1xdj

Crystal Structure of T. maritima Cobalamin-Independent Methionine Synthase complexed with Zn2+ and Homocysteine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 109.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xdj
沉积日期 deposition_date	2004-09-06
结构标题 title	Crystal Structure of T. maritima Cobalamin-Independent Methionine Synthase complexed with Zn2+ and Homocysteine
关键词 keywords	TIM BARREL, HOMOCYSTEINE, METHYLTETRAHYDROFOLATE, ZINC, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.37 Å
零角强度 I(0) i0	376503000.00
分子量 molecular_weight	160890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	201920 Å³
包络体积 envelope_volume	243590 Å³
水化壳体积 shell_volume	56877 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.82 Å
包络 Rg envelope_rg	34.01 Å
形状 Rg shape_rg	34.36 Å
总 Rg total_rg	34.98 Å
总原子数 total_atoms	11247
残基数 n_residues	1400
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.1 Å
Rg (实空间) rg_real	35.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	376500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9039
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.146
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.555
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	130800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.935

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase
分子量 formula_weight	90136.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11545

MHHHHHHGKPIPNPLLGLDSTENLYFQGIDPFTKAYAFGFPKIGEKREFKKALEDFWKGKITEEQFEEEMNKLRMYMVENYRKNVDVIPSNELSYYDFVLDTAVMVGAVPERFGEYRGLSTYFDMARGGKALEMTKFFNTNYHYLVPEIETEEFYLLENKPLEDYLFFKSKGIETAPWVIGPFTFLYLSKRNGEWIRRPNQMEKLLESLVSVYKEVFEKLVENGCKEILVNEPAFVCDLEKAHWDLILNVYRELSEFPLTVFTYYDSVSDYEACVSLPVKRLHFDFVSNEENLKNLEKHGFPEDKKLVAGVINGRQPWKVDLRKVASLVEKLGASAISNSCPLFHLPVTLELENNLPGGLKEKLAFAKEKLEELKMLKDFLEGKTFDLPNVSFEDFAVDLQAVERVRNLPEDSFRREKEYTERDRIQRERLNLPLFPTTTIGSFPQTPEVRKMRSKYRKGEISKEEYEAFIKEQIKKAIELQEEIGLDVLVHGEFERTDMVEFFAEKLNGIATTQNGWVLSYGSRCYRPPIIYGTVTRPEPMTLKEITYAQSLTEKPVKGMLTGPVTIMSWSYYREDIPEREIAYQIALAINEEVKDLEEAGIKIVQIDEPAFREKAPIKKSKWPEYFEWAINAFNLAANARPETQIHAHMCYSDFNEIIEYIHQLEFDVISIEASRSKGEIISAFENFKGWIKQIGVGVWDIHSPAVPSINEMREIVERVLRVLPKELIWINPDCGLKTRNWDEVIPSLRNMVALAKEMREKFES

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID
分子量 formula_weight	135.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	MESO-ERYTHRITOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	298

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1xdjA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

结构域编号 domain_id	1xdjA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

结构域编号 domain_id	1xdjB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

结构域编号 domain_id	1xdjB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	167.053 Å
晶胞边长 b length_b	159.366 Å
晶胞边长 c length_c	65.639 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	19.900 Å
R 因子 r_factor	0.2270
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2680

fit	/app/data/saxs_computation/xd/1xdj/1xdj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xd/1xdj/1xdj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xd/1xdj/1xdj.dat