1ybo

Crystal structure of the PDZ tandem of human syntenin with syndecan peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Syntenin 1

Homo sapiens

UniProt O00560

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 113–273 链 B; UniProt 113–273 未记录 Syndecan-4 × 2 (P31431) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;20% PEG 3350, 0.2M NH4Cl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP 分辨率 2.30 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 64 个其他 PDB 条目、186 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SDCB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–166; UniProt 113–273 作者链 B; PDB构建体 6–166; UniProt 113–273

Syndecan-4

物种未注明

UniProt P31431

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 182–198 链 D; UniProt 182–198 未记录 Syntenin 1 × 2 (O00560) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;20% PEG 3350, 0.2M NH4Cl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP 分辨率 2.30 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SDC4_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–17; UniProt 182–198 作者链 D; PDB构建体 1–17; UniProt 182–198

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ybo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ybo
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ybo
沉积日期 deposition_date2004-12-21
结构标题 titleCrystal structure of the PDZ tandem of human syntenin with syndecan peptide
关键词 keywordsPDZ domain, scaffolding protein, adhesion complex, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.12
零角强度 I(0) i023749600.00
分子量 molecular_weight36785.0 kDa
排除体积 excluded_volume46034 ų
包络体积 envelope_volume56885 ų
水化壳体积 shell_volume21706 ų
包络直径 envelope_diameter84.5
壳层 Rg shell_rg28.53
包络 Rg envelope_rg22.44
形状 Rg shape_rg22.12
总 Rg total_rg22.98
总原子数 total_atoms2580
残基数 n_residues337
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.0
Rg (实空间) rg_real23.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64
I(0) (实空间) i0_real2.3750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.03
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23750000.0000
解质量估计 total_estimate0.7936
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.1
偏度 Skewness skewness0.287
峰度 Kurtosis kurtosis-0.363
角度范围 angular_range— – 0.3450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19400000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.785; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1yboa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family familyb.36.1.1 — PDZ domain
结构域编号 domain_idd1yboa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family familyb.36.1.1 — PDZ domain
结构域编号 domain_idd1yboa3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1ybob1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family familyb.36.1.1 — PDZ domain
结构域编号 domain_idd1ybob2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family familyb.36.1.1 — PDZ domain
结构域编号 domain_idd1ybob3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1yboA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id1yboA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id1yboB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id1yboB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)