SAXSdb — 1y52

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Avidin-related protein 4/5

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 25–150 链 Y； UniProt 25–150	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 BTN BIOTIN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate,0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1Y52	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Y53 Crystal structure of bacterial expressed avidin related protein 4 (AVR4) C122S 提交 2004-12-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 X 25–150（126 aa）链 Y 25–150（126 aa）	突变：C122S 突变：C122S	FMT FORMIC ACID × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.20 Å R-free 0.185
1Y55 Crystal structure of the C122S mutant of E. Coli expressed avidin related protein 4 (AVR4)-biotin complex 提交 2004-12-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 X 25–150（126 aa）链 Y 25–150（126 aa）	突变：C122S 突变：C122S	BTN BIOTIN × 4 FMT FORMIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.00 Å R-free 0.177
2FHL avidin related protein (AVR4)-BNA complex 提交 2005-12-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–145（121 aa）链 B 25–145（121 aa）	突变：C122S 突变：C122S	BNI 5-(2-OXO-HEXAHYDRO-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)-PENTANOIC ACID (4-NITRO-PHENYL)-AMIDE × 4 FMT FORMIC ACID × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；3.0M format, 0.1 M acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.05 Å R-free 0.177
2FHN Avidin related protein AVR4 (C122S, K109I mutant) in complex with BNA 提交 2005-12-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 X 25–145（121 aa）链 Y 25–145（121 aa）	突变：C122S,K109I 突变：C122S,K109I	BNI 5-(2-OXO-HEXAHYDRO-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)-PENTANOIC ACID (4-NITRO-PHENYL)-AMIDE × 4 FMT FORMIC ACID × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；3. M farmat, 0.1M acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.30 Å R-free 0.166
2MF6 Solution NMR structure of Chimeric Avidin, ChiAVD(I117Y), in the biotin bound form 提交 2013-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 B 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 C 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 D 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82	突变：I117Y 突变：I117Y 突变：I117Y 突变：I117Y	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；333 K；压力 1 NMR测量条件 pH 6.5；333 K；压力 1 NMR样品组成 0.7-1.2 mM [U-13C; U-15N] avidin-1, 0.7-1.2 mM d-biotin-2, 93 % H2O-3, 7 % D2O-4, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.7-1.2 mM [U-13C; U-15N] avidin-5, 0.7-1.2 mM d-biotin-6, 100 % D2O-7, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2OF8 Crystal structure of AVR4 (D39A/C122S)-BNA complex 提交 2007-01-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–150（126 aa）链 B 25–150（126 aa）	突变：D39A, C122S, D239A, C322S 突变：D39A, C122S, D239A, C322S	BNI 5-(2-OXO-HEXAHYDRO-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)-PENTANOIC ACID (4-NITRO-PHENYL)-AMIDE × 4 FMT FORMIC ACID × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；1.5-1.9M NaFormat, 0.1M Acetate, PH 4.2-4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.05 Å R-free 0.177
2OF9 Crystal structure of apo AVR4 (D39A/C122S) 提交 2007-01-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–150（126 aa）链 B 25–150（126 aa）	突变：D39A, C122S, D239A, C322S 突变：D39A, C122S, D239A, C322S	FMT FORMIC ACID × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.5-1.9M NaFormate, 0.1M Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.35 Å R-free 0.192
2OFA Crystal structure of apo AVR4 (R112L,C122S) 提交 2007-01-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–150（126 aa）链 B 25–150（126 aa）	突变：R112L, C122S, R312L, C322S 突变：R112L, C122S, R312L, C322S	FMT FORMIC ACID × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；293 K；1.5-1.9M NaFormate, 0.1M Acetate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.188
2OFB Crystal structure of AVR4 (R112L/C122S)-BNA complex 提交 2007-01-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–150（126 aa）链 B 25–150（126 aa）	突变：R112L, C122S, R312L, C322S 突变：R112L, C122S, R312L, C322S	BNI 5-(2-OXO-HEXAHYDRO-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)-PENTANOIC ACID (4-NITRO-PHENYL)-AMIDE × 4 FMT FORMIC ACID × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.5-1.9M NaFormate, 0.1M Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.16 Å R-free 0.187
3MM0 Crystal structure of chimeric avidin 提交 2010-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 B 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 C 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 D 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82	突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.3；293 K；20% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.1M Tris (pH 8.3), and 9mM ammonium sulfate, microbatch, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.309
3MM0 Crystal structure of chimeric avidin 提交 2010-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 F 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 G 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 H 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82	突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.3；293 K；20% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.1M Tris (pH 8.3), and 9mM ammonium sulfate, microbatch, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.309
3MM0 Crystal structure of chimeric avidin 提交 2010-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 K 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82	突变：I141Y 突变：I141Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.3；293 K；20% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.1M Tris (pH 8.3), and 9mM ammonium sulfate, microbatch, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.309
3MM0 Crystal structure of chimeric avidin 提交 2010-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 N 62–82（21 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82	突变：I141Y 突变：I141Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.3；293 K；20% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.1M Tris (pH 8.3), and 9mM ammonium sulfate, microbatch, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.309

共 10 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AVR4_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–126； UniProt 25–150 作者链 Y； PDB构建体 1–126； UniProt 25–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1y52
沉积日期 deposition_date	2004-12-02
结构标题 title	structure of insect cell (Baculovirus) expressed AVR4 (C122S)-biotin complex
关键词 keywords	avidin, avr4, streptavidin, high-affinity, hyper thermostability, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.43 Å
零角强度 I(0) i0	14202300.00
分子量 molecular_weight	28166.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35156 Å³
包络体积 envelope_volume	39528 Å³
水化壳体积 shell_volume	18598 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.5 Å
壳层 Rg shell_rg	24.07 Å
包络 Rg envelope_rg	17.95 Å
形状 Rg shape_rg	17.40 Å
总 Rg total_rg	18.49 Å
总原子数 total_atoms	1982
残基数 n_residues	240
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.5 Å
Rg (实空间) rg_real	18.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7581
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.273
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.206
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4554000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.624; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Avidin-related protein 4/5
分子量 formula_weight	14158.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y
原子数 atom_count	2104

ARKCSLTGKWTNNLGSIMTIRAVNSRGEFTGTYLTAVADNPGNITLSPLLGIQHKRASQPTFGFTVHWNFSESTTVFTGQCFIDRNGKEVLKTMWLLRSSVNDISYDWKATRVGYNNFTRLSTVEE

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	BIOTIN
分子量 formula_weight	244.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	121

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1y52x1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d1y52x2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1y52y1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d1y52y2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1y52X00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	1y52Y00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.963 Å
晶胞边长 b length_b	80.963 Å
晶胞边长 c length_c	140.698 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	38.920 Å
R 因子 r_factor	0.1933
R_work r_work	0.1929
R_free r_free	0.2004

fit	/app/data/saxs_computation/y5/1y52/1y52.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y5/1y52/1y52.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y5/1y52/1y52.dat

structure of insect cell (Baculovirus) expressed AVR4 (C122S)-biotin complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Avidin-related protein 4/5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction