1xme

Structure of Recombinant Cytochrome ba3 Oxidase from Thermus thermophilus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c oxidase polypeptide I

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cytochrome c oxidase polypeptide II × 1 （P98052） Cytochrome c oxidase polypeptide IIA × 1 （P82543） nonyl beta-D-glucopyranoside × 1 COPPER (II) ION × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME-AS × 1 GLYCEROL × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX1_THETH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–568； UniProt 2–562

Cytochrome c oxidase polypeptide II

Thermus thermophilus

UniProt P98052

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cytochrome c oxidase polypeptide I × 1 （Q56408） Cytochrome c oxidase polypeptide IIA × 1 （P82543） nonyl beta-D-glucopyranoside × 1 COPPER (II) ION × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME-AS × 1 GLYCEROL × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX2_THETH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–168； UniProt 1–168

Cytochrome c oxidase polypeptide IIA

Thermus thermophilus

UniProt P82543

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cytochrome c oxidase polypeptide I × 1 （Q56408） Cytochrome c oxidase polypeptide II × 1 （P98052） nonyl beta-D-glucopyranoside × 1 COPPER (II) ION × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME-AS × 1 GLYCEROL × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COXA_THET8
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–34； UniProt 1–34

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xme
沉积日期 deposition_date	2004-10-01
结构标题 title	Structure of Recombinant Cytochrome ba3 Oxidase from Thermus thermophilus
关键词 keywords	cytochrome oxidase, heme, heme-as, integral membrane protein, oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1xme__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1xme__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1xme__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.17 Å
Rg（电子密度）	25.84 Å
总 Rg	26.83 Å
原子数	6102
残基数	756
排除体积	111860 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1xme__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase polypeptide I
分子量 formula_weight	63402.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6177

MHHHHHHAVRASEISRVYEAYPEKKATLYFLVLGFLALIVGSLFGPFQALNYGNVDAYPLLKRLLPFVQSYYQGLTLHGVLNAIVFTQLFAQAIMVYLPARELNMRPNMGLMWLSWWMAFIGLVVAALPLLANEATVLYTFYPPLKGHWAFYLGASVFVLSTWVSIYIVLDLWRRWKAANPGKVTPLVTYMAVVFWLMWFLASLGLVLEAVLFLLPWSFGLVEGVDPLVARTLFWWTGHPIVYFWLLPAYAIIYTILPKQAGGKLVSDPMARLAFLLFLLLSTPVGFHHQFADPGIDPTWKMIHSVLTLFVAVPSLMTAFTVAASLEFAGRLRGGRGLFGWIRALPWDNPAFVAPVLGLLGFIPGGAGGIVNASFTLDYVVHNTAWVPGHFHLQVASLVTLTAMGSLYWLLPNLTGKPISDAQRRLGLAVVWLWFLGMMIMAVGLHWAGLLNVPRRAYIAQVPDAYPHAAVPMVFNVLAGIVLLVALLLFIYGLFSVLLSRERKPELAEAPLPFAEVISGPEDRRLVLAMDRIGFWFAVAAILVVLAYGPTLVQLFGHLNPVPGWRLW

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Thermus thermophilus HB8

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase polypeptide II
分子量 formula_weight	18581.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MVDEHKAHKAILAYEKGWLAFSLAMLFVFIALIAYTLATHTAGVIPAGKLERVDPTTVRQEGPWADPAQAVVQTGPNQYTVYVLAFAFGYQPNPIEVPQGAEIVFKITSPDVIHGFHVEGTNINVEVLPGEVSTVRYTFKRPGEYRIICNQYCGLGHQNMFGTIVVKE

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Thermus thermophilus HB8

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase polypeptide IIA
分子量 formula_weight	3769.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MEEKPKGALAVILVLTLTILVFWLGVYAVFFARG

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Thermus thermophilus HB8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	nonyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	306.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	HEME-AS
分子量 formula_weight	921.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	DINUCLEAR COPPER ION
分子量 formula_weight	127.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	75

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1xmea_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.24 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
超家族 Superfamily superfamily	f.24.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
家族 Family family	f.24.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like

结构域编号 domain_id	d1xmeb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

结构域编号 domain_id	d1xmeb2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamily	f.17.2 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
家族 Family family	f.17.2.1 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region

结构域编号 domain_id	d1xmec_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.9 — Bacterial ba3 type cytochrome c oxidase subunit IIa
家族 Family family	f.23.9.1 — Bacterial ba3 type cytochrome c oxidase subunit IIa

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1xmeA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain

结构域编号 domain_id	1xmeB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

结构域编号 domain_id	1xmeB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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晶胞边长 a length_a	114.902 Å
晶胞边长 b length_b	114.902 Å
晶胞边长 c length_c	177.064 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	21.420 Å
R 因子 r_factor	0.2170
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2360

Structure of Recombinant Cytochrome ba3 Oxidase from Thermus thermophilus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c oxidase polypeptide I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase polypeptide II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase polypeptide IIA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1xme__assembly_1__model_1

1xme__assembly_1__model_1 | I(q)

1xme__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)