SAXSdb — 1y34

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;subtilisin BPN' ;

Bacillus amyloliquefaciens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	chymotrypsin inhibitor 2 × 1 （Q40059） CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 CITRIC ACID × 3 POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	chymotrypsin inhibitor 2 × 2 （Q40059） CALCIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CITRIC ACID × 6 POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 8 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUBT_BACAM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–275； UniProt 108–382

chymotrypsin inhibitor 2

Hordeum vulgare

UniProt Q40059

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;subtilisin BPN' ; × 1 （P00782） CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 CITRIC ACID × 3 POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	;subtilisin BPN' ; × 2 （P00782） CALCIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CITRIC ACID × 6 POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 8 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q40059_HORVU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 2–64； UniProt 22–84

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1y34
沉积日期 deposition_date	2004-11-23
结构标题 title	Crystal structure of the complex of subtilisin BPN' with chymotrypsin inhibitor 2 E60A mutant
关键词 keywords	serine protease; inhibitor, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1y34__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1y34__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1y34__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.31 Å
Rg（电子密度）	19.39 Å
总 Rg	20.27 Å
原子数	2598
残基数	345
排除体积	46084 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1y34__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1y34__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;subtilisin BPN' ;
分子量 formula_weight	28381.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.62
突变 mutation	C-terminal 6-His tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	3163

AQSVPYGVSQIKAPALHSQGYTGSNVKVAVIDSGIDSSHPDLKVAGGASMVPSETNPFQDNNSHGTHVAGTVAALNNSIGVLGVAPSASLYAVKVLGADGSGQYSWIINGIEWAIANNMDVINMSLGGPSGSAALKAAVDKAVASGVVVVAAAGNEGTSGSSSTVGYPGKYPSVIAVGAVDSSNQRASFSSVGPELDVMAPGVSIQSTLPGNKYGAYNGTSMASPHVAGAAALILSKHPNWTNTQVRSSLENTTTKLGDSFYYGKGLINVQAAAQHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus amyloliquefaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1390
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	chymotrypsin inhibitor 2
分子量 formula_weight	7225.6 kDa
突变 mutation	initiating Met, E60A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MKTEWPELVGKSVEEAKKVILQDKPAAQIIVLPVGTIVTMAYRIDRVRLFVDRLDNIAQVPRVG

来源 Source

来源生物 organism	Hordeum vulgare
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4513
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	POLYETHYLENE GLYCOL (N=34)
分子量 formula_weight	1529.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	499

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1y34e2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family family	c.41.1.1 — Subtilases

结构域编号 domain_id	d1y34e3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1y34i1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.40 — CI-2 family of serine protease inhibitors
超家族 Superfamily superfamily	d.40.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors
家族 Family family	d.40.1.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1y34E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Peptidase S8/S53 domain

结构域编号 domain_id	1y34I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Trypsin Inhibitor V; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin Inhibitor V, subunit A

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晶胞边长 a length_a	93.820 Å
晶胞边长 b length_b	93.820 Å
晶胞边长 c length_c	185.332 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	81.650 Å
R 因子 r_factor	0.1564
R_work r_work	0.1551
R_free r_free	0.1804

Crystal structure of the complex of subtilisin BPN' with chymotrypsin inhibitor 2 E60A mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;subtilisin BPN' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

chymotrypsin inhibitor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1y34__assembly_1__model_1

1y34__assembly_1__model_1 | I(q)

1y34__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the complex of subtilisin BPN' with chymotrypsin inhibitor 2 E60A mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;subtilisin BPN' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

chymotrypsin inhibitor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1y34__assembly_1__model_1

1y34__assembly_1__model_1 | I(q)

1y34__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)