SAXSdb — 1x3z

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1x3z
沉积日期 deposition_date	2005-05-11
结构标题 title	Structure of a peptide:N-glycanase-Rad23 complex
关键词 keywords	HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.59 Å
零角强度 I(0) i0	34405400.00
分子量 molecular_weight	45084.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56316 Å³
包络体积 envelope_volume	67482 Å³
水化壳体积 shell_volume	24366 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.7 Å
壳层 Rg shell_rg	30.16 Å
包络 Rg envelope_rg	24.81 Å
形状 Rg shape_rg	24.50 Å
总 Rg total_rg	25.51 Å
总原子数 total_atoms	3168
残基数 n_residues	380
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.6 Å
Rg (实空间) rg_real	25.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6473
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.617
峰度 Kurtosis kurtosis	0.292
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5073000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.653; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.774; Smooth: 0.950

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	peptide: N-glycanase
分子量 formula_weight	39425.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.52
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3197

NNIDFDSIAKMLLIKYKDFILSKFKKAAPVENIRFQNLVHTNQFAQGVLGQSQHLCTVYDNPSWHSIVLETLDLDLIYKNVDKEFAKDGHAEGENIYTDYLVKELLRYFKQDFFKWCNKPDCNHCGQNTSENMTPLGSQGPNGEESKFNCGTVEIYKCNRCGNITRFPRYNDPIKLLETRKGRCGEWCNLFTLILKSFGLDVRYVWNREDHVWCEYFSNFLNRWVHVDSCEQSFDQPYIYSINWNKKMSYCIAFGKDGVVDVSKRYILQNELPRDQIKEEDLKFLCQFITKRLRYSLNDDEIYQLACRDEQEQIELIRGKTQETKSESVSAASKS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	UV excision repair protein RAD23
分子量 formula_weight	7445.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GTTGGATDAAQGGPPGSIGLTVEDLLSLRQVVSGNPEALAPLLENISARYPQLREHIMANPEVFVSMLLEAV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	peptide PHQ-Val-Ala-Asp-CF0
分子量 formula_weight	471.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

XVADX

Entity 4 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	29

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1x3za_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.4 — Transglutaminase core

结构域编号 domain_id	d1x3zb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.189 — XPC-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.189.1 — XPC-binding domain
家族 Family family	a.189.1.1 — XPC-binding domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1x3zA01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 —

结构域编号 domain_id	1x3zA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1740 — Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	1x3zA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1x3zB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	540 — XPC-binding domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	128.801 Å
晶胞边长 b length_b	128.801 Å
晶胞边长 c length_c	128.376 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2374
R_work r_work	0.2357
R_free r_free	0.2701

fit	/app/data/saxs_computation/x3/1x3z/1x3z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x3/1x3z/1x3z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x3/1x3z/1x3z.dat

Structure of a peptide:N-glycanase-Rad23 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)