SAXSdb — 1wn9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

the hypothetical protein (TT1805)

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–131	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；14% PEG 8000, 0.1M NaCacodylate, 170mM ZnAcetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.58 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1WN9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WNA Crystal structure of the hypothetical protein TT1805 from Thermus thermophillus HB8 提交 2004-07-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–131（131 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13% PEG 8000, 20% glycerol, 40mM Potassium dihydrogen phosphate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.58 Å R-free 0.229
4HEA Crystal structure of the entire respiratory complex I from Thermus thermophilus 提交 2012-10-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 W 1–131（131 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 19% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid pH 6.0 and 2.2 mM FOS-CHOLINE-8 fluorinated , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 24% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid pH 6.0 and 50 mM NDSB-201, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 26% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid pH 6.0 and 0.6% DDM, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.30 Å R-free 0.239
4HEA Crystal structure of the entire respiratory complex I from Thermus thermophilus 提交 2012-10-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 X 1–131（131 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 19% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid pH 6.0 and 2.2 mM FOS-CHOLINE-8 fluorinated , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 24% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid pH 6.0 and 50 mM NDSB-201, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 26% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid pH 6.0 and 0.6% DDM, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.30 Å R-free 0.239
6I0D Respiratory complex I from Thermus thermophilus with bound Decyl-Ubiquinone 提交 2018-10-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 W 1–131（131 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 DCQ 2-decyl-5,6-dimethoxy-3-methylcyclohexa-2,5-diene-1,4-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 23% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid pH 6.0 and 50 mM NDSB-201	分辨率 3.60 Å R-free 0.225
6I0D Respiratory complex I from Thermus thermophilus with bound Decyl-Ubiquinone 提交 2018-10-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 X 1–131（131 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 DCQ 2-decyl-5,6-dimethoxy-3-methylcyclohexa-2,5-diene-1,4-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 23% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid pH 6.0 and 50 mM NDSB-201	分辨率 3.60 Å R-free 0.225
6I1P Respiratory complex I from Thermus thermophilus with bound NADH 提交 2018-10-29	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 W 1–131（131 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 23% (w/v) PEG 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid pH 6.0 and 0.01 mM n-tetradecyl-beta-D-maltopyranoside	分辨率 3.21 Å R-free 0.231
6I1P Respiratory complex I from Thermus thermophilus with bound NADH 提交 2018-10-29	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 X 1–131（131 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 23% (w/v) PEG 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid pH 6.0 and 0.01 mM n-tetradecyl-beta-D-maltopyranoside	分辨率 3.21 Å R-free 0.231
6Q8O Respiratory complex I from Thermus thermophilus with bound Piericidin A 提交 2018-12-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 W 1–131（131 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HQH Piericidin A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 24% (w/v) PEG 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid and 0.59 mM n-undecyl-beta-maltoside	分辨率 3.60 Å R-free 0.235
6Q8O Respiratory complex I from Thermus thermophilus with bound Piericidin A 提交 2018-12-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 X 1–131（131 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HQH Piericidin A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 24% (w/v) PEG 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid and 0.59 mM n-undecyl-beta-maltoside	分辨率 3.60 Å R-free 0.235
6Q8W Respiratory complex I from Thermus thermophilus with bound Aureothin. 提交 2018-12-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 W 1–131（131 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HQW Aureothin × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 25% (w/v) PEG 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid and 7.6 mM 4-cyclohexyl-1-butyl-beta-D-maltoside	分辨率 3.40 Å R-free 0.234
6Q8W Respiratory complex I from Thermus thermophilus with bound Aureothin. 提交 2018-12-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 X 1–131（131 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HQW Aureothin × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 25% (w/v) PEG 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid and 7.6 mM 4-cyclohexyl-1-butyl-beta-D-maltoside	分辨率 3.40 Å R-free 0.234
6Q8X Respiratory complex I from Thermus thermophilus with bound Pyridaben. 提交 2018-12-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 W 1–131（131 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HQK Pyridaben × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 21% (w/v) PEG 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid and 1.02 mM octyl-maltoside fluorinated	分辨率 3.51 Å R-free 0.232
6Q8X Respiratory complex I from Thermus thermophilus with bound Pyridaben. 提交 2018-12-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 X 1–131（131 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HQK Pyridaben × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 21% (w/v) PEG 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid and 1.02 mM octyl-maltoside fluorinated	分辨率 3.51 Å R-free 0.232
6Y11 Respiratory complex I from Thermus thermophilus 提交 2020-02-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 W 1–131（131 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 26% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid pH 6.0 and 0.6% DDM	分辨率 3.11 Å R-free 0.229
6Y11 Respiratory complex I from Thermus thermophilus 提交 2020-02-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 X 1–131（131 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM Bis-Tris pH 6.0, 26% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 100 mM KCl, 100 mM glutaric acid pH 6.0 and 0.6% DDM	分辨率 3.11 Å R-free 0.229

共 8 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5SI52_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1wn9
沉积日期 deposition_date	2004-07-28
结构标题 title	Crystal structure of the hypothetical protein TT1805 from Thermus thermophillus HB8
关键词 keywords	Thermus thermophillus, STRUCTURAL GENOMICS, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, UNKNOWN FUNCTION; STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.36 Å
零角强度 I(0) i0	3772650.00
分子量 molecular_weight	14050.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17734 Å³
包络体积 envelope_volume	19515 Å³
水化壳体积 shell_volume	12232 Å³
包络直径 envelope_diameter	45.3 Å
壳层 Rg shell_rg	19.39 Å
包络 Rg envelope_rg	13.69 Å
形状 Rg shape_rg	13.34 Å
总 Rg total_rg	14.72 Å
总原子数 total_atoms	975
残基数 n_residues	123
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	46.9 Å
Rg (实空间) rg_real	14.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7730e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5940e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3773000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8059
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.030
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.397
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	899500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	the hypothetical protein (TT1805)
分子量 formula_weight	14389.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1079

MVRVGMRAAPRVSLEALKAALGGLKLSEAKVYLITDWQDKRDQARYALLLHTGKKDLLVPDAFGPAFPGGEEALSELVGLLLAQGARRFYEAVVSPGEMTALLDLPPEELLKRVMAIANPTDPGIYLKRAA

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	104

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1wn9a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.319 — TTHA1528-like
超家族 Superfamily superfamily	d.319.1 — TTHA1528-like
家族 Family family	d.319.1.1 — TTHA1528-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1wn9A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1530 — hypothetical protein tt1805
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TTHA1528-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.661 Å
晶胞边长 b length_b	53.997 Å
晶胞边长 c length_c	36.201 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.580 Å
最低分辨率 resolution_low	34.120 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2460

fit	/app/data/saxs_computation/wn/1wn9/1wn9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wn/1wn9/1wn9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wn/1wn9/1wn9.dat

Crystal structure of the hypothetical protein TT1805 from Thermus thermophillus HB8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

the hypothetical protein (TT1805)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction