SAXSdb — 1xzq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable tRNA modification GTPase trmE

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	N-{[4-({[(6R)-2-amino-5-formyl-4-oxo-1,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)phenyl]carbonyl}-L-glutamic acid × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	N-{[4-({[(6R)-2-amino-5-formyl-4-oxo-1,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)phenyl]carbonyl}-L-glutamic acid × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRME_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 33–482； UniProt 1–450 作者链 B； PDB构建体 33–149； UniProt 1–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xzq
沉积日期 deposition_date	2004-11-12
结构标题 title	Structure of the GTP-binding protein TrmE from Thermotoga maritima complexed with 5-formyl-THF
关键词 keywords	GTP-binding, THF-binding, tRNA-modification, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1xzq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1xzq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1xzq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.42 Å
Rg（电子密度）	28.79 Å
总 Rg	29.39 Å
原子数	4476
残基数	566
排除体积	80235 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1xzq__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1xzq__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable tRNA modification GTPase trmE
分子量 formula_weight	54189.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4476

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHWGSPNSSSVDKLMDTIVAVATPPGKGAIAILRLSGPDSWKIVQKHLRTRSKIVPRKAIHGWIHENGEDVDEVVVVFYKSPKSYTGEDMVEVMCHGGPLVVKKLLDLFLKSGARMAEPGEFTKRAFLNGKMDLTSAEAVRDLIEAKSETSLKLSLRNLKGGLRDFVDSLRRELIEVLAEIRVELDYPDEIETNTGEVVTRLERIKEKLTEELKKADAGILLNRGLRMVIVGKPNVGKSTLLNRLLNEDRAIVTDIPGTTRDVISEEIVIRGILFRIVDTAGVRSETNDLVERLGIERTLQEIEKADIVLFVLDASSPLDEEDRKILERIKNKRYLVVINKVDVVEKINEEEIKNKLGTDRHMVKISALKGEGLEKLEESIYRETQEIFERGSDSLITNLRQKQLLENVKGHLEDAIKSLKEGMPVDMASIDLERALNLLDEVTGRSFREDLLDTIFSNFCVGK

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Probable tRNA modification GTPase trmE
分子量 formula_weight	16363.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHWGSPNSSSVDKLMDTIVAVATPPGKGAIAILRLSGPDSWKIVQKHLRTRSKIVPRKAIHGWIHENGEDVDEVVVVFYKSPKSYTGEDMVEVMCHGGPLVVKKLLDLFLKSGARMAEPGEFTKRAFLNGK

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-{[4-({[(6R)-2-amino-5-formyl-4-oxo-1,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)phenyl]carbonyl}-L-glutamic acid
分子量 formula_weight	473.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1xzqa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.25 — TrmE connector domain
家族 Family family	a.24.25.1 — TrmE connector domain

结构域编号 domain_id	d1xzqa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1xzqa3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.250 — Folate-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.250.1 — Folate-binding domain
家族 Family family	d.250.1.2 — TrmE formyl-THF-binding domain

结构域编号 domain_id	d1xzqb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.250 — Folate-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.250.1 — Folate-binding domain
家族 Family family	d.250.1.2 — TrmE formyl-THF-binding domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1xzqA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1

结构域编号 domain_id	1xzqA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — tRNA modification GTPase MnmE domain 2

结构域编号 domain_id	1xzqA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1xzqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1

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晶胞边长 a length_a	130.030 Å
晶胞边长 b length_b	130.030 Å
晶胞边长 c length_c	113.840 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 62
空间群编号 int_tables_number	171
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	19.930 Å
R 因子 r_factor	0.2560
R_work r_work	0.2500
R_free r_free	0.3070

Structure of the GTP-binding protein TrmE from Thermotoga maritima complexed with 5-formyl-THF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable tRNA modification GTPase trmE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1xzq__assembly_1__model_1

1xzq__assembly_1__model_1 | I(q)

1xzq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the GTP-binding protein TrmE from Thermotoga maritima complexed with 5-formyl-THF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable tRNA modification GTPase trmE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1xzq__assembly_1__model_1

1xzq__assembly_1__model_1 | I(q)

1xzq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)