 链 I； UniProt 1–395 链 J； UniProt 1–395 链 K； UniProt 1–395 链 L； UniProt 1–395	未记录	PROTEIN P30 × 6 （P27391） PROTEIN P31 × 6 （P27384） PROTEIN P16 × 6 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–395 链 B； UniProt 1–395 链 C； UniProt 1–395 链 D； UniProt 1–395 链 E； UniProt 1–395 链 F； UniProt 1–395 链 G； UniProt 1–395 链 H； UniProt 1–395 链 I； UniProt 1–395 链 J； UniProt 1–395 链 K； UniProt 1–395 链 L； UniProt 1–395	未记录	PROTEIN P30 × 1 （P27391） PROTEIN P31 × 1 （P27384） PROTEIN P16 × 1 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 900 PDB 声明：900-meric（900）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–395 链 B； UniProt 1–395 链 C； UniProt 1–395 链 D； UniProt 1–395 链 E； UniProt 1–395 链 F； UniProt 1–395 链 G； UniProt 1–395 链 H； UniProt 1–395 链 I； UniProt 1–395 链 J； UniProt 1–395 链 K； UniProt 1–395 链 L； UniProt 1–395	未记录	PROTEIN P30 × 60 （P27391） PROTEIN P31 × 60 （P27384） PROTEIN P16 × 60 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1W8X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CJD THE BACTERIOPHAGE PRD1 COAT PROTEIN, P3, IS STRUCTURALLY SIMILAR TO HUMAN ADENOVIRUS HEXON 提交 1999-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；35% (W/V) MPD, 0.2 M NACL, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.2	分辨率 1.85 Å R-free 0.205
1GW7 QUASI-ATOMIC RESOLUTION MODEL OF BACTERIOPHAGE PRD1 CAPSID, OBTAINED BY COMBINED CRYO-EM AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. 提交 2002-03-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 720 PDB 声明：720-MERIC	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.50 Å
1GW7 QUASI-ATOMIC RESOLUTION MODEL OF BACTERIOPHAGE PRD1 CAPSID, OBTAINED BY COMBINED CRYO-EM AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. 提交 2002-03-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.50 Å
1GW7 QUASI-ATOMIC RESOLUTION MODEL OF BACTERIOPHAGE PRD1 CAPSID, OBTAINED BY COMBINED CRYO-EM AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. 提交 2002-03-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.50 Å
1GW7 QUASI-ATOMIC RESOLUTION MODEL OF BACTERIOPHAGE PRD1 CAPSID, OBTAINED BY COMBINED CRYO-EM AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. 提交 2002-03-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.50 Å
1GW7 QUASI-ATOMIC RESOLUTION MODEL OF BACTERIOPHAGE PRD1 CAPSID, OBTAINED BY COMBINED CRYO-EM AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. 提交 2002-03-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.50 Å
1GW8 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus607 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2002-03-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 720 PDB 声明：720-MERIC	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.30 Å
1GW8 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus607 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2002-03-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.30 Å
1GW8 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus607 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2002-03-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.30 Å
1GW8 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus607 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2002-03-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.30 Å
1GW8 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus607 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2002-03-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 TRIS；pH 7.2；TRIS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 13.30 Å
1HB5 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 P3-shell, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 540 PDB 声明：540-MERIC	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 12.00 Å
1HB5 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 P3-shell, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 12.00 Å
1HB5 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 P3-shell, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 12.00 Å
1HB5 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 P3-shell, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 12.00 Å
1HB5 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 P3-shell, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 12.00 Å
1HB7 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus1 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 720 PDB 声明：720-MERIC	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 14.00 Å
1HB7 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus1 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 14.00 Å
1HB7 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus1 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 14.00 Å
1HB7 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus1 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 14.00 Å
1HB7 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus1 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 14.00 Å
1HB9 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 wild type virion, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-13	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 720 PDB 声明：720-MERIC	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 25.00 Å
1HB9 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 wild type virion, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-13	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 25.00 Å
1HB9 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 wild type virion, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-13	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 25.00 Å
1HB9 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 wild type virion, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-13	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 25.00 Å
1HB9 quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 wild type virion, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography. 提交 2001-04-13	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）链 D 1–394（394 aa）链 E 1–394（394 aa）链 F 1–394（394 aa）链 G 1–394（394 aa）链 H 1–394（394 aa）链 I 1–394（394 aa）链 J 1–394（394 aa）链 K 1–394（394 aa）链 L 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION	分辨率 25.00 Å
1HQN THE SELENOMETHIONINE DERIVATIVE OF P3, THE MAJOR COAT PROTEIN OF THE LIPID-CONTAINING BACTERIOPHAGE PRD1. 提交 2000-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；298 K；30% MPD, 0.2 M NACL, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.227
1HX6 P3, THE MAJOR COAT PROTEIN OF THE LIPID-CONTAINING BACTERIOPHAGE PRD1. 提交 2001-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）链 C 1–394（394 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 7 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；298 K；30% MPD, 0.1 M sodium acetate, 0.2 M NaCl, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.208
7OOK Bacteriophage PRD1 Major Capsid Protein P3 in complex with CPZ 提交 2021-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–395（395 aa）链 B 1–395（395 aa）链 C 1–395（395 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 5 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 10 Z80 3-(2-chloro-10H-phenothiazin-10-yl)-N,N-dimethylpropan-1-amine × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；please see: PMID: 10499799	分辨率 2.23 Å R-free 0.216

共 9 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	COA3_BPPRD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 B； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 C； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 D； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 E； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 F； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 G； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 H； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 I； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 J； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 K； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 L； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395

PROTEIN P30

物种未注明

UniProt P27391

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 900 PDB 声明：900-MERIC（900）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–83	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 720 （P22535） PROTEIN P31 × 60 （P27384） PROTEIN P16 × 60 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–83	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 12 （P22535） PROTEIN P31 × 1 （P27384） PROTEIN P16 × 1 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 75 PDB 声明：75-meric（75）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–83	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 60 （P22535） PROTEIN P31 × 5 （P27384） PROTEIN P16 × 5 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 90 PDB 声明：90-meric（90）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–83	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 72 （P22535） PROTEIN P31 × 6 （P27384） PROTEIN P16 × 6 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–83	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 12 （P22535） PROTEIN P31 × 1 （P27384） PROTEIN P16 × 1 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 900 PDB 声明：900-meric（900）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–83	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 720 （P22535） PROTEIN P31 × 60 （P27384） PROTEIN P16 × 60 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称	VPP_BPPRD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–83； UniProt 1–83

PROTEIN P31

物种未注明

UniProt P27384

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 900 PDB 声明：900-MERIC（900）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–126	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 720 （P22535） PROTEIN P30 × 60 （P27391） PROTEIN P16 × 60 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–126	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 12 （P22535） PROTEIN P30 × 1 （P27391） PROTEIN P16 × 1 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 75 PDB 声明：75-meric（75）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–126	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 60 （P22535） PROTEIN P30 × 5 （P27391） PROTEIN P16 × 5 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 90 PDB 声明：90-meric（90）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–126	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 72 （P22535） PROTEIN P30 × 6 （P27391） PROTEIN P16 × 6 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–126	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 12 （P22535） PROTEIN P30 × 1 （P27391） PROTEIN P16 × 1 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 900 PDB 声明：900-meric（900）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–126	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 720 （P22535） PROTEIN P30 × 60 （P27391） PROTEIN P16 × 60 （P27392）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称	VPC_BPPRD
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

PROTEIN P16

物种未注明

UniProt P27392

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 900 PDB 声明：900-MERIC（900）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1–117	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 720 （P22535） PROTEIN P30 × 60 （P27391） PROTEIN P31 × 60 （P27384）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1–117	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 12 （P22535） PROTEIN P30 × 1 （P27391） PROTEIN P31 × 1 （P27384）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 75 PDB 声明：75-meric（75）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1–117	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 60 （P22535） PROTEIN P30 × 5 （P27391） PROTEIN P31 × 5 （P27384）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 90 PDB 声明：90-meric（90）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1–117	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 72 （P22535） PROTEIN P30 × 6 （P27391） PROTEIN P31 × 6 （P27384）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1–117	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 12 （P22535） PROTEIN P30 × 1 （P27391） PROTEIN P31 × 1 （P27384）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 900 PDB 声明：900-meric（900）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1–117	未记录	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 720 （P22535） PROTEIN P30 × 60 （P27391） PROTEIN P31 × 60 （P27384）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3.7 W/V PEG 8000, 400 MM NACL 100 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2	分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称	VPS_BPPRD
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1w8x
沉积日期 deposition_date	2004-10-01
结构标题 title	Structural analysis of PRD1
关键词 keywords	VIRUS, P3 MAJOR CAPSID PROTEIN, P30 TAPE MEASURE, P31 PENTON PROTEIN, P16 MEMBRANE PROTEIN, VIRUS/VIRAL PROTEIN, ICOSAHEDRAL VIRUS; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.57 Å
零角强度 I(0) i0	4082980000.00
分子量 molecular_weight	539360.0 kDa
排除体积 excluded_volume	674340 Å³
包络体积 envelope_volume	977830 Å³
水化壳体积 shell_volume	130290 Å³
包络直径 envelope_diameter	232.0 Å
壳层 Rg shell_rg	63.39 Å
包络 Rg envelope_rg	61.90 Å
形状 Rg shape_rg	61.56 Å
总 Rg total_rg	61.62 Å
总原子数 total_atoms	38116
残基数 n_residues	4904
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	215.9 Å
Rg (实空间) rg_real	61.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0830e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3920e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4080000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7940
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	66.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.471
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.128
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1152000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.774; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3)
分子量 formula_weight	43477.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	38116

MAQVQQLTPAQQAALRNQQAMAANLQARQIVLQQSYPVIQQVETQTFDPANRSVFDVTPANVGIVKGFLVKVTAAITNNHATEAVALTDFGPANLVQRVIYYDPDNQRHTETSGWHLHFVNTAKQGAPFLSSMVTDSPIKYGDVMNVIDAPATIAAGATGELTMYYWVPLAYSETDLTGAVLANVPQSKQRLKLEFANNNTAFAAVGANPLEAIYQGAGAADCEFEEISYTVYQSYLDQLPVGQNGYILPLIDLSTLYNLENSAQAGLTPNVDFVVQYANLYRYLSTIAVFDNGGSFNAGTDINYLSQRTANFSDTRKLDPKTWAAQTRRRIATDFPKGVYYCDNRDKPIYTLQYGNVGFVVNPKTVNQNARLLMGYEYFTSRTELVNAGTISTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN P30
分子量 formula_weight	9061.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

ALINPQFPYAGPVPIPGPAPTETMPLLNYRVEGRIAGIQQARQFMPFLQGPHRAVAEQTYHAIGTGIQMGQTFNQPLINTQEG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN P31
分子量 formula_weight	13757.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MNVNNPNQMTVTPVYNGCDSGEGPQSVRGYFDAVAGENVKYDLTYLADTQGFTGVQCIYIDNAENDGAFEIDVEETGQRIKCPAGKQGYFPLLVPGRAKFVARHLGSGKKSVPLFFLNFTIAQGVW

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PROTEIN P16
分子量 formula_weight	12559.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MDKKKLLYWVGGGLVLILIWLWFRNRPAAQVASNWEGPPYMTYNQPQAGSVTLPVAGYTSPSPTLPNRNRSCGCNPAVSAAMAQGADLASKLTDSITSQLNDYASSLNDYLASQAGV

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

结构域编号 domain_id	d1w8xa_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xb_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xc_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xd_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xe_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xf_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xg_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xh_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xi_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xj_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xk_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xl_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xm_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xn_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xp_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	903.000 Å
晶胞边长 b length_b	920.600 Å
晶胞边长 c length_c	926.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2880

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.200 Å
最低分辨率 resolution_low	100.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/w8/1w8x/1w8x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w8/1w8x/1w8x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w8/1w8x/1w8x.dat

Structural analysis of PRD1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN P30

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN P31

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN P16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)