SAXSdb — 1xql

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xql
沉积日期 deposition_date	2004-10-12
结构标题 title	Effect of a Y265F Mutant on the Transamination Based Cycloserine Inactivation of Alanine Racemase
关键词 keywords	alanine racemase, cycloserine, tim barrel, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.46 Å
零角强度 I(0) i0	116039000.00
分子量 molecular_weight	86274.0 kDa
排除体积 excluded_volume	108480 Å³
包络体积 envelope_volume	126180 Å³
水化壳体积 shell_volume	37574 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.8 Å
壳层 Rg shell_rg	35.59 Å
包络 Rg envelope_rg	27.58 Å
形状 Rg shape_rg	27.49 Å
总 Rg total_rg	28.13 Å
总原子数 total_atoms	6087
残基数 n_residues	760
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	116000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8843
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.350
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.351
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	63050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.983

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Alanine racemase
分子量 formula_weight	43679.1 kDa
EC 编号 ec_number	5.1.1.1
突变 mutation	Y265F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6736

MNDFHRDTWAEVDLDAIYDNVENLRRLLPDDTHIMAVVKANAYGHGDVQVARTALEAGASRLAVAFLDEALALREKGIEAPILVLGASRPADAALAAQQRIALTVFRSDWLEEASALYSGPFPIHFHLKMDTGMGRLGVKDEEETKRIVALIERHPHFVLEGLYTHFATADEVNTDYFSYQYTRFLHMLEWLPSRPPLVHCANSAASLRFPDRTFNMVRFGIAMYGLAPSPGIKPLLPYPLKEAFSLHSRLVHVKKLQPGEKVSFGATYTAQTEEWIGTIPIGYADGWLRRLQHFHVLVDGQKAPIVGRICMDQCMIRLPGPLPVGTKVTLIGRQGDEVISIDDVARHLETINYEVPCTISYRVPRIFFRHKRIMEVRNAIGRGESSA

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	248.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.1.1.1
突变 mutation	Y265F
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	(5-HYDROXY-4-{[(3-HYDROXYISOXAZOL-4-YL)AMINO]METHYL}-6-METHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE
分子量 formula_weight	331.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	(R)-4-AMINO-ISOXAZOLIDIN-3-ONE
分子量 formula_weight	102.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	331

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1xqlA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	37 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1xqlA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alanine racemase

结构域编号 domain_id	1xqlB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	37 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1xqlB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alanine racemase

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	98.776 Å
晶胞边长 b length_b	89.795 Å
晶胞边长 c length_c	85.177 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	33.200 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2140

fit	/app/data/saxs_computation/xq/1xql/1xql.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xq/1xql/1xql.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xq/1xql/1xql.dat

Effect of a Y265F Mutant on the Transamination Based Cycloserine Inactivation of Alanine Racemase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution