1wy4

Chicken villin subdomain HP-35, K65(NLE), N68H, pH5.1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 34.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Villin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 792–826	片段：VHP 突变：K65(NLE), N68H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	IOD IODIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.1；293 K；1ul 50mg/ml peptide plus 1ul (200mM AmCitrate, 20% PEF3350), pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 5.10	分辨率 1.55 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1WY4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1QQV SOLUTION STRUCTURE OF THE HEADPIECE DOMAIN OF CHICKEN VILLIN 提交 1999-06-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 760–826（67 aa）片段：HP67	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）LOW；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）LOW；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）LOW；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）LOW；压力 AMBIENT NMR样品组成 1 MM HP67, 10 MM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.0 NMR样品组成 1 MM HP67 U-15N , 10 MM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.0 NMR样品组成 1 MM HP67 U-15N,10% 13C, 10 MM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.0 NMR样品组成 1 MM HP67	分辨率未提供
1VII THERMOSTABLE SUBDOMAIN FROM CHICKEN VILLIN HEADPIECE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）片段：THERMOSTABLE SUBDOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3.7；303 K	分辨率未提供
1WY3 Chicken villin subdomain HP-35, K65(NLE), N68H, pH7.0 提交 2005-02-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）片段：VHP	突变：K65(NLE), N68H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；293 K；1ul 50mg/ml peptide plus 1ul (200mM KFormate, 20% PEG3350), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 7.00	分辨率 0.95 Å R-free 0.171
1YRF Chicken villin subdomain HP-35, N68H, pH6.7 提交 2005-02-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）片段：VHP	突变：N68H	SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；293 K；1ul 100mg/ml peptide plus 1ul (200mM NaOAc, 2.2M AmSO4), pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 6.70	分辨率 1.07 Å R-free 0.161
1YRI Chicken villin subdomain HP-35, N68H, pH6.4 提交 2005-02-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）片段：VHP	突变：N68H	ACT ACETATE ION × 1 IOD IODIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；293 K；1ul 100mg/ml peptide plus 1ul (200mM AmOAc, 100mM NaCitrate, 30% PEG4000), pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 6.40	分辨率 1.00 Å R-free 0.205
1YU5 Crystal Structure of the Headpiece Domain of Chicken Villin 提交 2005-02-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 760–826（67 aa）片段：Headpiece	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；1.5 M Na,K Phosphate buffer, 100 mM 2-(4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperzainyl) ethanesulfonic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.40 Å R-free 0.216
1YU7 Crystal Structure of the W64Y mutant of Villin Headpiece 提交 2005-02-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 760–826（67 aa）片段：Residue 10-76	突变：W64Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M ammonium Sulfate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5) and 30 % polyethylene glycol (PEG) 8,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.210
1YU8 Crystal Structure of the R37A Mutant of Villin Headpiece 提交 2005-02-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 760–826（67 aa）片段：Residue 10-76	突变：R37A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M ammonium Sulfate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5) and 30 % polyethylene glycol (PEG) 8,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.211
2F4K Chicken villin subdomain HP-35, K65(NLE), N68H, K70(NLE), PH9 提交 2005-11-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）片段：residues 792-826	突变：N68H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Initial drop contained 1ul 90mg/ml protein in 10mM Tris (pH7.4) and 7.5% v/v trifluoroethanol (TFE) and 1ul reservoir solution. Precipitant in reservoir was (initial: 800mM AmSO4, 100mM Bicine (pH 9.0), 10% v/v TFE) and (final: 1.6M AmSO4, 100mM Bicine (pH 9.0), 7.5% v/v TFE). Reservoir solution was changed from initial to final after one week.	分辨率 1.05 Å R-free 0.166
2JM0 Solution structure of chicken villin headpiece subdomain containing a fluorinated side chain in the core 提交 2006-09-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）片段：residues 792-826	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient NMR样品组成 4 mM F5-Phe-cVHP \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 2 mM selectively 15N-[Ala, Phe, Leu] F5-Phe-cVHP \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
2LLF Sixth Gelsolin-like domain of villin in 5 mM CaCl2 提交 2011-11-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 619–725（107 aa）片段：Gelsolin-like 6 domain containing residues 619-725	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 ambient NMR样品组成 50 M H2O, 5 M [U-2H] D2O, 10 mM [U-2H] DTT, 0.01 % sodium azide, 5 mM Calcium Chloride, 20 mM [U-2H] PIPES, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] D6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 50 M H2O, 5 M [U-2H] D2O, 10 mM [U-2H] DTT, 0.01 % sodium azide, 5 mM Calcium Chloride, 20 mM [U-2H] PIPES, 1 mM D6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 55 M [U-2H] D2O, 10 mM [U-2H] DTT, 0.01 % sodium azide, 5 mM Calcium Chloride, 20 mM [U-2H] PIPES, 1 mM D6, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2PPZ NMR solution Structure of the Villin Headpiece Mutant G34L 提交 2007-05-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）片段：C-terminal residues of headpiece domain, sequence database residues 792-826	突变：G34L	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 4.3 mg peptide dissolved in 0.5 ml 90% H2O, 10% D2O (v/v) and 0.1 mM 2,2-dimethyl-2-silapentane sulfonic acid (DSS) for internal referencing \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2RJV Crystal structure of the H41Y mutant of villin headpiece, P 21 21 21 space group 提交 2007-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 760–826（67 aa）片段：HEADPIECE	突变：H791Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG8000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.206
2RJW The crystal structure of the H41Y mutant of villin headpiece, P61 SPACE GROUP. 提交 2007-10-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 760–826（67 aa）片段：VILLIN HEADPIECE	突变：H791Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 8000, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.229
2RJW The crystal structure of the H41Y mutant of villin headpiece, P61 SPACE GROUP. 提交 2007-10-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 760–826（67 aa）片段：VILLIN HEADPIECE	突变：H791Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 8000, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.229
2RJX Crystal structure of the headpiece domain of chicken villin, P61 space group 提交 2007-10-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 760–826（67 aa）片段：VILLIN HEADPIECE	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 8000, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.240
2RJX Crystal structure of the headpiece domain of chicken villin, P61 space group 提交 2007-10-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 760–826（67 aa）片段：VILLIN HEADPIECE	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 8000, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.240
2RJY Crystal structure of villin headpiece, P21 21 21 space group 提交 2007-10-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 760–826（67 aa）片段：VILLIN HEADPIECE	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.40 Å R-free 0.233
2VIK REFINED STRUCTURE OF THE ACTIN-SEVERING DOMAIN VILLIN 14T, DETERMINED BY SOLUTION NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-01-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–127（126 aa）片段：RESIDUES 1 - 126	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.15；298 K	分辨率未提供
2VIL REFINED STRUCTURE OF THE ACTIN-SEVERING DOMAIN VILLIN 14T, DETERMINED BY SOLUTION NMR, 11 STRUCTURES 提交 1997-01-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–127（126 aa）片段：RESIDUES 1 - 126	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.15；298 K	分辨率未提供
3MYA Crystal Structure of HP67 H41F - P61 提交 2010-05-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 760–826（67 aa）片段：Villin Headpiece (unp residues 760-826)	突变：H41F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M 2-morpholinoethanesulfonic Acid, 30% Polyethylene Glycol 8,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.277
3MYA Crystal Structure of HP67 H41F - P61 提交 2010-05-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 760–826（67 aa）片段：Villin Headpiece (unp residues 760-826)	突变：H41F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M 2-morpholinoethanesulfonic Acid, 30% Polyethylene Glycol 8,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.277
3MYC Crystal Structure of HP67 H41F - P212121 提交 2010-05-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 760–826（67 aa）片段：Villin Headpiece (UNP residues 760-826)	突变：H41F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M 2-Morphinoethanesulfonic acid, 30% Polyethyleneglycol 8,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.216
3MYE Crystal Structure of HP67 L61GL 提交 2010-05-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 760–826（67 aa）片段：Villin Headpiece (unp residues 760-826)	突变：L61GL	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M Cacodylate, 30% Polyethylene Glycol 10,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.199
3NKJ Crystal Structure of HP67 L61G 提交 2010-06-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 760–826（67 aa）片段：Villin Headpiece (UNP Residues 760-826)	突变：L811G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M SODIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE, 30% POLYETHYLENE GLYCOL 10,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.219
3TJW Crystal Structure of Quasiracemic Villin Headpiece Subdomain Containing (F5Phe10) Substitution 提交 2011-08-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–825（34 aa）片段：headpiece subdomain (UNP residues 792-825)	突变：N818H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, 8% glycerol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.46 Å R-free 0.190
3TJW Crystal Structure of Quasiracemic Villin Headpiece Subdomain Containing (F5Phe10) Substitution 提交 2011-08-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 792–825（34 aa）片段：headpiece subdomain (UNP residues 792-825)	突变：N818H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, 8% glycerol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.46 Å R-free 0.190
3TRV Crystal structure of quasiracemic villin headpiece subdomain containing (F5Phe17) substitution 提交 2011-09-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）片段：headpiece subdomain (UNP residues 792-826)	突变：N818H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, 8% glycerol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.00 Å R-free 0.155
3TRV Crystal structure of quasiracemic villin headpiece subdomain containing (F5Phe17) substitution 提交 2011-09-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 792–826（35 aa）片段：headpiece subdomain (UNP residues 792-826)	突变：N818H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, 8% glycerol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.00 Å R-free 0.155
3TRW Crystal structure of racemic villin headpiece subdomain crystallized in space group P-1 提交 2011-09-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）片段：headpiece subdomain (UNP residues 792-826)	突变：N818H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, 8% glycerol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.352
3TRW Crystal structure of racemic villin headpiece subdomain crystallized in space group P-1 提交 2011-09-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 792–826（35 aa）片段：headpiece subdomain (UNP residues 792-826)	突变：N818H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, 8% glycerol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.352
3TRY Crystal structure of racemic villin headpiece subdomain in space group I-4c2 提交 2011-09-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）片段：headpiece subdomain (UNP residues 792-826)	突变：N818H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.75；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.230
4CZ3 HP24wt derived from the villin headpiece subdomain 提交 2014-04-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 803–826（24 aa）片段：RESIDUES 803-826	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 10% D2O/90% WATER	分辨率未提供
4CZ4 HP24stab derived from the villin headpiece subdomain 提交 2014-04-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 803–826（24 aa）片段：RESIDUES 803-826	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 10% D2O/90% WATER	分辨率未提供
5I1N Villin headpiece subdomain with a Gln26 to beta-3-homoglutamine substitution 提交 2016-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 792–826（35 aa）链 B 792–826（35 aa）链 C 792–826（35 aa）链 D 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 1.5 M ammonium sulfate, 30% (v/v) PEG2000MME	分辨率 1.30 Å R-free 0.231
5I1O Villin headpiece subdomain with a Gln26 to ACPC substitution 提交 2016-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 792–826（35 aa）链 B 792–826（35 aa）链 C 792–826（35 aa）链 D 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.1 M sodium acetate, 30% (w/v) PEG 4000	分辨率 1.35 Å R-free 0.204
5I1P Villin headpiece subdomain with a Lys30 to beta-3-homolysine substitution 提交 2016-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 792–826（35 aa）链 B 792–826（35 aa）链 C 792–826（35 aa）链 D 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EOH ETHANOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 20% (v/v) ethanol	分辨率 1.40 Å R-free 0.235
5I1S Villin headpiece subdomain with a Lys30 to APC substitution 提交 2016-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 792–826（35 aa）链 B 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 1.5 M ammonium sulfate, 30% (v/v) PEG2000MME	分辨率 1.12 Å R-free 0.185
9MF7 Backbone alpha-Methylation in the Villin Headpiece Miniprotein: Prototype HP35 提交 2024-12-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 0.52 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, 0.21 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9MF8 Backbone alpha-Methylation in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with Aib at Position 15 提交 2024-12-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 0.47 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Ser15Aib, 0.15 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9MF9 Backbone alpha-Methylation in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with Calpha-methyl-Ser at Position 15 提交 2024-12-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 0.44 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Ser15alphaMeSer, 0.15 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9MFA Backbone alpha-Methylation in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with Aib at Position 30 提交 2024-12-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 0.59 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Lys30Aib, 0.15 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9MFB Backbone alpha-Methylation in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with Calpha-methyl-Lys at Position 30 提交 2024-12-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 0.53 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Lys30alphaMeLys, 0.15 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9YLZ Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with beta3Leu at Position 28 提交 2025-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.1；283 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 0.96 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Leu28beta3Leu, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9YM0 Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with ACPC at Position 28 提交 2025-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.9；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 0.91 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Leu28ACPC, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9YM1 Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with beta3Lys at Position 29 提交 2025-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；278 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 0.89 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Lys29beta3Lys, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9YM2 Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with ACPC at Position 29 提交 2025-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.8；278 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 1.0 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Lys29ACPC, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9YM3 Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with ACPC at Position 30 提交 2025-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 1.0 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Lys30ACPC, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9YM4 Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with beta3Phe at Position 6 提交 2025-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.8；278 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 1.0 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Phe6beta3Phe, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9YM5 Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with Calpha-methyl-Phe at Position 6 提交 2025-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 1.0 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Phe6alphaMePhe, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9YM6 Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with Calpha-methyl-Phe at Position 17 提交 2025-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 792–826（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 1.0 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Phe17alphaMePhe, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 45 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VILI_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–35； UniProt 792–826

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1wy4
沉积日期 deposition_date	2005-02-04
结构标题 title	Chicken villin subdomain HP-35, K65(NLE), N68H, pH5.1
关键词 keywords	villin headgroup subdomain, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	10.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	9.35 Å
零角强度 I(0) i0	491924.00
分子量 molecular_weight	4329.0 kDa
排除体积 excluded_volume	5309 Å³
包络体积 envelope_volume	5537 Å³
水化壳体积 shell_volume	5591 Å³
包络直径 envelope_diameter	30.9 Å
壳层 Rg shell_rg	13.84 Å
包络 Rg envelope_rg	9.48 Å
形状 Rg shape_rg	9.19 Å
总 Rg total_rg	11.07 Å
总原子数 total_atoms	290
残基数 n_residues	34
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	34.4 Å
Rg (实空间) rg_real	10.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9190e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1280e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	10.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	491900.0000
解质量估计 total_estimate	0.8975
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.049
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.449
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20120.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.964

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Villin
分子量 formula_weight	4072.7 kDa
突变 mutation	K65(NLE), N68H
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	341

LSDEDFKAVFGMTRSAFANLPLWLQQHLKKEKGLF

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	36

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	19.720 Å
晶胞边长 b length_b	40.225 Å
晶胞边长 c length_c	75.379 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1770
R_work r_work	—
R_free r_free	0.2130

fit	/app/data/saxs_computation/wy/1wy4/1wy4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wy/1wy4/1wy4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wy/1wy4/1wy4.dat