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1weq

Solution structure of PHD domain in PHD finger protein 7

Method: SOLUTION NMR Dmax: 46.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHD finger protein 7

Mus musculus

UniProt Q9DAG9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 232–303 片段：PHD domain ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：0.8mM U-15, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 0.1mM ZnCl2; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1WEQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8JWJ PHD Finger Protein 7 (PHF7) in complex with UBE2D2 提交 2023-06-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–307（280 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；277 K；MPD, Tris
分辨率 2.96 Å R-free 0.222
8JWJ PHD Finger Protein 7 (PHF7) in complex with UBE2D2 提交 2023-06-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 28–307（280 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；277 K；MPD, Tris
分辨率 2.96 Å R-free 0.222
8JWS ePHD domain of PHD Finger Protein 7 (PHF7) 提交 2023-06-29 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–149（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.7；277 K；PEG 3350, LiCl, Bicine
分辨率 2.00 Å R-free 0.223
8JWS ePHD domain of PHD Finger Protein 7 (PHF7) 提交 2023-06-29 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 28–149（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.7；277 K；PEG 3350, LiCl, Bicine
分辨率 2.00 Å R-free 0.223
8JWS ePHD domain of PHD Finger Protein 7 (PHF7) 提交 2023-06-29 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 28–149（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.7；277 K；PEG 3350, LiCl, Bicine
分辨率 2.00 Å R-free 0.223
8JWU PHD Finger Protein 7 (PHF7) fused to UBE2D2 via a (GSGG)3 linker 提交 2023-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–307（280 aa）
突变：S346R,C409K ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；PEG8000, DMSO, MOPS
分辨率 3.58 Å R-free 0.265
8JWU PHD Finger Protein 7 (PHF7) fused to UBE2D2 via a (GSGG)3 linker 提交 2023-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 28–307（280 aa）
突变：S346R,C409K ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；PEG8000, DMSO, MOPS
分辨率 3.58 Å R-free 0.265
8JWU PHD Finger Protein 7 (PHF7) fused to UBE2D2 via a (GSGG)3 linker 提交 2023-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 28–307（280 aa）
突变：S346R,C409K ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；PEG8000, DMSO, MOPS
分辨率 3.58 Å R-free 0.265

共 3 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHF7_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–79； UniProt 232–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1weq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1weq
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1weq
沉积日期 deposition_date2004-05-25
结构标题 titleSolution structure of PHD domain in PHD finger protein 7
关键词 keywordsstructural genomics, PHD domain, PHD finger protein 7, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.44 Å
零角强度 I(0) i0664341000.00
分子量 molecular_weight188780.0 kDa
排除体积 excluded_volume224120 ų
包络体积 envelope_volume61912 ų
水化壳体积 shell_volume21347 ų
包络直径 envelope_diameter82.7 Å
壳层 Rg shell_rg31.05 Å
包络 Rg envelope_rg28.40 Å
形状 Rg shape_rg16.49 Å
总 Rg total_rg16.71 Å
总原子数 total_atoms24800
残基数 n_residues1700
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax46.1 Å
Rg (实空间) rg_real14.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.10 Å
I(0) (实空间) i0_real6.3140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal664300000.0000
解质量估计 total_estimate0.6615
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.5 Å
偏度 Skewness skewness0.559
峰度 Kurtosis kurtosis-0.083
角度范围 angular_range— – 0.4850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha2.6630
最高正则化参数 α highest_alpha181400.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.022; Oscil: 0.891; Stabil: 0.989; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1weqa1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.50 — FYVE/PHD zinc finger
超家族 Superfamily superfamilyg.50.1 — FYVE/PHD zinc finger
家族 Family familyg.50.1.2 — PHD domain
结构域编号 domain_idd1weqa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1weqa3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1weqA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)