1yuk

The crystal structure of the PSI/Hybrid domain/ I-EGF1 segment from the human integrin beta2 at 1.8 resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 87.7 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrin beta-2 A chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–125 链 B； UniProt 365–482	片段：PSI domain 片段：I-EGF domain	NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；18% PEG 8000, 0.2M calcium acetate, 0.1M Sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1YUK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1L3Y INTEGRIN EGF-LIKE MODULE 3 FROM THE BETA-2 SUBUNIT 提交 2002-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 535–574（40 aa）片段：RESIDUES 535-574	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）5mM NaPO4；压力 ambient NMR样品组成 1 mM I-EGF3 U-15N, 5 mM NaPO4 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM I-EGF3, 5 mM NaPO4 \| 100% D2O	分辨率未提供
2JF1 CRYSTAL STRUCTURE OF THE FILAMIN A REPEAT 21 COMPLEXED WITH THE INTEGRIN BETA2 CYTOPLASMIC TAIL PEPTIDE 提交 2007-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 T 735–769（35 aa）片段：RESIDUES 735-769	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；1.6-1.58 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M NA-ACETATE PH 4.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.278
2P26 Structure of the PHE2 and PHE3 fragments of the integrin beta2 subunit 提交 2007-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–122（100 aa）片段：PHE2 and PHE3 链 A 362–535（174 aa）片段：PHE2 and PHE3	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.2M Magnesium acetate, 0.1M sodium acetate, pH4.6, 18% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.75 Å R-free 0.253
2P28 Structure of the PHE2 and PHE3 fragments of the integrin beta2 subunit 提交 2007-03-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–122（100 aa）片段：PHE2 fragment 链 B 362–574（213 aa）片段：PHE3 fragment	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M ammonium sulphate, 15% PEG4000, 5% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.308
3K6S Structure of integrin alphaXbeta2 ectodomain 提交 2009-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–700（678 aa）片段：residues 23-700	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；277 K；0.55M tri-sodium citrate, 0.1M imidazole, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 3.50 Å R-free 0.335
3K6S Structure of integrin alphaXbeta2 ectodomain 提交 2009-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 23–700（678 aa）片段：residues 23-700	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；277 K；0.55M tri-sodium citrate, 0.1M imidazole, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 3.50 Å R-free 0.335
3K6S Structure of integrin alphaXbeta2 ectodomain 提交 2009-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 23–700（678 aa）片段：residues 23-700	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；277 K；0.55M tri-sodium citrate, 0.1M imidazole, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 3.50 Å R-free 0.335
3K6S Structure of integrin alphaXbeta2 ectodomain 提交 2009-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 23–700（678 aa）片段：residues 23-700	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；277 K；0.55M tri-sodium citrate, 0.1M imidazole, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 3.50 Å R-free 0.335
3K6S Structure of integrin alphaXbeta2 ectodomain 提交 2009-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 23–700（678 aa）片段：residues 23-700 链 D 23–700（678 aa）片段：residues 23-700 链 F 23–700（678 aa）片段：residues 23-700 链 H 23–700（678 aa）片段：residues 23-700	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CA CALCIUM ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；277 K；0.55M tri-sodium citrate, 0.1M imidazole, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 3.50 Å R-free 0.335
3K71 Structure of integrin alphaX beta2 ectodomain 提交 2009-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–700（678 aa）片段：residues 23-700	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.55M tri-sodium citrate, 0.05M MgCl2, 0.1M imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.95 Å R-free 0.373
3K71 Structure of integrin alphaX beta2 ectodomain 提交 2009-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 23–700（678 aa）片段：residues 23-700	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.55M tri-sodium citrate, 0.05M MgCl2, 0.1M imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.95 Å R-free 0.373
3K71 Structure of integrin alphaX beta2 ectodomain 提交 2009-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 23–700（678 aa）片段：residues 23-700	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.55M tri-sodium citrate, 0.05M MgCl2, 0.1M imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.95 Å R-free 0.373
3K71 Structure of integrin alphaX beta2 ectodomain 提交 2009-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 23–700（678 aa）片段：residues 23-700	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.55M tri-sodium citrate, 0.05M MgCl2, 0.1M imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.95 Å R-free 0.373
3K71 Structure of integrin alphaX beta2 ectodomain 提交 2009-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 23–700（678 aa）片段：residues 23-700 链 D 23–700（678 aa）片段：residues 23-700 链 F 23–700（678 aa）片段：residues 23-700 链 H 23–700（678 aa）片段：residues 23-700	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 CA CALCIUM ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.55M tri-sodium citrate, 0.05M MgCl2, 0.1M imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.95 Å R-free 0.373
3K72 Structure of integrin alphaX beta2 提交 2009-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–700（678 aa）片段：residues 23-700	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；0.915M sodium/potassium phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.70 Å R-free 0.335
3K72 Structure of integrin alphaX beta2 提交 2009-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 23–700（678 aa）片段：residues 23-700	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4 MAN alpha-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；0.915M sodium/potassium phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.70 Å R-free 0.335
3K72 Structure of integrin alphaX beta2 提交 2009-10-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 23–700（678 aa）片段：residues 23-700 链 D 23–700（678 aa）片段：residues 23-700	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 CA CALCIUM ION × 16 MAN alpha-D-mannopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；0.915M sodium/potassium phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.70 Å R-free 0.335
4NEH An internal ligand-bound, metastable state of a leukocyte integrin, aXb2 提交 2013-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–696（674 aa）片段：CD18	突变：N190D, N232K, V674C	CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；6% PEG 8000, 0.2 M Mg acetate, 0.1 M Na cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.75 Å R-free 0.225
4NEN An internal ligand-bound, metastable state of a leukocyte integrin, aXb2 提交 2013-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–696（674 aa）片段：CD18	突变：N190D, N232K and V696C	CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；6% PEG 8000, 0.2 M Mg acetate, 0.1 M Na cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
5E6R Structures of leukocyte integrin aLb2: The aI domain, the headpiece, and the pocket for the internal ligand 提交 2015-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–482（460 aa）片段：UNP residues 23-482	突变：N232R	MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES pH 6.5, 15% PEG 3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.229
5E6S Structures of leukocyte integrin aLB2: The aI domain, the headpiece, and the pocket for the internal ligand 提交 2015-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–482（460 aa）片段：UNP residues 23-482	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；0.1 M Tris, pH 8, 0.1 M NaCl, and 8% polyethylene glycol (PEG) 20,000	分辨率 2.15 Å R-free 0.234
5E6S Structures of leukocyte integrin aLB2: The aI domain, the headpiece, and the pocket for the internal ligand 提交 2015-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 23–482（460 aa）片段：UNP residues 23-482	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；0.1 M Tris, pH 8, 0.1 M NaCl, and 8% polyethylene glycol (PEG) 20,000	分辨率 2.15 Å R-free 0.234
5E6S Structures of leukocyte integrin aLB2: The aI domain, the headpiece, and the pocket for the internal ligand 提交 2015-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 23–482（460 aa）片段：UNP residues 23-482	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；0.1 M Tris, pH 8, 0.1 M NaCl, and 8% polyethylene glycol (PEG) 20,000	分辨率 2.15 Å R-free 0.234
5E6S Structures of leukocyte integrin aLB2: The aI domain, the headpiece, and the pocket for the internal ligand 提交 2015-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 23–482（460 aa）片段：UNP residues 23-482 链 D 23–482（460 aa）片段：UNP residues 23-482 链 F 23–482（460 aa）片段：UNP residues 23-482	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 CA CALCIUM ION × 15 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；0.1 M Tris, pH 8, 0.1 M NaCl, and 8% polyethylene glycol (PEG) 20,000	分辨率 2.15 Å R-free 0.234
5E6U Structures of leukocyte integrin aLb2: The aI domain, the headpiece, and the pocket for the internal ligand 提交 2015-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–482（460 aa）片段：UNP residues 23-482	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Mg-formate dehydrate and 15% PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.226
5E6V Re-refinement of the Crystal Structure of the Plexin-Semaphorin-Integrin Domain/Hybrid Domain/I-EGF1 Segment from the Human Integrin b2 Subunit 提交 2015-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–125（103 aa）片段：UNP residues 23-125, 365-482 链 A 365–482（118 aa）片段：UNP residues 23-125, 365-482	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.229
5E6W Re-refinement of the Crystal Structure of the Plexin-Semaphorin-Integrin Domain/Hybrid Domain/I-EGF1 Segment from the Human Integrin b2 Subunit 提交 2015-10-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–122（100 aa）片段：UNP residues 23-122, 362-574 链 A 362–574（213 aa）片段：UNP residues 23-122, 362-574	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
5E6X Re-refinement of the Crystal Structure of the Plexin-Semaphorin-Integrin Domain/Hybrid Domain/I-EGF1 Segment from the Human Integrin b2 Subunit 提交 2015-10-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–122（100 aa）片段：UNP residues 23-122 and 362 535 链 A 362–535（174 aa）片段：UNP residues 23-122 and 362 535	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.75 Å R-free 0.245
5ES4 RE-REFINEMENT OF INTEGRIN ALPHAXBETA2 ECTODOMAIN IN THE CLOSED/BENT CONFORMATION 提交 2015-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–696（674 aa）片段：UNP residues 23-696	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.55M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1M IMIDAZOLE, PH 6.5, EVAPORATION, TEMPERATURE 277K	分辨率 3.30 Å R-free 0.307
5ES4 RE-REFINEMENT OF INTEGRIN ALPHAXBETA2 ECTODOMAIN IN THE CLOSED/BENT CONFORMATION 提交 2015-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 23–696（674 aa）片段：UNP residues 23-696	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.55M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1M IMIDAZOLE, PH 6.5, EVAPORATION, TEMPERATURE 277K	分辨率 3.30 Å R-free 0.307
5ES4 RE-REFINEMENT OF INTEGRIN ALPHAXBETA2 ECTODOMAIN IN THE CLOSED/BENT CONFORMATION 提交 2015-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 23–696（674 aa）片段：UNP residues 23-696	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.55M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1M IMIDAZOLE, PH 6.5, EVAPORATION, TEMPERATURE 277K	分辨率 3.30 Å R-free 0.307
5ES4 RE-REFINEMENT OF INTEGRIN ALPHAXBETA2 ECTODOMAIN IN THE CLOSED/BENT CONFORMATION 提交 2015-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 23–696（674 aa）片段：UNP residues 23-696	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.55M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1M IMIDAZOLE, PH 6.5, EVAPORATION, TEMPERATURE 277K	分辨率 3.30 Å R-free 0.307
5XR1 Structure of FLN IG21 domain in complex with C-terminal peptide of beta-2 提交 2017-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 752–763（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] FLN IG21 domain, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5ZAZ Solution structure of integrin b2 monomer tranmembrane domain in bicelle 提交 2018-02-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 689–739（51 aa）	突变：C695S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] integrin b2, 20 mM Bis-Tris, 240 mM DHPC, 48 mM POPC, 24 mM POPG, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9ECL Structure of the human integrin beta2 transmembrane domain 提交 2024-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 696–735（40 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；313.2 K；离子强度（mmCIF原始值）0.025；压力 1 NMR样品组成 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] alphaX peptide, 350 mM 1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphoholine, 105 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 25 mM HEPES, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
9RM9 Cryo-EM structure of alphaM/beta2 headpiece complex without alphaM I-domain - the consensus map from alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex 提交 2025-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–482（460 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0.02 % w/v CHAPS added to sample just before vitrification	分辨率 2.60 Å
9T3Y Cryo-EM structure of alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex (HPO2 3D class reconstruction) 提交 2025-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 23–482（460 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0.02 % w/v CHAPS added to sample just before vitrification	分辨率 3.44 Å
9T5V Cryo-EM structure of alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex (HPO1 3D class reconstruction) 提交 2025-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 23–485（463 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0.02 % w/v CHAPS added to sample just before vitrification	分辨率 3.06 Å
9T5W Cryo-EM structure of mutant R61H alphaM/beta2 headpiece complex 提交 2025-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–482（460 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0.02 % w/v CHAPS added to sample just before vitrification	分辨率 2.74 Å
9T5Z Cryo-EM structure of alphaM/beta2:MEM148-Fab headpiece complex (without alphaM I-domain) 提交 2025-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 23–485（463 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 24 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–103； UniProt 23–125 作者链 B； PDB构建体 1–118； UniProt 365–482

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yuk
沉积日期 deposition_date	2005-02-14
结构标题 title	The crystal structure of the PSI/Hybrid domain/ I-EGF1 segment from the human integrin beta2 at 1.8 resolution
关键词 keywords	Integrin beta2, hybrid domain, PSI domain, I-EGF domain, crystal structure of PSI/HYBRID/I-EGF1, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.08 Å
零角强度 I(0) i0	12053800.00
分子量 molecular_weight	24246.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29593 Å³
包络体积 envelope_volume	38082 Å³
水化壳体积 shell_volume	15325 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.76 Å
包络 Rg envelope_rg	23.43 Å
形状 Rg shape_rg	23.12 Å
总 Rg total_rg	23.59 Å
总原子数 total_atoms	1687
残基数 n_residues	214
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.7 Å
Rg (实空间) rg_real	23.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12050000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7449
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.572
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.349
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2891000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.477; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.250; Smooth: 1.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Integrin beta-2 A chain
分子量 formula_weight	11386.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1906

QECTKFKVSSCRECIESGPGCTWCQKLNFTGPGDPDSIRCDTRPQLLMRGCAADDIMDPTSLAETQEDHNGGQKQLSPQKVTLYLRPGQAAAFNVTFRRAKGY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Integrin beta-2 B chain
分子量 formula_weight	13483.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SRVFLDHNALPDTLKVTYDSFCSNGVTHRNQPRGDCDGVQINVPITFQVKVTATECIQEQSFVIRALGFTDIVTVQVLPQCECRCRDQSRDRSLCHGKGFLECGICRCDTGYIGKNCEHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	219

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1yukA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1680 — ligand-binding face of the semaphorins, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ligand-binding face of the semaphorins, domain 2

结构域编号 domain_id	1yukA02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1yukB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1510 — ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3

结构域编号 domain_id	1yukB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	58.600 Å
晶胞边长 b length_b	31.818 Å
晶胞边长 c length_c	74.950 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2530

fit	/app/data/saxs_computation/yu/1yuk/1yuk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yu/1yuk/1yuk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yu/1yuk/1yuk.dat

The crystal structure of the PSI/Hybrid domain/ I-EGF1 segment from the human integrin beta2 at 1.8 resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrin beta-2 A chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)