SAXSdb — 1xip

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP159

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–387	片段：N-terminal domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；292 K；PEG3350, ammonium acetate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.50 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1XIP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3PBP Structure of the yeast heterotrimeric Nup82-Nup159-Nup116 nucleoporin complex 提交 2010-10-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1425–1460（36 aa）片段：Tail, UNP residues 1425-1460	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3PBP Structure of the yeast heterotrimeric Nup82-Nup159-Nup116 nucleoporin complex 提交 2010-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1425–1460（36 aa）片段：Tail, UNP residues 1425-1460	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3PBP Structure of the yeast heterotrimeric Nup82-Nup159-Nup116 nucleoporin complex 提交 2010-10-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1425–1460（36 aa）片段：Tail, UNP residues 1425-1460	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3PBP Structure of the yeast heterotrimeric Nup82-Nup159-Nup116 nucleoporin complex 提交 2010-10-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1425–1460（36 aa）片段：Tail, UNP residues 1425-1460	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3RRM S. cerevisiae dbp5 l327v bound to nup159, gle1 h337r, ip6 and adp 提交 2011-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–387（386 aa）片段：unp residues 2-387	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 3350, 200 mM KOAc, 20 mM sarcosine, 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.5 mM IP6, 10 mM MgCl2, 1 mM ADP, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.261
3TKN Structure of the Nup82-Nup159-Nup98 heterotrimer 提交 2011-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1425–1460（36 aa）片段：UNP residues 1425-1460	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18.5% PEG3350, 100 mM potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.40 Å R-free 0.285
3TKN Structure of the Nup82-Nup159-Nup98 heterotrimer 提交 2011-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1425–1460（36 aa）片段：UNP residues 1425-1460	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18.5% PEG3350, 100 mM potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.40 Å R-free 0.285
3TKN Structure of the Nup82-Nup159-Nup98 heterotrimer 提交 2011-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1425–1460（36 aa）片段：UNP residues 1425-1460	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18.5% PEG3350, 100 mM potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.40 Å R-free 0.285
4DS1 The Structure of a Yeast Dyn2-Nup159 Complex and the Molecular Basis for the Dynein Light Chain - Nuclear Pore Interaction 提交 2012-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1116–1126（11 aa）片段：UNP residues 1116-1126 链 D 1116–1126（11 aa）片段：UNP residues 1116-1126	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.3 M Ammonium acetate, 5% methyl pentanediol (v/v), 35% PEG 4000 (w/v), pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.187
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric	链 w 1–1460（1460 aa）链 x 1–1460（1460 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 w 1–1460（1460 aa）链 x 1–1460（1460 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 w 1–1460（1460 aa）链 x 1–1460（1460 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å

共 5 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NU159_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–388； UniProt 2–387

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xip
沉积日期 deposition_date	2004-09-21
结构标题 title	Crystal Structure of the N-terminal Domain of Nup159
关键词 keywords	beta-propeller, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.96 Å
零角强度 I(0) i0	27508700.00
分子量 molecular_weight	40964.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51507 Å³
包络体积 envelope_volume	60813 Å³
水化壳体积 shell_volume	24418 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.9 Å
壳层 Rg shell_rg	27.43 Å
包络 Rg envelope_rg	20.21 Å
形状 Rg shape_rg	19.97 Å
总 Rg total_rg	20.90 Å
总原子数 total_atoms	2883
残基数 n_residues	364
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.7 Å
Rg (实空间) rg_real	21.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27510000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9039
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.084
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.487
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8131000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1xipa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.14 — Nucleoporin domain
家族 Family family	b.69.14.1 — Nucleoporin domain

结构域编号 domain_id	d1xipa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1xipA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.359 Å
晶胞边长 b length_b	71.516 Å
晶胞边长 c length_c	90.728 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2058
R_work r_work	0.2035
R_free r_free	0.2489

描述 description	Nucleoporin NUP159
分子量 formula_weight	43177.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2981

Crystal Structure of the N-terminal Domain of Nup159

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP159

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	98

fit	/app/data/saxs_computation/xi/1xip/1xip.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xi/1xip/1xip.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xi/1xip/1xip.dat