SAXSdb — 1y4a

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1y4a
沉积日期 deposition_date	2004-11-30
结构标题 title	;Crystal structure of the complex of subtilisin BPN' with chymotrypsin inhibitor 2 M59R/E60S mutant ;
关键词 keywords	serine protease; inhibitor, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.90 Å
零角强度 I(0) i0	21565100.00
分子量 molecular_weight	35151.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43941 Å³
包络体积 envelope_volume	48903 Å³
水化壳体积 shell_volume	21282 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.6 Å
壳层 Rg shell_rg	25.88 Å
包络 Rg envelope_rg	19.27 Å
形状 Rg shape_rg	18.89 Å
总 Rg total_rg	19.86 Å
总原子数 total_atoms	2472
残基数 n_residues	338
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.4 Å
Rg (实空间) rg_real	19.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8595
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.284
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.166
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8952000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.730; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.984

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	;subtilisin BPN' ;
分子量 formula_weight	28381.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.62
突变 mutation	C-terminal 6-His tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	2907

AQSVPYGVSQIKAPALHSQGYTGSNVKVAVIDSGIDSSHPDLKVAGGASMVPSETNPFQDNNSHGTHVAGTVAALNNSIGVLGVAPSASLYAVKVLGADGSGQYSWIINGIEWAIANNMDVINMSLGGPSGSAALKAAVDKAVASGVVVVAAAGNEGTSGSSSTVGYPGKYPSVIAVGAVDSSNQRASFSSVGPELDVMAPGVSIQSTLPGNKYGAYNGTSMASPHVAGAAALILSKHPNWTNTQVRSSLENTTTKLGDSFYYGKGLINVQAAAQHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus amyloliquefaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1390
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

Entity 2 polymer

描述 description	chymotrypsin inhibitor 2
分子量 formula_weight	7267.6 kDa
突变 mutation	initiating Met, M59R/E60S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MKTEWPELVGKSVEEAKKVILQDKPAAQIIVLPVGTIVTRSYRIDRVRLFVDRLDNIAQVPRVG

来源 Source

来源生物 organism	Hordeum vulgare
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4513
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	POLYETHYLENE GLYCOL (N=34)
分子量 formula_weight	1529.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	420

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1y4ae_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family family	c.41.1.1 — Subtilases

结构域编号 domain_id	d1y4ai1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.40 — CI-2 family of serine protease inhibitors
超家族 Superfamily superfamily	d.40.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors
家族 Family family	d.40.1.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1y4aE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Peptidase S8/S53 domain

结构域编号 domain_id	1y4aI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Trypsin Inhibitor V; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin Inhibitor V, subunit A

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.446 Å
晶胞边长 b length_b	41.384 Å
晶胞边长 c length_c	63.881 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.41 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	59.760 Å
R 因子 r_factor	0.1581
R_work r_work	0.1557
R_free r_free	0.2031

fit	/app/data/saxs_computation/y4/1y4a/1y4a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y4/1y4a/1y4a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y4/1y4a/1y4a.dat

;Crystal structure of the complex of subtilisin BPN' with chymotrypsin inhibitor 2 M59R/E60S mutant ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)