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1wht

STRUCTURE OF THE COMPLEX OF L-BENZYLSUCCINATE WITH WHEAT SERINE CARBOXYPEPTIDASE II AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERINE CARBOXYPEPTIDASE II

Triticum aestivum

UniProt P08819

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 5–260 链 B； UniProt 266–418 未记录 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 BZS L-BENZYLSUCCINIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.00 Å
2 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 5–260 链 B； UniProt 266–418 未记录 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BZS L-BENZYLSUCCINIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1WHT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BCR COMPLEX OF THE WHEAT SERINE CARBOXYPEPTIDASE, CPDW-II, WITH THE MICROBIAL PEPTIDE ALDEHYDE INHIBITOR, ANTIPAIN, AND ARGININE AT ROOM TEMPERATURE 提交 1995-11-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–263（263 aa）
链 B 264–423（160 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ARG ARGININE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1BCS COMPLEX OF THE WHEAT SERINE CARBOXYPEPTIDASE, CPDW-II, WITH THE MICROBIAL PEPTIDE ALDEHYDE INHIBITOR, CHYMOSTATIN, AND ARGININE AT 100 DEGREES KELVIN 提交 1995-11-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–263（263 aa）
链 B 264–423（160 aa）
未记录 ARG ARGININE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.08 Å
1WHS STRUCTURE OF THE COMPLEX OF L-BENZYLSUCCINATE WITH WHEAT SERINE CARBOXYPEPTIDASE II AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 6–260（255 aa）
链 B 266–418（153 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2 ACY ACETIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
3SC2 REFINED ATOMIC MODEL OF WHEAT SERINE CARBOXYPEPTIDASE II AT 2.2-ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-07-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 266–417（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBP2_WHEAT
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–256； UniProt 5–260 作者链 B； PDB构建体 1–153； UniProt 266–418

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1wht

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1wht
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1wht
沉积日期 deposition_date1994-03-07
结构标题 titleSTRUCTURE OF THE COMPLEX OF L-BENZYLSUCCINATE WITH WHEAT SERINE CARBOXYPEPTIDASE II AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywordsSERINE CARBOXYPEPTIDASE; SERINE CARBOXYPEPTIDASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.42 Å
零角强度 I(0) i036589200.00
分子量 molecular_weight46791.0 kDa
排除体积 excluded_volume58331 ų
包络体积 envelope_volume64322 ų
水化壳体积 shell_volume25428 ų
包络直径 envelope_diameter66.9 Å
壳层 Rg shell_rg27.90 Å
包络 Rg envelope_rg20.58 Å
形状 Rg shape_rg20.40 Å
总 Rg total_rg21.36 Å
总原子数 total_atoms3311
残基数 n_residues397
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.4 Å
Rg (实空间) rg_real21.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real3.6590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal36590000.0000
解质量估计 total_estimate0.7487
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.8 Å
偏度 Skewness skewness0.101
峰度 Kurtosis kurtosis-0.449
角度范围 angular_range— – 0.3650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8031000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.348; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.989
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1wht.1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.5 — Serine carboxypeptidase-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1whtA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id1whtB01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily940 —
结构域编号 domain_id1whtB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11320 —
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8. 引用文献 (4)

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9. 文件与曲线 (10)