8gcb

Structure of RNF125 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 71.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gcb
沉积日期 deposition_date	2023-03-01
结构标题 title	Structure of RNF125 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate
关键词 keywords	ubiquitin RING E3 ligase Ubiquitin conjugating enzyme Complex, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.06 Å
零角强度 I(0) i0	14215700.00
分子量 molecular_weight	27772.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34529 Å³
包络体积 envelope_volume	42087 Å³
水化壳体积 shell_volume	17755 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.3 Å
壳层 Rg shell_rg	26.24 Å
包络 Rg envelope_rg	21.11 Å
形状 Rg shape_rg	21.04 Å
总 Rg total_rg	21.85 Å
总原子数 total_atoms	1936
残基数 n_residues	241
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.6 Å
Rg (实空间) rg_real	21.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4220e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14220000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8862
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.384
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.432
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3146000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.894; Smooth: 0.978

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
分子量 formula_weight	17214.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23,2.3.2.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1936

GPLGSMALKRIHKELNDLARDPPAQSRAGPVGDDMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIHFPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINSNGSIKLDILRSQWSPALTISKVLLSISSLLSDPNPDDPLVPEIARIYKTDREKYNRIAREWTQKYAM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RNF125
分子量 formula_weight	11345.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPLGSVTSFDCAVCLEVLHQPVRTRCGHVFCRSCIATSLKNNKWTCPYCRAYLPSEGVPATDVAKRMKSEYKNCAECDTLVCLSEMRAHIRTCQKYIDKYG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8gcbA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	59.325 Å
晶胞边长 b length_b	59.325 Å
晶胞边长 c length_c	185.821 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.390 Å
最低分辨率 resolution_low	46.500 Å
R 因子 r_factor	0.2536
R_work r_work	0.2528
R_free r_free	0.2708

fit	/app/data/saxs_computation/gc/8gcb/8gcb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gc/8gcb/8gcb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gc/8gcb/8gcb.dat

Structure of RNF125 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)