1yhu

Crystal structure of Riftia pachyptila C1 hemoglobin reveals novel assembly of 24 subunits.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hemoglobin A1 chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Giant hemoglobins B chain × 6 （P80592） hemoglobin B1a chain × 6 （Q8IFK2） hemoglobin B2 chain × 6 （Q8IFJ9） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 24 OXYGEN MOLECULE × 24 ZINC ION × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8IFK4_RIFPA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 14–128； UniProt 1–115 作者链 E； PDB构建体 14–128； UniProt 1–115 作者链 I； PDB构建体 14–128； UniProt 1–115 作者链 M； PDB构建体 14–128； UniProt 1–115 作者链 Q； PDB构建体 14–128； UniProt 1–115 作者链 U； PDB构建体 14–128； UniProt 1–115

Giant hemoglobins B chain

物种未注明

UniProt P80592

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	hemoglobin A1 chain × 6 （Q8IFK4） hemoglobin B1a chain × 6 （Q8IFK2） hemoglobin B2 chain × 6 （Q8IFJ9） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 24 OXYGEN MOLECULE × 24 ZINC ION × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLBB_RIFPA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 F； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 J； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 N； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 R； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 V； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144

hemoglobin B1a chain

物种未注明

UniProt Q8IFK2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	hemoglobin A1 chain × 6 （Q8IFK4） Giant hemoglobins B chain × 6 （P80592） hemoglobin B2 chain × 6 （Q8IFJ9） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 24 OXYGEN MOLECULE × 24 ZINC ION × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8IFK2_RIFPA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 16–133； UniProt 1–118 作者链 G； PDB构建体 16–133； UniProt 1–118 作者链 K； PDB构建体 16–133； UniProt 1–118 作者链 O； PDB构建体 16–133； UniProt 1–118 作者链 S； PDB构建体 16–133； UniProt 1–118 作者链 W； PDB构建体 16–133； UniProt 1–118

hemoglobin B2 chain

物种未注明

UniProt Q8IFJ9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	hemoglobin A1 chain × 6 （Q8IFK4） Giant hemoglobins B chain × 6 （P80592） hemoglobin B1a chain × 6 （Q8IFK2） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 24 OXYGEN MOLECULE × 24 ZINC ION × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8IFJ9_RIFPA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 16–132； UniProt 1–117 作者链 H； PDB构建体 16–132； UniProt 1–117 作者链 L； PDB构建体 16–132； UniProt 1–117 作者链 P； PDB构建体 16–132； UniProt 1–117 作者链 T； PDB构建体 16–132； UniProt 1–117 作者链 X； PDB构建体 16–132； UniProt 1–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yhu
沉积日期 deposition_date	2005-01-10
结构标题 title	Crystal structure of Riftia pachyptila C1 hemoglobin reveals novel assembly of 24 subunits.
关键词 keywords	hemoglobin, globin fold, OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX; OXYGEN STORAGE/TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1yhu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1yhu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1yhu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	48.45 Å
Rg（电子密度）	47.57 Å
总 Rg	47.87 Å
原子数	27804
残基数	3516
排除体积	492260 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1yhu__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	hemoglobin A1 chain
分子量 formula_weight	15795.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M,Q,U
原子数 atom_count	27804

ACAMLERAKVKDEWAKAYGIGAARSKFGDALWRNVFNYAPNARDIFESVNSKDMASPEFKAHIARVLGGLDRVISMLDNQATLDADLAHLKSQHDPRTIDPVNFVVFRKALIATVAGTFGVCFDVPAWQGCYNIIAKGITGSDAA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Giant hemoglobins B chain
分子量 formula_weight	16158.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N,R,V

DYVCGPLQRLKVKRQWAEAYGSGNSREEFGHFIWSHVFQHSPAARDMFKRVRGDNIHTPAFRAHATRVLGGLDMCIALLDDEPVLNTQLAHLAKQHETRGVEAAHYDTVNHAVMMGVENVIGSEVFDQDAWKPCLNVITNGIQG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	hemoglobin B1a chain
分子量 formula_weight	15285.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O,S,W

AANCADAAAAIVQAQWEDVWSAAAAAASRVSAGEEVFAALFKMVPAAKNLFTRVNVADINSPEFQGHVVRVMGGLDILINALDDIPTLESMLDHLAGQHAVRDGVTGAGFQLMATVLMESLPQVVEGFNPDAWASCLAGIAAAISSAL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	hemoglobin B2 chain
分子量 formula_weight	16162.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P,T,X

AASCTTEDRREMQLMWGNVWSAQFTGRRIAIAQAVFKDLFANVPDAVGLFGAVKGDEVNSNEFKAHCIRVVNGLDSSIGLLSDPATLNEQLSHLATQHKARSGVTKGGFSAIAQSFLRVMPQVASCFNPDAWSRCFNRITTGMTEPLPA

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 42 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_id	d1yhua_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhub_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhud_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhue_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhuf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhuh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhui_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhuj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhul_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhum_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhun_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhup_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhuq_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhur_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhut_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhuu_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhuv_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yhux_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	1yhuA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuM00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuO00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuQ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuR00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuS00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuT00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuU00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuV00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuW00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	1yhuX00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

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晶胞边长 a length_a	195.840 Å
晶胞边长 b length_b	195.840 Å
晶胞边长 c length_c	308.820 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2433
R_work r_work	0.2433
R_free r_free	0.2707

Crystal structure of Riftia pachyptila C1 hemoglobin reveals novel assembly of 24 subunits.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hemoglobin A1 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Giant hemoglobins B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

hemoglobin B1a chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

hemoglobin B2 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1yhu__assembly_1__model_1

1yhu__assembly_1__model_1 | I(q)

1yhu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 42 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Riftia pachyptila C1 hemoglobin reveals novel assembly of 24 subunits.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hemoglobin A1 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Giant hemoglobins B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

hemoglobin B1a chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

hemoglobin B2 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1yhu__assembly_1__model_1

1yhu__assembly_1__model_1 | I(q)

1yhu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 42 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)