1yj3

Crystal structure analysis of product bound methionine aminopeptidase Type 1c from Mycobacterium Tuberculosis

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 55.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yj3
沉积日期 deposition_date	2005-01-13
结构标题 title	Crystal structure analysis of product bound methionine aminopeptidase Type 1c from Mycobacterium Tuberculosis
关键词 keywords	pita bread fold, complexed with Two Cobalt and Methionine, C285 modification by oxidized beta-mercapto ethanol, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.66 Å
零角强度 I(0) i0	16876800.00
分子量 molecular_weight	30948.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38583 Å³
包络体积 envelope_volume	42030 Å³
水化壳体积 shell_volume	19366 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.0 Å
壳层 Rg shell_rg	24.29 Å
包络 Rg envelope_rg	17.93 Å
形状 Rg shape_rg	17.68 Å
总 Rg total_rg	18.48 Å
总原子数 total_atoms	2169
残基数 n_residues	282
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.3 Å
Rg (实空间) rg_real	18.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16880000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9100
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.132
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.524
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.984

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Methionine aminopeptidase
分子量 formula_weight	31750.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2490

HHHHHHMPSRTALSPGVLSPTRPVPNWIARPEYVGKPAAQEGSEPWVQTPEVIEKMRVAGRIAAGALAEAGKAVAPGVTTDELDRIAHEYLVDNGAYPSTLGYKGFPKSCCTSLNEVICHGIPDSTVITDGDIVNIDVTAYIGGVHGDTNATFPAGDVADEHRLLVDRTREATMRAINTVKPGRALSVIGRVIESYANRFGYNVVRDFTGHGIGTTFHNGLVVLHYDQPAVETIMQPGMTFTIEPMINLGALDYEIWDDGWTVVTKDRKWTAQFEHTLLVTDTGVEILTCL

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	METHIONINE
分子量 formula_weight	149.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	321

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1yj3A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Creatine Amidinohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.360 Å
晶胞边长 b length_b	48.160 Å
晶胞边长 c length_c	56.540 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.05 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2160
R_work r_work	0.2025
R_free r_free	0.2472

fit	/app/data/saxs_computation/yj/1yj3/1yj3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yj/1yj3/1yj3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yj/1yj3/1yj3.dat