8vk8

Structure of UbV.d2.1 in complex with Ube2d2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 122.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vk8
沉积日期 deposition_date	2024-01-08
结构标题 title	Structure of UbV.d2.1 in complex with Ube2d2
关键词 keywords	Ubiquitin conjugating enzyme, Ubiquitin variant, E2 enzyme, inhibitor, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.58 Å
零角强度 I(0) i0	129146000.00
分子量 molecular_weight	92077.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116140 Å³
包络体积 envelope_volume	156000 Å³
水化壳体积 shell_volume	40681 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.37 Å
包络 Rg envelope_rg	33.10 Å
形状 Rg shape_rg	33.58 Å
总 Rg total_rg	34.00 Å
总原子数 total_atoms	6499
残基数 n_residues	815
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.0 Å
Rg (实空间) rg_real	34.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	129100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8433
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.481
峰度 Kurtosis kurtosis	0.151
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.673; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.955

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
分子量 formula_weight	17118.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23,2.3.2.24
突变 mutation	C21S, C107S, and C111S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G
原子数 atom_count	6499

GPLGSMALKRIHKELNDLARDPPAQSSAGPVGDDMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIHFPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINSNGSICLDILRSQWSPALTISKVLLSISSLLSDPNPDDPLVPEIARIYKTDREKYNRIAREWTQKYAM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin variant D2.1
分子量 formula_weight	10374.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,E,F,H

GPGDYKDDDDKMHIFVRTLTGTYIPLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGNQLEDGRTLSDYNIKTGSILTLVWSLRRLKGGGSGG

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	129.774 Å
晶胞边长 b length_b	129.774 Å
晶胞边长 c length_c	123.106 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	30

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.990 Å
最低分辨率 resolution_low	41.500 Å
R 因子 r_factor	0.2492
R_work r_work	0.2469
R_free r_free	0.2954

fit	/app/data/saxs_computation/vk/8vk8/8vk8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vk/8vk8/8vk8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vk/8vk8/8vk8.dat

Structure of UbV.d2.1 in complex with Ube2d2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)