1w91

crystal structure of 1,4-BETA-D-XYLAN XYLOHYDROLASE solve using anomalous signal from Seleniomethionine

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-XYLOSIDASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XYNB_BACST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 A； PDB构建体 249–444； UniProt 251–446 作者链 A； PDB构建体 448–503； UniProt 449–504 作者链 A； PDB构建体 249–446； UniProt 251–448 作者链 B； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 B； PDB构建体 249–446； UniProt 251–448 作者链 B； PDB构建体 448–503； UniProt 449–504 作者链 C； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 C； PDB构建体 249–446； UniProt 251–448 作者链 C； PDB构建体 448–503； UniProt 449–504 作者链 D； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 D； PDB构建体 249–446； UniProt 251–448 作者链 D； PDB构建体 448–503； UniProt 449–504 作者链 E； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 E； PDB构建体 249–446； UniProt 251–448 作者链 E； PDB构建体 448–503； UniProt 449–504 作者链 F； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 F； PDB构建体 249–446； UniProt 251–448 作者链 F； PDB构建体 448–503； UniProt 449–504 作者链 G； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 G； PDB构建体 249–446； UniProt 251–448 作者链 G； PDB构建体 448–503； UniProt 449–504 作者链 H； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 H； PDB构建体 249–446； UniProt 251–448 作者链 H； PDB构建体 448–503； UniProt 449–504

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1w91
沉积日期 deposition_date	2004-10-05
结构标题 title	crystal structure of 1,4-BETA-D-XYLAN XYLOHYDROLASE solve using anomalous signal from Seleniomethionine
关键词 keywords	XYLOSIDASE, MAD, SEMET, TETRAMER, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1w91__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1w91__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1w91__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.97 Å
Rg（电子密度）	37.75 Å
总 Rg	38.39 Å
原子数	16328
残基数	1996
排除体积	290920 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1w91__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1w91__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d1w91a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.2 — Composite domain of glycosyl hydrolase families 5, 30, 39 and 51

结构域编号 domain_id	d1w91a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

结构域编号 domain_id	d1w91b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.2 — Composite domain of glycosyl hydrolase families 5, 30, 39 and 51

结构域编号 domain_id	d1w91b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

结构域编号 domain_id	d1w91c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.2 — Composite domain of glycosyl hydrolase families 5, 30, 39 and 51

结构域编号 domain_id	d1w91c2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

结构域编号 domain_id	d1w91d1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.2 — Composite domain of glycosyl hydrolase families 5, 30, 39 and 51

结构域编号 domain_id	d1w91d2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

结构域编号 domain_id	d1w91e1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.2 — Composite domain of glycosyl hydrolase families 5, 30, 39 and 51

结构域编号 domain_id	d1w91e2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

结构域编号 domain_id	d1w91f1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.2 — Composite domain of glycosyl hydrolase families 5, 30, 39 and 51

结构域编号 domain_id	d1w91f2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

结构域编号 domain_id	d1w91g1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.2 — Composite domain of glycosyl hydrolase families 5, 30, 39 and 51

结构域编号 domain_id	d1w91g2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

结构域编号 domain_id	d1w91h1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.2 — Composite domain of glycosyl hydrolase families 5, 30, 39 and 51

结构域编号 domain_id	d1w91h2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	1w91A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1500 — Glycosyl hydrolase domain; family 39

结构域编号 domain_id	1w91A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1w91B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1500 — Glycosyl hydrolase domain; family 39

结构域编号 domain_id	1w91B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1w91C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1500 — Glycosyl hydrolase domain; family 39

结构域编号 domain_id	1w91C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1w91D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1500 — Glycosyl hydrolase domain; family 39

结构域编号 domain_id	1w91D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1w91E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1500 — Glycosyl hydrolase domain; family 39

结构域编号 domain_id	1w91E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1w91F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1500 — Glycosyl hydrolase domain; family 39

结构域编号 domain_id	1w91F02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1w91G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1500 — Glycosyl hydrolase domain; family 39

结构域编号 domain_id	1w91G02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1w91H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1500 — Glycosyl hydrolase domain; family 39

结构域编号 domain_id	1w91H02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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晶胞边长 a length_a	93.698 Å
晶胞边长 b length_b	166.024 Å
晶胞边长 c length_c	313.063 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1770
R_work r_work	0.1740
R_free r_free	0.2420

描述 description	BETA-XYLOSIDASE
分子量 formula_weight	58151.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.2.37
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	35545

crystal structure of 1,4-BETA-D-XYLAN XYLOHYDROLASE solve using anomalous signal from Seleniomethionine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-XYLOSIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1w91__assembly_2__model_1

1w91__assembly_2__model_1 | I(q)

1w91__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2889

crystal structure of 1,4-BETA-D-XYLAN XYLOHYDROLASE solve using anomalous signal from Seleniomethionine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-XYLOSIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1w91__assembly_2__model_1

1w91__assembly_2__model_1 | I(q)

1w91__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)