8jwj

PHD Finger Protein 7 (PHF7) in complex with UBE2D2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 131.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jwj
沉积日期 deposition_date	2023-06-29
结构标题 title	PHD Finger Protein 7 (PHF7) in complex with UBE2D2
关键词 keywords	Ubiquitin, RING ligase, PHD, complex, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.55 Å
零角强度 I(0) i0	158250000.00
分子量 molecular_weight	96454.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118570 Å³
包络体积 envelope_volume	167630 Å³
水化壳体积 shell_volume	39375 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.4 Å
壳层 Rg shell_rg	40.99 Å
包络 Rg envelope_rg	37.05 Å
形状 Rg shape_rg	37.45 Å
总 Rg total_rg	38.10 Å
总原子数 total_atoms	6694
残基数 n_residues	839
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.9 Å
Rg (实空间) rg_real	38.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	158200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8314
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.400
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.193
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.687; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.810

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	PHD finger protein 7
分子量 formula_weight	33741.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6694

GPGIQSSSPVCLLCLQEPGDPEKLGEFLQKDNLCVHYFCLILSSRLPQKGQPNRGLHGFMPEDIKREAVRASKKICFVCKKKGAAIRCQNDQCVQNFHLPCGQERGCLSQFFGEYKSYCRKHRPTQNIHQGSLGEESCVLCCENLSRTSVENIQSPCCSQAIYHRKCIQKYAHTSAKHFFKCPQCNNREEFPQEMLRMGIHIPDRDAAWELEPGAFSELYQRYRHCDAPICLYEQGRDSFEDEGRWRLILCATCGSHGTHRDCSSLRPNSKKWECNECLPASTTSGSTGSGGGSGGLPET

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
分子量 formula_weight	17248.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23,2.3.2.24
突变 mutation	S22R, C85K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GGGILMALKRIHKELNDLARDPPAQCRAGPVGDDMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIHFPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINSNGSIKLDILRSQWSPALTISKVLLSICSLLCDPNPDDPLVPEIARIYKTDREKYNRIAREWTQKYAM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.304 Å
晶胞边长 b length_b	106.825 Å
晶胞边长 c length_c	145.759 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.960 Å
最低分辨率 resolution_low	47.350 Å
R 因子 r_factor	0.1959
R_work r_work	0.1941
R_free r_free	0.2220

fit	/app/data/saxs_computation/jw/8jwj/8jwj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jw/8jwj/8jwj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jw/8jwj/8jwj.dat

PHD Finger Protein 7 (PHF7) in complex with UBE2D2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)