8tg4

tRNA 2'-phosphotransferase (Tpt1) from Aeropyrum pernix in complex with ADP-ribose-2"-phosphate and 2'-OH RNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Probable RNA 2'-phosphotransferase ;

Aeropyrum pernix

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	;RNA (5'-R(UPGPUPA)-3') ; × 1 NITRATE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 ;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3R,4R,5R)-3,5-dihydroxy-4-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) ; × 1 POTASSIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 2 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KPTA_AERPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–206； UniProt 35–220

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tg4
沉积日期 deposition_date	2023-07-12
结构标题 title	tRNA 2'-phosphotransferase (Tpt1) from Aeropyrum pernix in complex with ADP-ribose-2"-phosphate and 2'-OH RNA
关键词 keywords	;tRNA 2'-PHOSPHOTRANSFERASE, TPT1, tRNA SPLICING, ADP-ribose-2"-phosphate, Aeropyrum pernix, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8tg4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8tg4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8tg4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.84 Å
Rg（电子密度）	17.18 Å
总 Rg	17.94 Å
原子数	1565
残基数	186
排除体积	27692 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8tg4__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Probable RNA 2'-phosphotransferase ;
分子量 formula_weight	23382.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1718

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMRVRLSKTLAGILRHHPGRYGVRLTREGWARVSEVVEGLRKAGWSWVEEWHIVGVALHDPKGRYELRNGEIRARYGHSIPVNVEPLPGEPPPILYHGTTEEALPLIMERGIMRGRRLKVHLTSSLEDAVSTGRRHGNLVAVLLVDVECLRRRGLKVERMSKTVYTVDWVPPECIAEVRRESLGRSL

来源 Source

来源生物 organism	Aeropyrum pernix
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	56636
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(UPGPUPA)-3') ;
分子量 formula_weight	1548.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

UGUAU

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NITRATE ION
分子量 formula_weight	62.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3R,4R,5R)-3,5-dihydroxy-4-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) ;
分子量 formula_weight	639.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	145

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晶胞边长 a length_a	39.844 Å
晶胞边长 b length_b	55.701 Å
晶胞边长 c length_c	42.249 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.79 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.370 Å
最低分辨率 resolution_low	41.860 Å
R 因子 r_factor	0.1499
R_work r_work	0.1486
R_free r_free	0.1750

tRNA 2'-phosphotransferase (Tpt1) from Aeropyrum pernix in complex with ADP-ribose-2"-phosphate and 2'-OH RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Probable RNA 2'-phosphotransferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8tg4__assembly_1__model_1

8tg4__assembly_1__model_1 | I(q)

8tg4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

tRNA 2'-phosphotransferase (Tpt1) from Aeropyrum pernix in complex with ADP-ribose-2"-phosphate and 2'-OH RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Probable RNA 2'-phosphotransferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8tg4__assembly_1__model_1

8tg4__assembly_1__model_1 | I(q)

8tg4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)