1xoe

N9 Tern influenza neuraminidase complexed with (2R,4R,5R)-5-(1-Acetylamino-3-methyl-butyl-pyrrolidine-2, 4-dicarobyxylic acid 4-methyl esterdase complexed with

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuraminidase

物种未注明

UniProt P03472

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 84–470 片段:N9 tern Influenza Neuraminidase ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ABX 5-[1-(ACETYLAMINO)-3-METHYLBUTYL]-4-(METHOXYCARBONYL)PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.315
2 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 84–470 片段:N9 tern Influenza Neuraminidase ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 MAN alpha-D-mannopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ABX 5-[1-(ACETYLAMINO)-3-METHYLBUTYL]-4-(METHOXYCARBONYL)PROLINE × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.315

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NRAM_IATRA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–387; UniProt 84–470

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1xoe

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1xoe
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1xoe
沉积日期 deposition_date2004-10-06
结构标题 titleN9 Tern influenza neuraminidase complexed with (2R,4R,5R)-5-(1-Acetylamino-3-methyl-butyl-pyrrolidine-2, 4-dicarobyxylic acid 4-methyl esterdase complexed with
关键词 keywordsNeuraminidase, pyrrolidine inhibitors, Influenza, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.28
零角强度 I(0) i037396100.00
分子量 molecular_weight45433.0 kDa
排除体积 excluded_volume55942 ų
包络体积 envelope_volume63810 ų
水化壳体积 shell_volume25170 ų
包络直径 envelope_diameter79.0
壳层 Rg shell_rg27.96
包络 Rg envelope_rg21.30
形状 Rg shape_rg20.25
总 Rg total_rg21.24
总原子数 total_atoms3187
残基数 n_residues387
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.6
Rg (实空间) rg_real21.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real3.7400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.03
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8132
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.6
偏度 Skewness skewness0.322
峰度 Kurtosis kurtosis0.051
角度范围 angular_range— – 0.3750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15730000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.538; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.995

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1xoea_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.68.1 — Sialidases
家族 Family familyb.68.1.1 — Sialidases (neuraminidases)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1xoeA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)