1yfj

T4Dam in Complex with AdoHcy and 15-mer Oligonucleotide Showing Semi-specific and Specific Contact

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA adenine methylase

Enterobacteria phage T4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(TPCPAPCPAPGPGPAPTPCPCPTPGPTP*G)-3' × 2 CHLORIDE ION × 3 CALCIUM ION × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(TPCPAPCPAPGPGPAPTPCPCPTPGPTP*G)-3' × 2 CHLORIDE ION × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 3	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(TPCPAPCPAPGPGPAPTPCPCPTPGPTP*G)-3' × 2 CALCIUM ION × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 3	与全部聚合物一致
4	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(TPCPAPCPAPGPGPAPTPCPCPTPGPTP*G)-3' × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 3	与全部聚合物一致
5	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(TPCPAPCPAPGPGPAPTPCPCPTPGPTP*G)-3' × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与全部聚合物一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DMA_BPT4
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259 作者链 B； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259 作者链 C； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259 作者链 D； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259 作者链 E； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259 作者链 F； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yfj
沉积日期 deposition_date	2005-01-02
结构标题 title	T4Dam in Complex with AdoHcy and 15-mer Oligonucleotide Showing Semi-specific and Specific Contact
关键词 keywords	T4DAM, METHYLTRANSFERASE, DNA, PROTEIN-DNA COMPLEX, TRANSFERASE-DNA COMPLEX; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1yfj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1yfj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1yfj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.24 Å
Rg（电子密度）	23.84 Å
总 Rg	24.73 Å
原子数	2750
残基数	289
排除体积	47130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1yfj__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1yfj__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1yfj__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1yfj__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1yfj__assembly_5__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1yfj__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(TPCPAPCPAPGPGPAPTPCPCPTPGPTP*G)-3'
分子量 formula_weight	4585.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	1,2,3,4,5,6,7,8,9,0
原子数 atom_count	15008

TCACAGGATCCTGTG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA adenine methylase
分子量 formula_weight	30461.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.72
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F

MLGAIAYTGNKQSLLPELKSHFPKYNRFVDLFCGGLSVSLNVNGPVLANDIQEPIIEMYKRLINVSWDDVLKVIKQYKLSKTSKEEFLKLREDYNKTRDPLLLYVLHFHGFSNMIRINDKGNFTTPFGKRTINKNSEKRFNHFKQNCDKIIFSSLHFKDVKILDGDFVYVDPPYLITVADYNKFWSEDEEKDLLNLLDSLNDRGIKFGLSNVLEHHGKENTLLKEWSKKYNVKHLNKKYVFNIYHSKEKNGTDEVYIFN

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	343

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1yfja1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.28 — N6 adenine-specific DNA methylase, DAM

结构域编号 domain_id	d1yfjb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.28 — N6 adenine-specific DNA methylase, DAM

结构域编号 domain_id	d1yfjc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.28 — N6 adenine-specific DNA methylase, DAM

结构域编号 domain_id	d1yfjd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.28 — N6 adenine-specific DNA methylase, DAM

结构域编号 domain_id	d1yfje_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.28 — N6 adenine-specific DNA methylase, DAM

结构域编号 domain_id	d1yfjf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.28 — N6 adenine-specific DNA methylase, DAM

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1yfjA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	1yfjA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1020 — Adenine-specific Methyltransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2

结构域编号 domain_id	1yfjB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	1yfjB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1020 — Adenine-specific Methyltransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2

结构域编号 domain_id	1yfjC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	1yfjC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1020 — Adenine-specific Methyltransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2

结构域编号 domain_id	1yfjD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	1yfjD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1020 — Adenine-specific Methyltransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2

结构域编号 domain_id	1yfjE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	1yfjE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1020 — Adenine-specific Methyltransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2

结构域编号 domain_id	1yfjF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	1yfjF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1020 — Adenine-specific Methyltransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2

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晶胞边长 a length_a	111.200 Å
晶胞边长 b length_b	133.000 Å
晶胞边长 c length_c	189.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.690 Å
最低分辨率 resolution_low	34.780 Å
R 因子 r_factor	0.2060
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2500

T4Dam in Complex with AdoHcy and 15-mer Oligonucleotide Showing Semi-specific and Specific Contact

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA adenine methylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1yfj__assembly_1__model_1

1yfj__assembly_1__model_1 | I(q)

1yfj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (2)

T4Dam in Complex with AdoHcy and 15-mer Oligonucleotide Showing Semi-specific and Specific Contact

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA adenine methylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1yfj__assembly_1__model_1

1yfj__assembly_1__model_1 | I(q)

1yfj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (2)