1w8x

Structural analysis of PRD1

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 900	PROTEIN P30 × 60 （P27391） PROTEIN P31 × 60 （P27384） PROTEIN P16 × 60 （P27392）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	PROTEIN P30 × 1 （P27391） PROTEIN P31 × 1 （P27384） PROTEIN P16 × 1 （P27392）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 75	PROTEIN P30 × 5 （P27391） PROTEIN P31 × 5 （P27384） PROTEIN P16 × 5 （P27392）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	PROTEIN P30 × 6 （P27391） PROTEIN P31 × 6 （P27384） PROTEIN P16 × 6 （P27392）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	PROTEIN P30 × 1 （P27391） PROTEIN P31 × 1 （P27384） PROTEIN P16 × 1 （P27392）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 900	PROTEIN P30 × 60 （P27391） PROTEIN P31 × 60 （P27384） PROTEIN P16 × 60 （P27392）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COA3_BPPRD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 B； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 C； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 D； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 E； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 F； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 G； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 H； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 I； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 J； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 K； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 L； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395

PROTEIN P30

物种未注明

UniProt P27391

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 900	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 720 （P22535） PROTEIN P31 × 60 （P27384） PROTEIN P16 × 60 （P27392）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 12 （P22535） PROTEIN P31 × 1 （P27384） PROTEIN P16 × 1 （P27392）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 75	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 60 （P22535） PROTEIN P31 × 5 （P27384） PROTEIN P16 × 5 （P27392）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 72 （P22535） PROTEIN P31 × 6 （P27384） PROTEIN P16 × 6 （P27392）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 12 （P22535） PROTEIN P31 × 1 （P27384） PROTEIN P16 × 1 （P27392）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 900	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 720 （P22535） PROTEIN P31 × 60 （P27384） PROTEIN P16 × 60 （P27392）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPP_BPPRD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–83； UniProt 1–83

PROTEIN P31

物种未注明

UniProt P27384

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 900	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 720 （P22535） PROTEIN P30 × 60 （P27391） PROTEIN P16 × 60 （P27392）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 12 （P22535） PROTEIN P30 × 1 （P27391） PROTEIN P16 × 1 （P27392）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 75	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 60 （P22535） PROTEIN P30 × 5 （P27391） PROTEIN P16 × 5 （P27392）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 72 （P22535） PROTEIN P30 × 6 （P27391） PROTEIN P16 × 6 （P27392）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 12 （P22535） PROTEIN P30 × 1 （P27391） PROTEIN P16 × 1 （P27392）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 900	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 720 （P22535） PROTEIN P30 × 60 （P27391） PROTEIN P16 × 60 （P27392）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPC_BPPRD
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

PROTEIN P16

物种未注明

UniProt P27392

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 900	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 720 （P22535） PROTEIN P30 × 60 （P27391） PROTEIN P31 × 60 （P27384）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 12 （P22535） PROTEIN P30 × 1 （P27391） PROTEIN P31 × 1 （P27384）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 75	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 60 （P22535） PROTEIN P30 × 5 （P27391） PROTEIN P31 × 5 （P27384）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 72 （P22535） PROTEIN P30 × 6 （P27391） PROTEIN P31 × 6 （P27384）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 12 （P22535） PROTEIN P30 × 1 （P27391） PROTEIN P31 × 1 （P27384）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 900	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3) × 720 （P22535） PROTEIN P30 × 60 （P27391） PROTEIN P31 × 60 （P27384）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS_BPPRD
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1w8x
沉积日期 deposition_date	2004-10-01
结构标题 title	Structural analysis of PRD1
关键词 keywords	VIRUS, P3 MAJOR CAPSID PROTEIN, P30 TAPE MEASURE, P31 PENTON PROTEIN, P16 MEMBRANE PROTEIN, VIRUS/VIRAL PROTEIN, ICOSAHEDRAL VIRUS; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1w8x__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1w8x__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1w8x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	295.80 Å
总 Rg	295.70 Å
原子数	2286960
残基数	294240
排除体积	40460000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1w8x__assembly_1__model_1`	900-MERIC （900）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1w8x__assembly_2__model_1`	pentadecameric （15）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1w8x__assembly_3__model_1`	75-meric （75）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1w8x__assembly_4__model_1`	90-meric （90）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1w8x__assembly_5__model_1`	pentadecameric （15）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`1w8x__assembly_6__model_1`	900-meric （900）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3)
分子量 formula_weight	43477.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	38116

MAQVQQLTPAQQAALRNQQAMAANLQARQIVLQQSYPVIQQVETQTFDPANRSVFDVTPANVGIVKGFLVKVTAAITNNHATEAVALTDFGPANLVQRVIYYDPDNQRHTETSGWHLHFVNTAKQGAPFLSSMVTDSPIKYGDVMNVIDAPATIAAGATGELTMYYWVPLAYSETDLTGAVLANVPQSKQRLKLEFANNNTAFAAVGANPLEAIYQGAGAADCEFEEISYTVYQSYLDQLPVGQNGYILPLIDLSTLYNLENSAQAGLTPNVDFVVQYANLYRYLSTIAVFDNGGSFNAGTDINYLSQRTANFSDTRKLDPKTWAAQTRRRIATDFPKGVYYCDNRDKPIYTLQYGNVGFVVNPKTVNQNARLLMGYEYFTSRTELVNAGTISTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN P30
分子量 formula_weight	9061.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

ALINPQFPYAGPVPIPGPAPTETMPLLNYRVEGRIAGIQQARQFMPFLQGPHRAVAEQTYHAIGTGIQMGQTFNQPLINTQEG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN P31
分子量 formula_weight	13757.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MNVNNPNQMTVTPVYNGCDSGEGPQSVRGYFDAVAGENVKYDLTYLADTQGFTGVQCIYIDNAENDGAFEIDVEETGQRIKCPAGKQGYFPLLVPGRAKFVARHLGSGKKSVPLFFLNFTIAQGVW

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PROTEIN P16
分子量 formula_weight	12559.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MDKKKLLYWVGGGLVLILIWLWFRNRPAAQVASNWEGPPYMTYNQPQAGSVTLPVAGYTSPSPTLPNRNRSCGCNPAVSAAMAQGADLASKLTDSITSQLNDYASSLNDYLASQAGV

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

结构域编号 domain_id	d1w8xa_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xb_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xc_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xd_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xe_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xf_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xg_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xh_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xi_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xj_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xk_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xl_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xm_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xn_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1w8xp_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

▶

晶胞边长 a length_a	903.000 Å
晶胞边长 b length_b	920.600 Å
晶胞边长 c length_c	926.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2880

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.200 Å
最低分辨率 resolution_low	100.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

Structural analysis of PRD1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN P30

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN P31

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN P16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1w8x__assembly_1__model_1

1w8x__assembly_1__model_1 | I(q)

1w8x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

7. 引用文献 (1)

Structural analysis of PRD1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR CAPSID PROTEIN (PROTEIN P3)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN P30

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN P31

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN P16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1w8x__assembly_1__model_1

1w8x__assembly_1__model_1 | I(q)

1w8x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

7. 引用文献 (1)