1wbd

Crystal structure of E. coli DNA mismatch repair enzyme MutS, E38Q mutant, in complex with a G.T mismatch

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 130.6 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–800 链 B； UniProt 1–800	片段：RESIDUES 1-800 突变：YES	;5'-D(APGPCPTPGPCPCPAPGPGP CPAPCPCPAPGPTPG)-3' ; × 1 ;5'-D(APCPTPGPGPTPGPCPTPTP GPGPCPAPGPCPT)-3' ; × 1 ADP* ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；25 MM HEPES(7.5), 300 MM NACL, 10 MM MGCL2, 14 % PEG 6000., pH 7.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1WBD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1E3M The crystal structure of E. coli MutS binding to DNA with a G:T mismatch 提交 2000-06-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800 链 B 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；12-14 % PEG 6000, 150-300 MM NACL, 100 MM HEPES PH 7-8, 10 MM MGCL2, 100-150 MICROM ADP	分辨率 2.20 Å R-free 0.266
1NG9 E.coli MutS R697A: an ATPase-asymmetry mutant 提交 2002-12-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–800（800 aa）片段：residues 1-800 链 B 1–800（800 aa）片段：residues 1-800	突变：R697A 突变：R697A	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；PEG 6000, NaCl, MgCl2, HEPES, ADP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.60 Å R-free 0.249
1OH5 THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH A C:A MISMATCH 提交 2003-05-23	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800 链 B 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；12-14 % PEG 6000, 150-300 MM NACL 25 MM HEPES PH 7-8, 10 MM MGCL2, 100-150 MICROM ADP	分辨率 2.90 Å R-free 0.294
1OH6 THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH AN A:A MISMATCH 提交 2003-05-23	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800 链 B 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；12-14 % PEG 6000, 150-300 MM NACL 25 MM HEPES PH 7-8, 10 MM MGCL2, 100-150 MICROM ADP	分辨率 2.40 Å R-free 0.253
1OH7 THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH A G:G MISMATCH 提交 2003-05-23	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800 链 B 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；12-14 % PEG 6000, 150-300 MM NACL 25 MM HEPES PH 7-8, 10 MM MGCL2, 100-150 MICROM ADP	分辨率 2.50 Å R-free 0.276
1OH8 THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH AN UNPAIRED THYMIDINE 提交 2003-05-23	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800 链 B 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；12-14 % PEG 6000, 150-300 MM NACL 25 MM HEPES PH 7-8, 10 MM MGCL2, 100-150 MICROM ADP	分辨率 2.90 Å R-free 0.292
1W7A ATP bound MutS 提交 2004-08-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800 链 B 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；12-14% PEG6000, 150-300MM NACL, 10 MM MGCL2, 25 MM HEPES PH 7.5, 100 UM ADP	分辨率 2.27 Å R-free 0.253
1WB9 Crystal Structure of E. coli DNA Mismatch Repair enzyme MutS, E38T mutant, in complex with a G.T mismatch 提交 2004-10-31	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800 链 B 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800	突变：YES 突变：YES	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；25 MM HEPES(7.5), 300 MM NACL, 10 MM MGCL2, 14 % PEG 6000., pH 7.50	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
1WBB Crystal structure of E. coli DNA mismatch repair enzyme MutS, E38A mutant, in complex with a G.T mismatch 提交 2004-10-31	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800 链 B 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800	突变：YES 突变：YES	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；25 MM HEPES(7.5), 300 MM NACL, 10 MM MGCL2, 14 % PEG 6000., pH 7.50	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
2OK2 MutS C-terminal domain fused to Maltose Binding Protein 提交 2007-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 820–853（34 aa）片段：MBP/MutS C-terminal fusion 链 B 820–853（34 aa）片段：MBP/MutS C-terminal fusion	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；15% PEG 4K, 100 mM sodium citrate, 100 mM lithium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.277
2WTU Crystal structure of Escherichia coli MutS in complex with a 16 basepair oligo containing an A.A mismatch. 提交 2009-09-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800 链 B 1–800（800 aa）片段：RESIDUES 1-800	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；18% PEG 3350, 100 MM SODIUM CITRATE, 100 MM BIS TRIS PROPANE PH 7.5, 5 MM MGCL2, 100 MICROM ADP.	分辨率 3.40 Å R-free 0.263
3K0S Crystal structure of E.coli DNA mismatch repair protein MutS, D693N mutant, in complex with GT mismatched DNA 提交 2009-09-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–800（799 aa）片段：UNP residues 2-800 链 B 2–800（799 aa）片段：UNP residues 2-800	突变：D693N 突变：D693N	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；11% PEG 6000, 750mM NaCl, 25mM Hepes, 10mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.246
3ZLJ CRYSTAL STRUCTURE OF FULL-LENGTH E.COLI DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS D835R MUTANT IN COMPLEX WITH GT MISMATCHED DNA 提交 2013-02-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–800（800 aa）链 B 1–800（800 aa）	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；5MM TRIS PH8, 750MM NACL, 12% PEG 6000, 10MM MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 7.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.263
3ZLJ CRYSTAL STRUCTURE OF FULL-LENGTH E.COLI DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS D835R MUTANT IN COMPLEX WITH GT MISMATCHED DNA 提交 2013-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 801–853（53 aa）链 D 801–853（53 aa）	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；5MM TRIS PH8, 750MM NACL, 12% PEG 6000, 10MM MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 7.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.263
5AKB MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 1 提交 2015-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–800（800 aa）链 B 1–800（800 aa）	突变：YES 突变：YES	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE	分辨率 4.71 Å R-free 0.349
5AKB MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 1 提交 2015-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–800（800 aa）	突变：YES	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE	分辨率 4.71 Å R-free 0.349
5AKC MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 2 提交 2015-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–800（800 aa）链 B 1–800（800 aa）	突变：YES 突变：YES	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE	分辨率 6.60 Å R-free 0.291
5AKC MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 2 提交 2015-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–800（800 aa）链 F 1–800（800 aa）	突变：YES 突变：YES	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE	分辨率 6.60 Å R-free 0.291
5AKC MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 2 提交 2015-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 1–800（800 aa）链 J 1–800（800 aa）	突变：YES 突变：YES	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE	分辨率 6.60 Å R-free 0.291
5AKD MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 3 提交 2015-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–800（800 aa）链 B 1–800（800 aa）	突变：YES 突变：YES	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE	分辨率 7.60 Å R-free 0.306
5AKD MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 3 提交 2015-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–800（800 aa）链 F 1–800（800 aa）	突变：YES 突变：YES	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE	分辨率 7.60 Å R-free 0.306
5AKD MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 3 提交 2015-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 1–800（800 aa）链 J 1–800（800 aa）	突变：YES 突变：YES	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE	分辨率 7.60 Å R-free 0.306
6I5F Crystal structure of DNA-free E.coli MutS P839E dimer mutant 提交 2018-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–853（853 aa）链 B 1–853（853 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 13 SO4 SULFATE ION × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；297 K；0.1 M Hepes 7.0 7 % Dioxone 1.4 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.257
7AI6 MutS in mismatch bound state 提交 2020-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–853（853 aa）链 B 1–853（853 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging	分辨率 6.90 Å
7AI7 MutS in Intermediate state 提交 2020-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–853（853 aa）链 B 1–853（853 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å
7AIB MutS-MutL in clamp state 提交 2020-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–853（853 aa）链 B 1–853（853 aa）	突变：D825R,C93A,C235S,C239A,C297S,C569S,C711V,D246C 突变：D825R,C93A,C235S,C239A,C297S,C569S,C711V,D246C	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging	分辨率 4.70 Å
7AIC MutS-MutL in clamp state (kinked clamp domain) 提交 2020-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–853（853 aa）链 B 1–853（853 aa）	突变：D825R, C93A, C235S, C239A, C297S, C569S, C711V, D246C 突变：D825R, C93A, C235S, C239A, C297S, C569S, C711V, D246C	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging	分辨率 5.00 Å
7OTO The structure of MutS bound to two molecules of AMPPNP 提交 2021-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–800（800 aa）链 B 1–800（800 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7OU0 The structure of MutS bound to two molecules of ADP-Vanadate 提交 2021-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–799（799 aa）链 B 1–799（799 aa）	突变：R840E 突变：R840E	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 VO4 VANADATE ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7OU4 The structure of MutS bound to one molecule of ATP and one molecule of ADP 提交 2021-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–800（800 aa）链 B 1–800（800 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 24 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MUTS_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–800； UniProt 1–800 作者链 B； PDB构建体 1–800； UniProt 1–800

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1wbd
沉积日期 deposition_date	2004-10-31
结构标题 title	Crystal structure of E. coli DNA mismatch repair enzyme MutS, E38Q mutant, in complex with a G.T mismatch
关键词 keywords	DNA-BINDING, ATP-BINDING, DNA BINDING, DNA REPAIR, MISMATCH RECOGNITION; DNA-BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.21 Å
零角强度 I(0) i0	554493000.00
分子量 molecular_weight	184370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	227550 Å³
包络体积 envelope_volume	323260 Å³
水化壳体积 shell_volume	65308 Å³
包络直径 envelope_diameter	130.1 Å
壳层 Rg shell_rg	47.74 Å
包络 Rg envelope_rg	39.02 Å
形状 Rg shape_rg	40.22 Å
总 Rg total_rg	40.58 Å
总原子数 total_atoms	12913
残基数 n_residues	1577
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.6 Å
Rg (实空间) rg_real	40.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.3120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	554600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8296
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.142
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.532
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS
分子量 formula_weight	89603.4 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13160

MSAIENFDAHTPMMQQYLRLKAQHPEILLFYRMGDFYQLFYDDAKRASQLLDISLTKRGASAGEPIPMAGIPYHAVENYLAKLVNQGESVAICEQIGDPATSKGPVERKVVRIVTPGTISDEALLQERQDNLLAAIWQDSKGFGYATLDISSGRFRLSEPADRETMAAELQRTNPAELLYAEDFAEMSLIEGRRGLRRRPLWEFEIDTARQQLNLQFGTRDLVGFGVENAPRGLCAAGCLLQYAKDTQRTTLPHIRSITMEREQDSIIMDAATRRNLEITQNLAGGAENTLASVLDCTVTPMGSRMLKRWLHMPVRDTRVLLERQQTIGALQDFTAGLQPVLRQVGDLERILARLALRTARPRDLARMRHAFQQLPELRAQLETVDSAPVQALREKMGEFAELRDLLERAIIDTPPVLVRDGGVIASGYNEELDEWRALADGATDYLERLEVRERERTGLDTLKVGFNAVHGYYIQISRGQSHLAPINYMRRQTLKNAERYIIPELKEYEDKVLTSKGKALALEKQLYEELFDLLLPHLEALQQSASALAELDVLVNLAERAYTLNYTCPTFIDKPGIRITEGRHPVVEQVLNEPFIANPLNLSPQRRMLIITGPNMGGKSTYMRQTALIALMAYIGSYVPAQKVEIGPIDRIFTRVGAADDLASGRSTFMVEMTETANILHNATEYSLVLMDEIGRGTSTYDGLSLAWACAENLANKIKALTLFATHYFELTQLPEKMEGVANVHLDALEHGDTIAFMHSVQDGAASKSYGLAVAALAGVPKEVIKRARQKLRELESIS

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-D(APGPCPTPGPCPCPAPGPGP CPAPCPCPAPGPTPG)-3' ;
分子量 formula_weight	5526.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

AGCTGCCAGGCACCAGTG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;5'-D(APCPTPGPGPTPGPCPTPTP GPGPCPAPGPCP*T)-3' ;
分子量 formula_weight	5234.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

ACTGGTGCTTGGCAGCT

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	247

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d1wbda1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.113 — DNA repair protein MutS, domain III
超家族 Superfamily superfamily	a.113.1 — DNA repair protein MutS, domain III
家族 Family family	a.113.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1wbda2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1wbda3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.6 — DNA repair protein MutS, domain II
家族 Family family	c.55.6.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1wbda4
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.75 — MutS N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.75.2 — DNA repair protein MutS, domain I
家族 Family family	d.75.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1wbdb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.6 — DNA repair protein MutS, domain II
家族 Family family	c.55.6.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1wbdb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.113 — DNA repair protein MutS, domain III
超家族 Superfamily superfamily	a.113.1 — DNA repair protein MutS, domain III
家族 Family family	a.113.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1wbdb3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	1wbdA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1170 — MutS, DNA mismatch repair protein, domain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA repair protein MutS, domain I

结构域编号 domain_id	1wbdA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — MutS, connector domain

结构域编号 domain_id	1wbdA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1420 — MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1wbdA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1420 — MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1wbdA05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1wbdB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1170 — MutS, DNA mismatch repair protein, domain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA repair protein MutS, domain I

结构域编号 domain_id	1wbdB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — MutS, connector domain

结构域编号 domain_id	1wbdB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1420 — MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1wbdB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1420 — MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1wbdB05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	89.620 Å
晶胞边长 b length_b	92.042 Å
晶胞边长 c length_c	260.977 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2590

fit	/app/data/saxs_computation/wb/1wbd/1wbd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wb/1wbd/1wbd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wb/1wbd/1wbd.dat

Crystal structure of E. coli DNA mismatch repair enzyme MutS, E38Q mutant, in complex with a G.T mismatch

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)