Anti-silencing protein 1
Saccharomyces cerevisiae
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 1–169 | 未记录 | 无其他共同聚合物 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;PEG8K, AS, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | 分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1WG3 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1ROC Crystal structure of the histone deposition protein Asf1 提交 2003-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
2–154(153 aa)
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;291 K;PEG 3350, sodium bromide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.246 |
| 2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
2–169(168 aa)
片段:residues 2-169
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;295 K;0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.239 |
| 2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 A
2–169(168 aa)
片段:residues 2-169
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;295 K;0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.239 |
| 2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 A
2–169(168 aa)
片段:residues 2-169
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;295 K;0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.239 |
| 2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 A
2–169(168 aa)
片段:residues 2-169
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;295 K;0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.239 |
| 2IDC Structure of the Histone H3-Asf1 Chaperone Interaction 提交 2006-09-14 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
2–155(154 aa)
片段:Asf1, residues 2-155 and H3, residues 121-134
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;292 K;Tris-HCl, Li2SO4, PEG 4000, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.239 |
| 2YGV Conserved N-terminal domain of the yeast Histone Chaperone Asf1 in complex with the C-terminal fragment of Rad53 提交 2011-04-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–156(156 aa)
片段:CONSERVED N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-156
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6;5% PEG 8000, 0.1M NACACO PH 6, 0.2M MG ACETATE
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.257 |
| 2YGV Conserved N-terminal domain of the yeast Histone Chaperone Asf1 in complex with the C-terminal fragment of Rad53 提交 2011-04-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
1–156(156 aa)
片段:CONSERVED N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-156
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6;5% PEG 8000, 0.1M NACACO PH 6, 0.2M MG ACETATE
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.257 |
| 2YGV Conserved N-terminal domain of the yeast Histone Chaperone Asf1 in complex with the C-terminal fragment of Rad53 提交 2011-04-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 C
1–156(156 aa)
片段:CONSERVED N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-156
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6;5% PEG 8000, 0.1M NACACO PH 6, 0.2M MG ACETATE
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.257 |
| 2YGV Conserved N-terminal domain of the yeast Histone Chaperone Asf1 in complex with the C-terminal fragment of Rad53 提交 2011-04-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 D
1–156(156 aa)
片段:CONSERVED N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-156
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6;5% PEG 8000, 0.1M NACACO PH 6, 0.2M MG ACETATE
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.257 |
| 4EO5 Yeast Asf1 bound to H3/H4G94P mutant 提交 2012-04-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
2–169(168 aa)
片段:residues 2-169
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;298 K;7.14% PEG 3350, 0.2 M Magnesium Acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.240 |
| 4ZBJ UBN1 peptide bound to H3.3/H4/Asf1 提交 2015-04-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
2–169(168 aa)
片段:UNP residues 2-169
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;295 K;0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 8% PEG 8K, 0.2 M NaCl
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.235 |
| 5EII Structural determination of an protein complex of a Fab with increased solubility 提交 2015-10-29 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 I
1–156(156 aa)
片段:UNP residues 1-156
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
LIQUID DIFFUSION;293 K;Crystals were grown by hanging drop liquid diffusion by adding a solution containing 20% PEG 3350 and Sodium Acetate, pH 5.5
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.233 |
| 5EII Structural determination of an protein complex of a Fab with increased solubility 提交 2015-10-29 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 G
1–156(156 aa)
片段:UNP residues 1-156
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
LIQUID DIFFUSION;293 K;Crystals were grown by hanging drop liquid diffusion by adding a solution containing 20% PEG 3350 and Sodium Acetate, pH 5.5
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.233 |
| 5UCB Structure of antigen-Fab complex with engineered switch residue region. 提交 2016-12-22 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 B
2–154(153 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;18% PEG3350,
|
分辨率 1.52 Å R-free 0.169 |
| 5UEA Structure of antigen-Fab complex with Histone chaperone ASF1 提交 2016-12-29 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 X
2–154(153 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;20% PEG 3350, .2 M Ammonium chloride
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.207 |
| 5UEA Structure of antigen-Fab complex with Histone chaperone ASF1 提交 2016-12-29 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 D
2–154(153 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;20% PEG 3350, .2 M Ammonium chloride
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.207 |
| 5UEK Structure of antigen-Fab 12E complex with Histone chaperone ASF1 提交 2017-01-02 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
2–154(153 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;20% PEG 3350, 20% ethylene glycol, .2 M Ammonium Acetate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.212 |
| 6AYZ Crystal structure of Asf1-Fab 12E complex 提交 2017-09-08 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
2–154(153 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.1;298 K;0.2 M Ammonium Acetate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.236 |
| 6AYZ Crystal structure of Asf1-Fab 12E complex 提交 2017-09-08 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 M
2–154(153 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.1;298 K;0.2 M Ammonium Acetate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.236 |
| 6AZ2 Crystal structure of Asf1-Fab 12E complex 提交 2017-09-09 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 B
2–154(153 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.1;298 K;20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.228 |
| 6AZ2 Crystal structure of Asf1-Fab 12E complex 提交 2017-09-09 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 D
2–154(153 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.1;298 K;20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.228 |
| 6F0Y Rtt109 peptide bound to Asf1 提交 2017-11-21 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
2–169(168 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.2;298 K;离子强度(mmCIF原始值)150;压力 ambient
NMR测量条件
pH 6.2;298 K;离子强度(mmCIF原始值)150;压力 ambient
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Histone chaperone Asf1, 3 mM histone acetyltransferase Rtt109 C-terminus, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.15 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Histone chaperone Asf1, 0.5 mM histone acetyltransferase Rtt109 C-terminus, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N; U-99% 2D] Histone chaperone ASF1, 0.15 mM histone acetyltransferase Rtt109 C-terminus, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6O22 Structure of Asf1-H3:H4-Rtt109-Vps75 histone chaperone-lysine acetyltransferase complex with the histone substrate. 提交 2019-02-22 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 D
2–279(278 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
实验方法未声明
NMR测量条件
pH 6.5;298 K;离子强度(mmCIF原始值)150;压力 1
NMR样品组成
70 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 70 uM Rtt109, 70 uM Asf1, 70 uM H3, 70 uM H4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
70 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 70 uM Rtt109, 70 uM Asf1, 70 uM H3(110A,63C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 70 uM H4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
90 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 90 uM Rtt109, 90 uM Asf1, 90 uM H3(110A,76C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 90 uM H4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
30 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 30 uM Rtt109, 30 uM Asf1, 30 uM H3, 30 uM H4(30C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
70 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 70 uM Rtt109, 70 uM Asf1, 70 uM H3, 70 uM H4(82C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
80 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 80 uM Rtt109, 80 uM Asf1, 80 uM H3, 80 uM H4(45C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
30 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 30 uM Rtt109, 30 uM Asf1, 30 uM H3, 30 uM H4(93C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 9AVO The crystal structure of an engineered Protein GD with Human Kappa Fab 提交 2024-03-04 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
2–159(158 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;293 K;0.1M Sodium cacodylate pH 6.8 and 0.8M Sodium citrate tribasic
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.241 |
| 9AWE The crystal structure of an engineered Protein GF with Human Kappa Fab 提交 2024-03-05 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
2–159(158 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1M Sodium Cacodylate pH 6.0, 0.1M Calcium acetate hydrate, 10% PEG 8000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.293 |
共 16 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
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| UniProt名称 | ASF1_YEAST |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 7–175; UniProt 1–169 |