1y56

Crystal structure of L-proline dehydrogenase from P.horikoshii

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hypothetical protein PH1363

Pyrococcus horikoshii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	sarcosine oxidase × 4 （Q5R1N3） FE (III) ION × 4 SULFATE ION × 4 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 4 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 4 CHLORIDE ION × 4 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 water × 8	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	sarcosine oxidase × 1 （Q5R1N3） FE (III) ION × 1 SULFATE ION × 1 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1 CHLORIDE ION × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE (III) ION × 1 SULFATE ION × 1 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O59088_PYRHO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–493； UniProt 3–495

sarcosine oxidase

Pyrococcus horikoshii

UniProt Q5R1N3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	hypothetical protein PH1363 × 4 （O59088） FE (III) ION × 4 SULFATE ION × 4 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 4 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 4 CHLORIDE ION × 4 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 water × 8	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	hypothetical protein PH1363 × 1 （O59088） FE (III) ION × 1 SULFATE ION × 1 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1 CHLORIDE ION × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	CHLORIDE ION × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5R1N3_PYRHO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–382； UniProt 1–382

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1y56
沉积日期 deposition_date	2004-12-02
结构标题 title	Crystal structure of L-proline dehydrogenase from P.horikoshii
关键词 keywords	dehydrogenase, protein-protein complex, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1y56__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1y56__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1y56__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	48.66 Å
Rg（电子密度）	48.21 Å
总 Rg	48.43 Å
原子数	27764
残基数	3432
排除体积	498070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1y56__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1y56__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1y56__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1y56__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	hypothetical protein PH1363
分子量 formula_weight	55639.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.99.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7147

MLMRPLDLTEKRGKKVTIYFEGKELEAYEGEKLPVALLANEIYWLTTSNEGRKRGAFTFGPVPMTVNGVKGLEARRIKVKDGMKIERQGYYDFHEEPVVEPGEIERVVVDVAIIGGGPAGIGAALELQQYLTVALIEERGWLGGDMWLKGIKQEGFNKDSRKVVEELVGKLNENTKIYLETSALGVFDKGEYFLVPVVRGDKLIEILAKRVVLATGAIDSTMLFENNDMPGVFRRDFALEVMNVWEVAPGRKVAVTGSKADEVIQELERWGIDYVHIPNVKRVEGNEKVERVIDMNNHEYKVDALIFADGRRPDINPITQAGGKLRFRRGYYSPVLDEYHRIKDGIYVAGSAVSIKPHYANYLEGKLVGAYILKEFGYDAQPCIYEEKLREYEPESLSIPRIPLDKFNLEDVQICGCDVSLKKVDEVIRKGITDLQIIKRLTHLAMGFCQGRYCLFNGAVVVSQRTGKKLSEIDLPVARSPIKNVKMGILARR

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus horikoshii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	70601
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	sarcosine oxidase
分子量 formula_weight	42737.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.99.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MLPEKSEIVVIGGGIVGVTIAHELAKRGEEVTVIEKRFIGSGSTFRCGTGIRQQFNDEANVRVMKRSVELWKKYSEEYGFSFKQTGYLFLLYDDEEVKTFKRNIEIQNKFGVPTKLITPEEAKEIVPLLDISEVIAASWNPTDGKADPFEATTAFAVKAKEYGAKLLEYTEVKGFLIENNEIKGVKTNKGIIKTGIVVNATNAWANLINAMAGIKTKIPIEPYKHQAVITQPIKRGTINPMVISFKYGHAYLTQTFHGGIIGGIGYEIGPTYDLTPTYEFLREVSYYFTKIIPALKNLLILRTWAGYYAKTPDSNPAIGRIEELNDYYIAAGFSGHGFMMAPAVGEMVAELITKGKTKLPVEWYDPYRFERGELRTAALQMG

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus horikoshii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	70601
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID
分子量 formula_weight	221.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	206

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1y56A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 — 2Fe-2S iron-sulphur cluster binding domain, sarcosine oxidase, alpha subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1y56A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1y56A04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 — BFD-like [2Fe-2S]-binding domain

结构域编号 domain_id	1y56B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1y56B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	9 — D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2

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晶胞边长 a length_a	172.219 Å
晶胞边长 b length_b	172.219 Å
晶胞边长 c length_c	175.398 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.860 Å
最低分辨率 resolution_low	19.850 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1817
R_free r_free	0.2256

Crystal structure of L-proline dehydrogenase from P.horikoshii

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hypothetical protein PH1363

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

sarcosine oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1y56__assembly_1__model_1

1y56__assembly_1__model_1 | I(q)

1y56__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of L-proline dehydrogenase from P.horikoshii

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hypothetical protein PH1363

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

sarcosine oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1y56__assembly_1__model_1

1y56__assembly_1__model_1 | I(q)

1y56__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)