1wbj

wildtype tryptophan synthase complexed with glycerol phosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN

SALMONELLA TYPHIMURIUM

UniProt P00929

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–268 未记录 TRYPTOPHAN SYNTHASE BETA CHAIN × 2 (P00933) G3P SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;293 K;10 MG/ML PROTEIN, RESERVOIR:50 MM TRIS-BIS-PROPANE PH 7.8, 100 MM NACL, 12% PEG8000, 50 MM GLYCEROL PHOSPHATE, 1.5 MM SPERMIDINE, 20 DEG, HANGING DROP IN THE DARK 分辨率 1.50 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 112 个其他 PDB 条目、115 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPA_SALTY
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–268; UniProt 1–268

TRYPTOPHAN SYNTHASE BETA CHAIN

SALMONELLA TYPHIMURIUM

UniProt P00933

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–396 未记录 TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN × 2 (P00929) G3P SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;293 K;10 MG/ML PROTEIN, RESERVOIR:50 MM TRIS-BIS-PROPANE PH 7.8, 100 MM NACL, 12% PEG8000, 50 MM GLYCEROL PHOSPHATE, 1.5 MM SPERMIDINE, 20 DEG, HANGING DROP IN THE DARK 分辨率 1.50 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPB_SALTY
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–396; UniProt 1–396

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1wbj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1wbj
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1wbj
沉积日期 deposition_date2004-11-01
结构标题 titlewildtype tryptophan synthase complexed with glycerol phosphate
关键词 keywordsLYASE, PYRIDOXAL PHOSPHATE, TRYPTOPHAN BIOSYNTHESIS; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.32
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.49
零角强度 I(0) i082578200.00
分子量 molecular_weight71014.0 kDa
排除体积 excluded_volume88735 ų
包络体积 envelope_volume102240 ų
水化壳体积 shell_volume32334 ų
包络直径 envelope_diameter97.8
壳层 Rg shell_rg33.83
包络 Rg envelope_rg26.78
形状 Rg shape_rg26.47
总 Rg total_rg27.26
总原子数 total_atoms4988
残基数 n_residues657
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.5
Rg (实空间) rg_real26.27
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.12
I(0) (实空间) i0_real7.9180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.7840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal82580000.0000
解质量估计 total_estimate0.6813
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary29.5
偏度 Skewness skewness0.364
峰度 Kurtosis kurtosis-0.400
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha2.0970
最高正则化参数 α highest_alpha23450000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.969; Stabil: 0.983; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1wbja_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family familyc.1.2.4 — Tryptophan biosynthesis enzymes
结构域编号 domain_idd1wbjb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamilyc.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family familyc.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1wbjA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
结构域编号 domain_id1wbjB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1100
结构域编号 domain_id1wbjB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1100

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)