SAXSdb — 1w8y

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1w8y
沉积日期 deposition_date	2004-10-01
结构标题 title	Crystal structure of the nitrocefin acyl-DD-peptidase from Actinomadura R39.
关键词 keywords	HYDROLASE, PENICILLIN-BINDING, ACTINOMADURA, PEPTIDOGLYCAN, NITROCEFIN; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.79 Å
零角强度 I(0) i0	597943000.00
分子量 molecular_weight	192930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	236810 Å³
包络体积 envelope_volume	350340 Å³
水化壳体积 shell_volume	57543 Å³
包络直径 envelope_diameter	183.8 Å
壳层 Rg shell_rg	53.16 Å
包络 Rg envelope_rg	50.99 Å
形状 Rg shape_rg	52.79 Å
总 Rg total_rg	52.82 Å
总原子数 total_atoms	13562
残基数 n_residues	1866
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	177.7 Å
Rg (实空间) rg_real	52.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1970e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	597700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8828
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.249
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.677
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22890000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.772

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
分子量 formula_weight	50083.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.16.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14391

RLTELREDIDAILEDPALEGAVSGVVVVDTATGEELYSRDGGEQLLPASNMKLFTAAAALEVLGADHSFGTEVAAESAPGRRGEVQDLYLVGRGDPTLSAEDLDAMAAEVAASGVRTVRGDLYADDTWFDSERLVDDWWPEDEPYAYSAQISALTVAHGERFDTGVTEVSVTPAAEGEPADVDLGAAEGYAELDNRAVTGAAGSANTLVIDRPVGTNTIAVTGSLPADAAPVTALRTVDEPAALAGHLFEEALESNGVTVKGDVGLGGVPADWQDAEVLADHTSAELSEILVPFMKFSNNGHAEMLVKSIGQETAGAGTWDAGLVGVEEALSGLGVDTAGLVLNDGSGLSRGNLVTADTVVDLLGQAGSAPWAQTWSASLPVAGESDPFVGGTLANRMRGTAAEGVVEAKTGTMSGVSALSGYVPGPEGELAFSIVNNGHSGPAPLAVQDAIAVRLAEYAGHQAPEGARMMRGPVQGSGELECSWVQAC

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	(2R)-2-{(1R)-2-OXO-1-[(2-THIENYLACETYL)AMINO]ETHYL}-5,6-DIHYDRO-2H-1,3-THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID
分子量 formula_weight	342.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	829

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1w8ya_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.3 — Dac-like

结构域编号 domain_id	d1w8yb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.3 — Dac-like

结构域编号 domain_id	d1w8yc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.3 — Dac-like

结构域编号 domain_id	d1w8yd_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.3 — Dac-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1w8yA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	1w8yA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13

结构域编号 domain_id	1w8yB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	1w8yB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13

结构域编号 domain_id	1w8yC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	1w8yC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13

结构域编号 domain_id	1w8yD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	1w8yD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	103.490 Å
晶胞边长 b length_b	94.360 Å
晶胞边长 c length_c	107.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	19.940 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2770

fit	/app/data/saxs_computation/w8/1w8y/1w8y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w8/1w8y/1w8y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w8/1w8y/1w8y.dat

Crystal structure of the nitrocefin acyl-DD-peptidase from Actinomadura R39.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction