8tg4

;tRNA 2'-phosphotransferase (Tpt1) from Aeropyrum pernix in complex with ADP-ribose-2"-phosphate and 2'-OH RNA ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tg4
沉积日期 deposition_date	2023-07-12
结构标题 title	;tRNA 2'-phosphotransferase (Tpt1) from Aeropyrum pernix in complex with ADP-ribose-2"-phosphate and 2'-OH RNA ;
关键词 keywords	;tRNA 2'-PHOSPHOTRANSFERASE, TPT1, tRNA SPLICING, ADP-ribose-2"-phosphate, Aeropyrum pernix, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.18 Å
零角强度 I(0) i0	10185400.00
分子量 molecular_weight	22514.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27692 Å³
包络体积 envelope_volume	31641 Å³
水化壳体积 shell_volume	15713 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.2 Å
壳层 Rg shell_rg	22.76 Å
包络 Rg envelope_rg	17.52 Å
形状 Rg shape_rg	17.21 Å
总 Rg total_rg	17.94 Å
总原子数 total_atoms	1565
残基数 n_residues	186
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.4 Å
Rg (实空间) rg_real	17.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10190000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7794
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.380
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.236
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3168000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.719; Stabil: 0.993; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	;Probable RNA 2'-phosphotransferase ;
分子量 formula_weight	23382.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1718

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMRVRLSKTLAGILRHHPGRYGVRLTREGWARVSEVVEGLRKAGWSWVEEWHIVGVALHDPKGRYELRNGEIRARYGHSIPVNVEPLPGEPPPILYHGTTEEALPLIMERGIMRGRRLKVHLTSSLEDAVSTGRRHGNLVAVLLVDVECLRRRGLKVERMSKTVYTVDWVPPECIAEVRRESLGRSL

来源 Source

来源生物 organism	Aeropyrum pernix
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	56636
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(UPGPUPA)-3') ;
分子量 formula_weight	1548.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

UGUAU

Entity 3 non-polymer

描述 description	NITRATE ION
分子量 formula_weight	62.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3R,4R,5R)-3,5-dihydroxy-4-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) ;
分子量 formula_weight	639.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	145

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	39.844 Å
晶胞边长 b length_b	55.701 Å
晶胞边长 c length_c	42.249 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.79 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.370 Å
最低分辨率 resolution_low	41.860 Å
R 因子 r_factor	0.1499
R_work r_work	0.1486
R_free r_free	0.1750

fit	/app/data/saxs_computation/tg/8tg4/8tg4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tg/8tg4/8tg4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tg/8tg4/8tg4.dat

;tRNA 2'-phosphotransferase (Tpt1) from Aeropyrum pernix in complex with ADP-ribose-2"-phosphate and 2'-OH RNA ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)