1xln

Crystal structure of oxidized C73S/C85S putidaredoxin, a [2Fe-2S] ferredoxin from Pseudomonas putida

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putidaredoxin

Pseudomonas putida

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–106	突变：C73S, C85S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；Ammonium sulfate, sodium citrate, sodium/potassium phosphate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.03 Å R-free 0.231
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–106	突变：C73S, C85S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；Ammonium sulfate, sodium citrate, sodium/potassium phosphate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.03 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1XLN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GPX C85S GAPDX, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1998-06-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–106（106 aa）	突变：C85S	GA GALLIUM (III) ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01M；压力 1 NMR样品组成 90/10 H2O/D2O	分辨率未提供
1OQQ Crystal structure of C73S/C85S mutant of putidaredoxin, a [2Fe-2S] ferredoxin from Pseudomonas putida, at 1.47A resolution 提交 2003-03-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–106（106 aa）	突变：C73S, C85S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；298 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium/potassium phosphate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.47 Å R-free 0.218
1OQQ Crystal structure of C73S/C85S mutant of putidaredoxin, a [2Fe-2S] ferredoxin from Pseudomonas putida, at 1.47A resolution 提交 2003-03-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–106（106 aa）	突变：C73S, C85S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；298 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium/potassium phosphate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.47 Å R-free 0.218
1OQR Crystal structure of C73S mutant of putidaredoxin, a [2Fe-2S] ferredoxin from Pseudomonas putida, at 1.65A resolution 提交 2003-03-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–106（106 aa）	突变：C73S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；298 K；lithium sulfate, sodium citrate, dithiothreitol, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.257
1OQR Crystal structure of C73S mutant of putidaredoxin, a [2Fe-2S] ferredoxin from Pseudomonas putida, at 1.65A resolution 提交 2003-03-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–106（106 aa）	突变：C73S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；298 K；lithium sulfate, sodium citrate, dithiothreitol, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.257
1OQR Crystal structure of C73S mutant of putidaredoxin, a [2Fe-2S] ferredoxin from Pseudomonas putida, at 1.65A resolution 提交 2003-03-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–106（106 aa）	突变：C73S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；298 K；lithium sulfate, sodium citrate, dithiothreitol, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.257
1OQR Crystal structure of C73S mutant of putidaredoxin, a [2Fe-2S] ferredoxin from Pseudomonas putida, at 1.65A resolution 提交 2003-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–106（106 aa）链 C 1–106（106 aa）	突变：C73S 突变：C73S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；298 K；lithium sulfate, sodium citrate, dithiothreitol, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.257
1PDX PUTIDAREDOXIN 提交 1999-02-15	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–107（106 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；290 K；压力 1	分辨率未提供
1PUT AN NMR-DERIVED MODEL FOR THE SOLUTION STRUCTURE OF OXIDIZED PUTIDAREDOXIN, A 2FE, 2-S FERREDOXIN FROM PSEUDOMONAS 提交 1994-07-09	突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–106（106 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1R7S PUTIDAREDOXIN (Fe2S2 ferredoxin), C73G mutant 提交 2003-10-22	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–106（106 aa）	突变：C73G	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, 2nM n-octanoyl sucrose, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.91 Å R-free 0.211
1R7S PUTIDAREDOXIN (Fe2S2 ferredoxin), C73G mutant 提交 2003-10-22	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–106（106 aa）	突变：C73G	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, 2nM n-octanoyl sucrose, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.91 Å R-free 0.211
1R7S PUTIDAREDOXIN (Fe2S2 ferredoxin), C73G mutant 提交 2003-10-22	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–106（106 aa）	突变：C73G	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, 2nM n-octanoyl sucrose, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.91 Å R-free 0.211
1XLO Structure of reduced C73S/C85S putidaredoxin, a [2Fe-2S] ferredoxin from Pseudomonas putida 提交 2004-09-30	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–106（106 aa）	突变：C73S, C85S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；Ammonium sulfate, sodium citrate, sodium/potassium phosphate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.84 Å R-free 0.237
1XLO Structure of reduced C73S/C85S putidaredoxin, a [2Fe-2S] ferredoxin from Pseudomonas putida 提交 2004-09-30	结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–106（106 aa）	突变：C73S, C85S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；Ammonium sulfate, sodium citrate, sodium/potassium phosphate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.84 Å R-free 0.237
1XLP Structure of oxidized C73S putidaredoxin from Pseudomonas putida 提交 2004-09-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–107（106 aa）	突变：C73S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；lithium sulfate, sodium citrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.221
1XLP Structure of oxidized C73S putidaredoxin from Pseudomonas putida 提交 2004-09-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–107（106 aa）	突变：C73S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；lithium sulfate, sodium citrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.221
1XLP Structure of oxidized C73S putidaredoxin from Pseudomonas putida 提交 2004-09-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–107（106 aa）	突变：C73S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；lithium sulfate, sodium citrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.221
1XLP Structure of oxidized C73S putidaredoxin from Pseudomonas putida 提交 2004-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–107（106 aa）链 C 2–107（106 aa）	突变：C73S 突变：C73S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；lithium sulfate, sodium citrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.221
1XLQ Crystal structure of reduced C73S putidaredoxin from Pseudomonas putida 提交 2004-09-30	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–106（106 aa）	突变：C73S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；lithium sulfate, sodium citrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.45 Å R-free 0.201
1XLQ Crystal structure of reduced C73S putidaredoxin from Pseudomonas putida 提交 2004-09-30	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–106（106 aa）	突变：C73S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；lithium sulfate, sodium citrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.45 Å R-free 0.201
1XLQ Crystal structure of reduced C73S putidaredoxin from Pseudomonas putida 提交 2004-09-30	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–106（106 aa）	突变：C73S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；lithium sulfate, sodium citrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.45 Å R-free 0.201
1XLQ Crystal structure of reduced C73S putidaredoxin from Pseudomonas putida 提交 2004-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–106（106 aa）链 B 1–106（106 aa）	突变：C73S 突变：C73S	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；lithium sulfate, sodium citrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.45 Å R-free 0.201
1YJI RDC-refined Solution NMR structure of reduced putidaredoxin 提交 2005-01-14	突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–106（106 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl；压力 ambient NMR样品组成 1 mM reduced putidaredoxin 15N; 50 mM Tris-Cl buffer, 50 mM KCl, pH 7.4 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1YJJ RDC-refined Solution NMR structure of oxidized putidaredoxin 提交 2005-01-14	突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–106（106 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl；压力 ambient NMR样品组成 1 mM oxidized putidaredoxin 15N; 50 mM Tris-Cl buffer, 50 mM KCl, pH 7.4 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2M56 The structure of the complex of cytochrome P450cam and its electron donor putidaredoxin determined by paramagnetic NMR spectroscopy 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–107（106 aa）	突变：C74S	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CAM CAMPHOR × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；290 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 100 uM [U-95% 15N] entity_1-1, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
3LB8 Crystal structure of the covalent putidaredoxin reductase-putidaredoxin complex 提交 2010-01-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–107（106 aa）	突变：C73S, C85S	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；1.3 M malonate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3LB8 Crystal structure of the covalent putidaredoxin reductase-putidaredoxin complex 提交 2010-01-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–107（106 aa）	突变：C73S, C85S	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；1.3 M malonate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3W9C Crystal structure of the electron transfer complex of cytochrome p450cam with putidaredoxin 提交 2013-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–107（106 aa）	突变：C73S	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1M HEPES (PH7.5), 0.1M SODIUM CHLORIDE, 1.6M AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.50 Å R-free 0.251
4JWS Crystal structure of Cytochrome P450cam-putidaredoxin complex 提交 2013-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–107（106 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 1 1N0 1,1'-hexane-1,6-diyldipyrrolidine-2,5-dione × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.15 Å R-free 0.225
4JWS Crystal structure of Cytochrome P450cam-putidaredoxin complex 提交 2013-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–107（106 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 1 1N0 1,1'-hexane-1,6-diyldipyrrolidine-2,5-dione × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.15 Å R-free 0.225
4JWU Crystal structure of Cytochrome P450cam-putidaredoxin complex 提交 2013-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–107（107 aa）	突变：C85S, C73S, D19C	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 1 1N0 1,1'-hexane-1,6-diyldipyrrolidine-2,5-dione × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.266
4JWU Crystal structure of Cytochrome P450cam-putidaredoxin complex 提交 2013-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–107（107 aa）	突变：C85S, C73S, D19C	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.266
4JX1 Crystal structure of reduced Cytochrome P450cam-putidaredoxin complex bound to camphor and 5-exo-hydroxycamphor 提交 2013-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–107（107 aa）	突变：C85S, C73S, D19C	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CAM CAMPHOR × 1 CAH 5-EXO-HYDROXYCAMPHOR × 1 CA CALCIUM ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.09 Å R-free 0.212
4JX1 Crystal structure of reduced Cytochrome P450cam-putidaredoxin complex bound to camphor and 5-exo-hydroxycamphor 提交 2013-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–107（107 aa）	突变：C85S, C73S, D19C	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CAM CAMPHOR × 1 CA CALCIUM ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.09 Å R-free 0.212
4JX1 Crystal structure of reduced Cytochrome P450cam-putidaredoxin complex bound to camphor and 5-exo-hydroxycamphor 提交 2013-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–107（107 aa）	突变：C85S, C73S, D19C	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CAM CAMPHOR × 1 CAH 5-EXO-HYDROXYCAMPHOR × 1 CA CALCIUM ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 1N0 1,1'-hexane-1,6-diyldipyrrolidine-2,5-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.09 Å R-free 0.212
4JX1 Crystal structure of reduced Cytochrome P450cam-putidaredoxin complex bound to camphor and 5-exo-hydroxycamphor 提交 2013-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–107（107 aa）	突变：C85S, C73S, D19C	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CAM CAMPHOR × 1 CAH 5-EXO-HYDROXYCAMPHOR × 1 CA CALCIUM ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.09 Å R-free 0.212
5GXG High-resolution crystal structure of the electron transfer complex of cytochrome p450cam with putidaredoxin 提交 2016-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–107（106 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 SO4 SULFATE ION × 5 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M HEPES, 0.1M Sodium Chloride, 1.6M Ammonium sulfate	分辨率 1.70 Å R-free 0.192
5GXG High-resolution crystal structure of the electron transfer complex of cytochrome p450cam with putidaredoxin 提交 2016-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–107（106 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 SO4 SULFATE ION × 10 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M HEPES, 0.1M Sodium Chloride, 1.6M Ammonium sulfate	分辨率 1.70 Å R-free 0.192
6NBL Cytochrome P450cam-putidaredoxin complex bound to camphor and cyanide 提交 2018-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–107（106 aa）	突变：D19C, C74S	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 CAM CAMPHOR × 1 CA CALCIUM ION × 1 1N0 1,1'-hexane-1,6-diyldipyrrolidine-2,5-dione × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, 50 mM KCN	分辨率 2.15 Å R-free 0.254
6NBL Cytochrome P450cam-putidaredoxin complex bound to camphor and cyanide 提交 2018-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–107（106 aa）	突变：D19C, C74S	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 CAM CAMPHOR × 1 CA CALCIUM ION × 1 1N0 1,1'-hexane-1,6-diyldipyrrolidine-2,5-dione × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, 50 mM KCN	分辨率 2.15 Å R-free 0.254

共 19 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PUTX_PSEPU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–106； UniProt 1–106 作者链 B； PDB构建体 1–106； UniProt 1–106

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xln
沉积日期 deposition_date	2004-09-30
结构标题 title	Crystal structure of oxidized C73S/C85S putidaredoxin, a [2Fe-2S] ferredoxin from Pseudomonas putida
关键词 keywords	[2Fe-2S] ferredoxin, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.14 Å
零角强度 I(0) i0	10900600.00
分子量 molecular_weight	23109.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28198 Å³
包络体积 envelope_volume	33022 Å³
水化壳体积 shell_volume	15345 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.5 Å
壳层 Rg shell_rg	24.06 Å
包络 Rg envelope_rg	19.25 Å
形状 Rg shape_rg	19.12 Å
总 Rg total_rg	19.88 Å
总原子数 total_atoms	1596
残基数 n_residues	212
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.6 Å
Rg (实空间) rg_real	19.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5690e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7842
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.397
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.472
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1777000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.853; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putidaredoxin
分子量 formula_weight	11396.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.2
突变 mutation	C73S, C85S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1771

SKVVYVSHDGTRRELDVADGVSLMQAAVSNGIYDIVGDCGGSASCATCHVYVNEAFTDKVPAANEREIGMLESVTAELKPNSRLSCQIIMTPELDGIVVDVPDRQW

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas putida
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	303
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	175

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1xlna_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related

结构域编号 domain_id	d1xlnb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1xlnA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	1xlnB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.166 Å
晶胞边长 b length_b	75.449 Å
晶胞边长 c length_c	107.859 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.030 Å
最低分辨率 resolution_low	38.960 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2310

fit	/app/data/saxs_computation/xl/1xln/1xln.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xl/1xln/1xln.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xl/1xln/1xln.dat