1yko

Protocatechuate 3,4-Dioxygenase Y408H mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

Pseudomonas putida

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain × 12 （P00437） FE (III) ION × 12 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCXA_PSEPU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200 作者链 C； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200 作者链 E； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200 作者链 G； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200 作者链 I； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200 作者链 K； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200

Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

Pseudomonas putida

UniProt P00437

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain × 12 （P00436） FE (III) ION × 12 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCXB_PSEPU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 D； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 F； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 H； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 J； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 L； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yko
沉积日期 deposition_date	2005-01-18
结构标题 title	Protocatechuate 3,4-Dioxygenase Y408H mutant
关键词 keywords	protocatechuate catechol, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1yko__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1yko__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1yko__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	54.35 Å
Rg（电子密度）	53.22 Å
总 Rg	53.44 Å
原子数	41388
残基数	5244
排除体积	728070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1yko__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
分子量 formula_weight	22278.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	21444

PIELLPETPSQTAGPYVHIGLALEAAGNPTRDQEIWNRLAKPDAPGEHILLLGQVYDGNGHLVRDSFLEVWQADANGEYQDAYNLENAFNSFGRTATTFDAGEWTLHTVKPGVVNNAAGVPMAPHINISLFARGINIHLHTRLYFDDEAQANAKCPVLNLIEQPQRRETLIAKRCEVDGKTAYRFDIRIQGEGETVFFDF

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas putida
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	303
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
分子量 formula_weight	26747.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.3
突变 mutation	Y408H
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

PAQDNSRFVIRDRNWHPKALTPDYKTSIARSPRQALVSIPQSISETTGPNFSHLGFGAHDHDLLLNFNNGGLPIGERIIVAGRVVDQYGKPVPNTLVEMWQANAGGRHRHKNDRYLAPLDPNFGGVGRCLTDSDGYYSFRTIKPGPYPWRNGPNDWRPAHIHFGISGPSIATKLITQLYFEGDPLIPMCPIVKSIANPEAVQQLIAKLDMNNANPMDCLAYRFDIVLRGQRKTHFENC

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas putida
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	303
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	750

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1ykoa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d1ykob1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d1ykoc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d1ykod_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d1ykoe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d1ykof_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d1ykog_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d1ykoh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d1ykoi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d1ykoj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d1ykok_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d1ykol_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1ykoA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	1ykoB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	1ykoC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	1ykoD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	1ykoE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	1ykoF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	1ykoG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	1ykoH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	1ykoI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	1ykoJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	1ykoK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	1ykoL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

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晶胞边长 a length_a	196.590 Å
晶胞边长 b length_b	127.630 Å
晶胞边长 c length_c	134.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.540 Å
最低分辨率 resolution_low	37.270 Å
R 因子 r_factor	0.1830
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	0.2170

Protocatechuate 3,4-Dioxygenase Y408H mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1yko__assembly_1__model_1

1yko__assembly_1__model_1 | I(q)

1yko__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Protocatechuate 3,4-Dioxygenase Y408H mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1yko__assembly_1__model_1

1yko__assembly_1__model_1 | I(q)

1yko__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)