P120GAP
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 714–1047 | 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 714 - 1047 | 无其他共同聚合物 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;SEE REFERENCE 1, pH 6.5 | 分辨率 1.60 Å R-free 0.271 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1WER | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1WQ1 RAS-RASGAP COMPLEX 提交 1997-07-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 G
714–1047(334 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 714 - 1047
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8;SEE REF. DESCRIBING THE STRUCTURE, pH 8.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.319 |
| 2GQI Solution structure of the SH3 domain of human Ras GTPase-activating protein 1 提交 2006-04-21 | 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
282–339(58 aa)
片段:SH3 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7;298 K;离子强度(mmCIF原始值)120mM;压力 ambient
NMR样品组成
1.17mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl (pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3, 10% D2O; 90% H2O | 10% D2O; 90% H2O
|
分辨率未提供 |
| 2GSB Solution structure of the second SH2 domain of human Ras GTPase-activating protein 1 提交 2006-04-26 | 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
341–446(106 aa)
片段:SH2 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7;293 K;离子强度(mmCIF原始值)120 mM;压力 ambient
NMR样品组成
1.27mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl (pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3, 10% D2O; 90% H2O | 10% D2O; 90% H2O
|
分辨率未提供 |
| 2J05 Crystal structure of the RasGAP SH3 domain at 1.5 Angstrom resolution 提交 2006-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
281–341(61 aa)
片段:SH3 DOMAIN, RESIDUES 281-341
链 B
281–341(61 aa)
片段:SH3 DOMAIN, RESIDUES 281-341
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 9;100 MM KNO3, 100 MM TAPS, PH 9 AND 40% PEG 8000
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.199 |
| 2J06 Crystal structure of the RasGAP SH3 domain at 1.8 Angstrom resolution 提交 2006-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
281–341(61 aa)
片段:SH3 DOMAIN, RESIDUES 281-341
链 B
281–341(61 aa)
片段:SH3 DOMAIN, RESIDUES 281-341
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 9;90 MM KNO3, 15.5% GLYCEROL, 90 MM TAPS, PH 9 AND 45.5% PEG8000
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.240 |
| 2M51 NMR structure of the SH3 domain of human RAS p21 protein activator (GTPase activating protein) 1 提交 2013-02-12 | 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
281–341(61 aa)
片段:UNP residues 281-341
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.798;压力 ambient
NMR样品组成
1.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 4FSS Crystal structure of a RAS p21 protein activator (RASA1) from Homo sapiens at 2.25 A resolution 提交 2012-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
281–341(61 aa)
片段:SH3 domain residues 281-341
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;277 K;20.00% Glycerol, 1.600M NH4H2PO4, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.237 |
| 4FSS Crystal structure of a RAS p21 protein activator (RASA1) from Homo sapiens at 2.25 A resolution 提交 2012-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
281–341(61 aa)
片段:SH3 domain residues 281-341
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;277 K;20.00% Glycerol, 1.600M NH4H2PO4, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.237 |
| 4FSS Crystal structure of a RAS p21 protein activator (RASA1) from Homo sapiens at 2.25 A resolution 提交 2012-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 C
281–341(61 aa)
片段:SH3 domain residues 281-341
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;277 K;20.00% Glycerol, 1.600M NH4H2PO4, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.237 |
| 6PXB N-Terminal SH2 domain of the p120RasGAP 提交 2019-07-25 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 F
174–280(107 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;21% PEG 10,000
0.1M Tris pH 8.0
0.2M Ammonium Acetate
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.263 |
| 6PXB N-Terminal SH2 domain of the p120RasGAP 提交 2019-07-25 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 C
174–280(107 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;21% PEG 10,000
0.1M Tris pH 8.0
0.2M Ammonium Acetate
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.263 |
| 6PXB N-Terminal SH2 domain of the p120RasGAP 提交 2019-07-25 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
174–280(107 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;21% PEG 10,000
0.1M Tris pH 8.0
0.2M Ammonium Acetate
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.263 |
| 6PXB N-Terminal SH2 domain of the p120RasGAP 提交 2019-07-25 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 D
174–280(107 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;21% PEG 10,000
0.1M Tris pH 8.0
0.2M Ammonium Acetate
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.263 |
| 6PXB N-Terminal SH2 domain of the p120RasGAP 提交 2019-07-25 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 E
174–280(107 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;21% PEG 10,000
0.1M Tris pH 8.0
0.2M Ammonium Acetate
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.263 |
| 6PXB N-Terminal SH2 domain of the p120RasGAP 提交 2019-07-25 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
174–280(107 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;21% PEG 10,000
0.1M Tris pH 8.0
0.2M Ammonium Acetate
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.263 |
| 6PXC N-Terminal SH2 domain of the p120RasGAP bound to a p190RhoGAP phosphotyrosine peptide 提交 2019-07-25 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
174–280(107 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;1.8M Sodium Malonate
0.1M Bis Tris 6.5
2% PEG MME 550
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.210 |
| 6WAX C-terminal SH2 domain of p120RasGAP 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
340–444(105 aa)
|
突变:C372S, C402S | SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;2.3 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis Tris pH 6.5
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.197 |
| 6WAX C-terminal SH2 domain of p120RasGAP 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
340–444(105 aa)
|
突变:C372S, C402S | SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;2.3 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis Tris pH 6.5
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.197 |
| 6WAY C-terminal SH2 domain of p120RasGAP in complex with p190RhoGAP phosphotyrosine peptide 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
340–444(105 aa)
|
突变:C372S, C402S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;1.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.190 |
| 8BOS Transition state analogue complex of small G protein and its GAP effector 提交 2022-11-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 G
713–1042(330 aa)
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MGF TRIFLUOROMAGNESATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GAI GUANIDINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;precipitant: HEPES-Na 100 mM pH = 8.0, PEG3350 22% (w/v), (NH4)2SO4 20 mM, Gd-HCl 100 mM, NaF 20 mM
protein buffer: HRas 0.400 mM, RasGAP 0.400 mM, HEPES-Na 20 mM, NaF 20 mM
drop size: 5 uL, protein:precipitant ratio: 1:1.2
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.280 |
| 8DGQ Crystal structure of p120RasGAP SH2-SH3-SH2 in complex with p190RhoGAP doubly phosphorylated peptide 提交 2022-06-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
174–444(271 aa)
|
未记录 | MLI MALONATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;293 K;0.5 M Sodium Malonate pH 5.0, 0.1 M sodium acetate trihydrate salt, 6% PEG 20,000
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.256 |
| 8DGQ Crystal structure of p120RasGAP SH2-SH3-SH2 in complex with p190RhoGAP doubly phosphorylated peptide 提交 2022-06-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
174–444(271 aa)
|
未记录 | MLI MALONATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;293 K;0.5 M Sodium Malonate pH 5.0, 0.1 M sodium acetate trihydrate salt, 6% PEG 20,000
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.256 |
| 9BZ4 Crystal structure of the C2 and GAP domains of human p120RasGAP 提交 2024-05-24 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
581–1047(467 aa)
片段:UNP Residues 581-1047
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;298 K;0.2M Ammonium Phosphate Dibasic
0.1M MOPS pH 7.4
26% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.284 |
| 9BZ4 Crystal structure of the C2 and GAP domains of human p120RasGAP 提交 2024-05-24 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
581–1047(467 aa)
片段:UNP Residues 581-1047
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;298 K;0.2M Ammonium Phosphate Dibasic
0.1M MOPS pH 7.4
26% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.284 |
| 9BZ4 Crystal structure of the C2 and GAP domains of human p120RasGAP 提交 2024-05-24 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 C
581–1047(467 aa)
片段:UNP Residues 581-1047
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;298 K;0.2M Ammonium Phosphate Dibasic
0.1M MOPS pH 7.4
26% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.284 |
| 9BZ4 Crystal structure of the C2 and GAP domains of human p120RasGAP 提交 2024-05-24 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 D
581–1047(467 aa)
片段:UNP Residues 581-1047
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;298 K;0.2M Ammonium Phosphate Dibasic
0.1M MOPS pH 7.4
26% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.284 |
共 14 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | RASA1_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–334; UniProt 714–1047 |