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Crystal structure of carboxypeptidase Y inhibitor complexed with the cognate proteinase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carboxypeptidase Y

物种未注明

UniProt P00729

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 112–532 未记录 Carboxypeptidase Y inhibitor × 1 （P14306） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；298 K；0.1M Sodium acetate, 1.95M ammonium sulfate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1WPX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CPY SITE-DIRECTED MUTAGENESIS ON (SERINE) CARBOXYPEPTIDASE Y FROM YEAST. THE SIGNIFICANCE OF THR 60 AND MET 398 IN HYDROLYSIS AND AMINOLYSIS REACTIONS 提交 1995-03-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 112–532（421 aa）
突变：E65A, E145A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1YSC 2.8 ANGSTROMS STRUCTURE OF YEAST SERINE CARBOXYPEPTIDASE 提交 1994-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 112–532（421 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBPY_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–421； UniProt 112–532

Carboxypeptidase Y inhibitor

物种未注明

UniProt P14306

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–219 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Carboxypeptidase Y × 1 （P00729） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；298 K；0.1M Sodium acetate, 1.95M ammonium sulfate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPYI_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 2–220； UniProt 1–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1wpx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1wpx
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1wpx
沉积日期 deposition_date2004-09-14
结构标题 titleCrystal structure of carboxypeptidase Y inhibitor complexed with the cognate proteinase
关键词 keywords;Carboxypeptidase inhibitor, serine proteinase inhibitor, proteinase-inhibitor complex, phosphatidylethanolamine-binding protein, phospholipid, Hydrolase ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.54 Å
零角强度 I(0) i082182800.00
分子量 molecular_weight70996.0 kDa
排除体积 excluded_volume88442 ų
包络体积 envelope_volume101820 ų
水化壳体积 shell_volume32725 ų
包络直径 envelope_diameter88.2 Å
壳层 Rg shell_rg33.42 Å
包络 Rg envelope_rg25.74 Å
形状 Rg shape_rg25.53 Å
总 Rg total_rg26.37 Å
总原子数 total_atoms5012
残基数 n_residues625
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.1 Å
Rg (实空间) rg_real26.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real8.2180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal82180000.0000
解质量估计 total_estimate0.8984
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.8 Å
偏度 Skewness skewness0.322
峰度 Kurtosis kurtosis-0.348
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15760000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.978
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1wpxa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.5 — Serine carboxypeptidase-like
结构域编号 domain_idd1wpxb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.17 — PEBP-like
超家族 Superfamily superfamilyb.17.1 — PEBP-like
家族 Family familyb.17.1.1 — Phosphatidylethanolamine binding protein

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1wpxA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id1wpxA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily410 —
结构域编号 domain_id1wpxB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology280 — Phosphatidylethanolamine-binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PEBP-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)