1x9n

Crystal Structure of Human DNA Ligase I bound to 5'-adenylated, nicked DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 83.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA ligase I

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 3 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 233–919	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	dideoxy terminated DNA × 1 ;5'-phosphorylated DNA ; × 1 template DNA × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；298 K；PEG 4000, sodium acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.00 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1X9N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6P09 Human DNA Ligase 1 Bound to an Adenylated, dideoxy Terminated DNA nick with 200 mM Mg2+ 提交 2019-05-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–904（643 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.201
6P0A Human DNA Ligase 1 Bound to an Adenylated, dideoxy Terminated DNA nick with 2 mM Mg2+ 提交 2019-05-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–904（643 aa）片段：residues 262-904	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15 % (w/v) PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.203
6P0B Human DNA Ligase 1 (E346A/E592A) Bound to an Adenylated, dideoxy Terminated DNA nick with 200 mM Mg2+ 提交 2019-05-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–904（643 aa）片段：residues 262-904	突变：E346A, E592A	MG MAGNESIUM ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.206
6P0C Human DNA Ligase 1 Bound to an Adenylated, hydroxyl terminated DNA nick in EDTA 提交 2019-05-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–904（643 aa）片段：residues 262-904	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.55 Å R-free 0.165
6P0D Human DNA Ligase 1 (E346A/E592A) Bound to an Adenylated, hydroxyl terminated DNA nick 提交 2019-05-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–904（643 aa）	突变：E346A, E592A	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.179
6P0E Human DNA Ligase 1 (E346A,E592A) bound to adenylated DNA containing an 8-oxo guanine:adenine base-pair 提交 2019-05-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–904（643 aa）片段：residues 262-904	突变：E346A, E592A	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.184
6Q1V Human DNA Ligase 1 (E592R) Bound to an Adenylated, hydroxyl terminated DNA nick 提交 2019-08-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–904（643 aa）	突变：E592R	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACT ACETATE ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.194
7KR3 Human DNA Ligase 1(E346A/E592A) Bound to a bulged DNA substrate 提交 2020-11-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–904（643 aa）	突变：E346A, E592A	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 150 mM lithium acetate, 10% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 2.78 Å R-free 0.239
7KR4 Human DNA Ligase 1(E346A/E592A) Bound to a nicked DNA substrate control duplex 提交 2020-11-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–904（643 aa）	突变：E346A, E592A	ACT ACETATE ION × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM lithium acetate, 12% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.215
7L34 Human DNA Ligase 1 - R641L nicked DNA complex 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–906（645 aa）	突变：R641L	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, pH 6, 100 mM lithium acetate, 15% (w/v) polyethylene glycol PEG3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.193
7L35 Human DNA Ligase 1 - R771W nicked DNA complex 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–906（645 aa）	突变：R771W	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 NA SODIUM ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, pH 6, 100 mM lithium acetate, 15% (w/v) polyethylene glycol PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.195
7QNZ human Lig1-DNA-PCNA complex reconstituted in absence of ATP 提交 2021-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric	链 A 1–919（919 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.58 Å
7QO1 complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA 提交 2021-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric	链 A 161–919（759 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
7SUM Crystal structure of human ligase I with nick duplexes containing cognate A:T 提交 2021-11-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 261–918（658 aa）片段：UNP residues 261-918	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH 6.6, 100 mM lithium acetate, 20% w/v PEG3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.227
7SX5 Crystal structure of ligase I with nick duplexes containing mismatch A:C 提交 2021-11-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 261–918（658 aa）片段：UNP residues 261-918	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；293 K；100 mM MES pH 6.6, 100 mM lithium acetate, 20% (w/v) polyethylene glycol PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.212
7SXE Crystal structure of ligase I with nick duplexes containing cognate G:T 提交 2021-11-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 261–918（658 aa）片段：UNP residues 261-918	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH 6.6, 100 mM lithium acetate, 20% w/v PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.245
8B8T Open conformation of the complex of DNA ligase I on PCNA and DNA in the presence of ATP 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–535（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8V1U Human DNA Ligase I F872A bound to adenylated nicked DNA with a 5' terminal ribonucleotide 提交 2023-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–904（643 aa）	突变：F872A	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；MES pH5.5 100mM, Lithium acetate 500mM, PEG 3350 10%	分辨率 2.00 Å R-free 0.210
8V1V Human DNA Ligase I F872L bound to adenylated nicked DNA 提交 2023-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–904（643 aa）	突变：F872L	GOL GLYCEROL × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；MES pH5.5 100mM, Lithium acetate 500mM, PEG 3350 10%	分辨率 2.30 Å R-free 0.223
8V1W Human DNA Ligase I F872A bound to adenylated nicked DNA 提交 2023-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–904（643 aa）	突变：F872A	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；MES pH5.5 100mM, Lithium acetate 500mM, PEG 3350 10%	分辨率 2.20 Å R-free 0.218
8VDN DNA Ligase 1 with nick dG:C 提交 2023-12-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 261–918（658 aa）片段：UNP residues 261-918	突变：E346A, E592A	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；100 mM MES, pH 6.4, 100 mM Lithium acetate, 12% w/v PEG 3350	分辨率 2.39 Å R-free 0.241
8VDS DNA Ligase 1 with nick DNA 3'rG:C 提交 2023-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 261–918（658 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298.15 K；100 mM MES, pH 6.4, 100 mM Lithium acetate, 12% PEG3350	分辨率 2.79 Å R-free 0.252
8VDT DNA Ligase 1 with nick DNA 3'rA:T 提交 2023-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 261–918（658 aa）片段：UNP residues 261-918	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298.5 K；100mM MES, pH 6.4, 100mM Lithium Acetate, 12 w/vPEG 3350	分辨率 2.78 Å R-free 0.249
8VZL DNA Ligase 1 captured with pre-step 3 ligation at the rG:C nicksite 提交 2024-02-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 261–918（658 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.1 K；100 mM MES (pH 7.0), 100 mM lithium acetate, 14% (w/v) PEG3350	分辨率 2.41 Å R-free 0.219
8VZM DNA Ligase 1 captured with pre-step 3 ligation at the rA:T nicksite 提交 2024-02-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 261–918（658 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；298.1 K；100 mM MES (pH 6.7), 100 mM lithium acetate, 16% (w/v) PEG3350	分辨率 2.51 Å R-free 0.233
9BS3 Wild type DNA Ligase 1 with 5'-rG:C 提交 2024-05-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 261–904（644 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298.15 K；100mM MES pH 5.3, 18% PEG3350, 100mM Lithium Acetate.	分辨率 2.69 Å R-free 0.249
9BS3 Wild type DNA Ligase 1 with 5'-rG:C 提交 2024-05-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 261–904（644 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298.15 K；100mM MES pH 5.3, 18% PEG3350, 100mM Lithium Acetate.	分辨率 2.69 Å R-free 0.249
9BS4 DNA Ligase 1 E346A/E592A double mutant with 5'-rG:C 提交 2024-05-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 261–904（644 aa）	突变：E346A, E592A	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；298.5 K；100mM MES pH 5.3, 18% PEG3350, 100mM Lithium acetate	分辨率 2.40 Å R-free 0.237
9BS4 DNA Ligase 1 E346A/E592A double mutant with 5'-rG:C 提交 2024-05-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 261–904（644 aa）	突变：E346A, E592A	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；298.5 K；100mM MES pH 5.3, 18% PEG3350, 100mM Lithium acetate	分辨率 2.40 Å R-free 0.237
9NYS Human DNA Ligase 1 E346A/E592A/K845N triple mutant with 3'-A:T nick 提交 2025-03-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–918（657 aa）	突变：E346A, E592A, K845N	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；100mM MES pH 7.0, 100 mM Litium Acetate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.64 Å R-free 0.223
9YHU DNA ligase 1 E346A/E592A in complex with nick containing 3'-8oxorG:A captured at post-catalytic stage 提交 2025-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 262–918（657 aa）	突变：E346A, E592A	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；100 mM MES (pH 6.5), 200 mM Lithium acetate, 12% (w/v) PEG3350	分辨率 1.96 Å R-free 0.203
9YHV DNA ligase 1 E346A/E592A in complex with nick containing 3'-8oxorG:C captured at pre-catalytic stage 提交 2025-10-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–918（657 aa）	突变：E346A, E592A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；296 K；100 mM MES (pH 6.0), 150 mM Lithium acetate, 16% (w/v) PEG3350	分辨率 2.81 Å R-free 0.262
9YHW DNA ligase 1 E346A/E592A in complex with nick containing 3'-8oxodG:A captured at pre-catalytic stage 提交 2025-10-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–918（657 aa）	突变：E346A, E592A	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；100 mM MES (pH 6.5), 100 mM Lithium acetate, 12% (w/v) PEG3350	分辨率 2.56 Å R-free 0.229
9YHX DNA ligase 1 E346A/E592A in complex with nick containing 3'-8oxodG:C captured at pre-catalytic stage 提交 2025-10-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–918（657 aa）	突变：E346A, E592A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；296 K；100 mM MES(pH 6.2), 200 mM Lithium acetate, 16% (w/v) PEG3350	分辨率 2.96 Å R-free 0.253
9YHY DNA ligase 1 wild-type in complex with nick containing 3'-8oxodG:C captured at pre-catalytic stage 提交 2025-10-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 262–918（657 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；296 K；100 mM MES(pH 6.2), 200 mM Lithium acetate, 16% (w/v) PEG3350	分辨率 2.76 Å R-free 0.283

共 33 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–688； UniProt 233–919

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1x9n
沉积日期 deposition_date	2004-08-23
结构标题 title	Crystal Structure of Human DNA Ligase I bound to 5'-adenylated, nicked DNA
关键词 keywords	;DNA ligase, 5'-adenylated nicked DNA, protein-DNA complex, Ligase-DNA COMPLEX ;; Ligase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.33 Å
零角强度 I(0) i0	130815000.00
分子量 molecular_weight	82347.0 kDa
排除体积 excluded_volume	99706 Å³
包络体积 envelope_volume	122570 Å³
水化壳体积 shell_volume	37644 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.6 Å
壳层 Rg shell_rg	34.76 Å
包络 Rg envelope_rg	26.18 Å
形状 Rg shape_rg	26.34 Å
总 Rg total_rg	27.08 Å
总原子数 total_atoms	5730
残基数 n_residues	665
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.8 Å
Rg (实空间) rg_real	26.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	130800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8229
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.142
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.456
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	dideoxy terminated DNA
分子量 formula_weight	3982.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	5730

GTGCTGATGCGTC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-phosphorylated DNA ;
分子量 formula_weight	4641.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GTCGGACTGATTCGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	template DNA
分子量 formula_weight	8529.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CCGAATCAGTCCGACGACGCATCAGCAC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA ligase I
分子量 formula_weight	76609.3 kDa
EC 编号 ec_number	6.5.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MTPRKPAVKKEVKEEEPGAPGKEGAAEGPLDPSGYNPAKNNYHPVEDACWKPGQKVPYLAVARTFEKIEEVSARLRMVETLSNLLRSVVALSPPDLLPVLYLSLNHLGPPQQGLELGVGDGVLLKAVAQATGRQLESVRAEAAEKGDVGLVAENSRSTQRLMLPPPPLTASGVFSKFRDIARLTGSASTAKKIDIIKGLFVACRHSEARFIARSLSGRLRLGLAEQSVLAALSQAVSLTPPGQEFPPAMVDAGKGKTAEARKTWLEEQGMILKQTFCEVPDLDRIIPVLLEHGLERLPEHCKLSPGIPLKPMLAHPTRGISEVLKRFEEAAFTCEYKYDGQRAQIHALEGGEVKIFSRNQEDNTGKYPDIISRIPKIKLPSVTSFILDTEAVAWDREKKQIQPFQVLTTRKRKEVDASEIQVQVCLYAFDLIYLNGESLVREPLSRRRQLLRENFVETEGEFVFATSLDTKDIEQIAEFLEQSVKDSCEGLMVKTLDVDATYEIAKRSHNWLKLKKDYLDGVGDTLDLVVIGAYLGRGKRAGRYGGFLLASYDEDSEELQAICKLGTGFSDEELEEHHQSLKALVLPSPRPYVRIDGAVIPDHWLDPSAVWEVKCADLSLSPIYPAARGLVDSDKGISLRFPRFIRVREDKQPEQATTSAQVACLYRKQSQIQNQQGEDSGSDPEDTY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1x9na1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.235 — ATP-dependent DNA ligase DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.235.1 — ATP-dependent DNA ligase DNA-binding domain
家族 Family family	a.235.1.1 — ATP-dependent DNA ligase DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1x9na2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.6 — DNA ligase/mRNA capping enzyme postcatalytic domain

结构域编号 domain_id	d1x9na3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.2 — DNA ligase/mRNA capping enzyme, catalytic domain
家族 Family family	d.142.2.1 — ATP-dependent DNA ligase catalytic domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1x9nA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3260 — DNA ligase i, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1x9nA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1x9nA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme

结构域编号 domain_id	1x9nA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	161.889 Å
晶胞边长 b length_b	161.889 Å
晶胞边长 c length_c	88.455 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2363
R_work r_work	0.2346
R_free r_free	0.2683

fit	/app/data/saxs_computation/x9/1x9n/1x9n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x9/1x9n/1x9n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x9/1x9n/1x9n.dat

Crystal Structure of Human DNA Ligase I bound to 5'-adenylated, nicked DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA ligase I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)