SAXSdb — 1y6g

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1y6g
沉积日期 deposition_date	2004-12-06
结构标题 title	alpha-glucosyltransferase in complex with UDP and a 13_mer DNA containing a HMU base at 2.8 A resolution
关键词 keywords	Transferase, TRANSFERASE-DNA COMPLEX; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.73 Å
零角强度 I(0) i0	179731000.00
分子量 molecular_weight	101110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	123900 Å³
包络体积 envelope_volume	151760 Å³
水化壳体积 shell_volume	39841 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.0 Å
壳层 Rg shell_rg	38.80 Å
包络 Rg envelope_rg	31.24 Å
形状 Rg shape_rg	31.76 Å
总 Rg total_rg	32.19 Å
总原子数 total_atoms	7053
残基数 n_residues	809
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	179700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9004
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.282
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.621
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	64170000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.949

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(GPAPTPAPCPTP(5HU)PAPGPAPTPAP*G)-3'
分子量 formula_weight	4030.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	7132

GATACTUAGATAG

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(CPTPAPTPCPTPGPAPGPTPAPT)-3'
分子量 formula_weight	3652.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CTATCTGAGTAT

Entity 3 polymer

描述 description	DNA alpha-glucosyltransferase
分子量 formula_weight	47041.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.26
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MGSMRICIFMARGLEGCGVTKFSLEQRDWFIKNGHEVTLVYAKDKSFTRTSSHDHKSFSIPVILAKEYDKALKLVNDCDILIINSVPATSVQEATINNYKKLLDNIKPSIRVVVYQHDHSVLSLRRNLGLEETVRRADVIFSHSDNGDFNKVLMKEWYPETVSLFDDIEEAPTVYNFQPPMDIVKVRSTYWKDVSEINMNINRWIGRTTTWKGFYQMFDFHEKFLKPAGKSTVMEGLERSPAFIAIKEKGIPYEYYGNREIDKMNLAPNQPAQILDCYINSEMLERMSKSGFGYQLSKLNQKYLQRSLEYTHLELGACGTIPVFWKSTGENLKFRVDNTPLTSHDSGIIWFDENDMESTFERIKELSSDRALYDREREKAYEFLYQHQDSSFCFKEQFDIITK

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	COBALT HEXAMMINE(III)
分子量 formula_weight	161.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	79

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1y6gA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	1y6gA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	1y6gB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	1y6gB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.994 Å
晶胞边长 b length_b	120.520 Å
晶胞边长 c length_c	86.807 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.68 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2870

fit	/app/data/saxs_computation/y6/1y6g/1y6g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y6/1y6g/1y6g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y6/1y6g/1y6g.dat

alpha-glucosyltransferase in complex with UDP and a 13_mer DNA containing a HMU base at 2.8 A resolution

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)