1wfx

Crystal Structure of APE0204 from Aeropyrum pernix

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Probable RNA 2'-phosphotransferase ;

Aeropyrum pernix

UniProt Q9YFP5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 5 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 3 ZINC ION × 3 CHLORIDE ION × 15 water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KPTA_AERPE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–186; UniProt 35–220

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1wfx
沉积日期 deposition_date2004-05-27
结构标题 titleCrystal Structure of APE0204 from Aeropyrum pernix
关键词 keywords;RNA 2'-phosphotransferase, tRNA splicing, NAD, Structural Genomics, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, transferase ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1wfx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1wfx__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1wfx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)18.31 Å
Rg(电子密度)17.57 Å
总 Rg18.39 Å
原子数1448
残基数177
排除体积25831 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1wfx__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1wfx__assembly_2__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1wfxa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.166 — ADP-ribosylation
超家族 Superfamily superfamilyd.166.1 — ADP-ribosylation
家族 Family familyd.166.1.5 — Tpt1/KptA

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1wfxA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1/KptA family, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1wfxA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology170 — ADP-ribosylation fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
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7. 引用文献 (1)