1z1c

Structural Determinants of Tissue Tropism and In Vivo Pathogenicity for the Parvovirus Minute virus of Mice

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1z1c
沉积日期 deposition_date	2005-03-03
结构标题 title	Structural Determinants of Tissue Tropism and In Vivo Pathogenicity for the Parvovirus Minute virus of Mice
关键词 keywords	Immunosuppressive strain, MVMi, Minute virus of Mice, Icosahedral virus, Virus-DNA COMPLEX; Virus/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.94 Å
零角强度 I(0) i0	87798400.00
分子量 molecular_weight	67927.0 kDa
排除体积 excluded_volume	82484 Å³
包络体积 envelope_volume	120580 Å³
水化壳体积 shell_volume	34675 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.1 Å
壳层 Rg shell_rg	35.71 Å
包络 Rg envelope_rg	30.39 Å
形状 Rg shape_rg	29.88 Å
总 Rg total_rg	30.66 Å
总原子数 total_atoms	4763
残基数 n_residues	570
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.4 Å
Rg (实空间) rg_real	31.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	87800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8943
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.332
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.308
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5365000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.933

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(APTPCPCPTPCPTPAPTPCPAPC)-3'
分子量 formula_weight	3557.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	4864

ATCCTCTATCAC

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(APCPAPCPCPAPAPAP*A)-3'
分子量 formula_weight	2701.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

ACACCAAAA

Entity 3 polymer

描述 description	Coat protein VP2
分子量 formula_weight	64745.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MSDGTSQPDGGNAVHSAARVERAADGPGGSGGGGSGGGGVGVSTGSYDNQTHYRFLGDGWVEITALATRLVHLNMPKSENYCRIRVHNTTDTSVKGNMAKDDAHEQIWTPWSLVDANAWGVWLQPSDWQYICNTMSQLNLVSLDQEIFNVVLKTVTEQDSGGQAIKIYNNDLTACMMVAVDSNNILPYTPAANSMETLGFYPWKPTIASPYRYYFCVDRDLSVTYENQEGTIEHNVMGTPKGMNSQFFTIENTQQITLLRTGDEFATGTYYFDTNPVKLTHTWQTNRQLGQPPLLSTFPEADTDAGTLTAQGSRHGATQMEVNWVSEAIRTRPAQVGFCQPHNDFEASRAGPFAAPKVPADVTQGMDREANGSVRYSYGKQHGENWAAHGPAPERYTWDETNFGSGRDTRDGFIQSAPLVVPPPLNGILTNANPIGTKNDIHFSNVFNSYGPLTTFSHPSPVYPQGQIWDKELDLEHKPRLHITAPFVCKNNAPGQMLVRLGPNLTDQYDPNGATLSRIVTYGTFFWKGKLTMRAKLRANTTWNPVYQVSVEDNGNSYMSVTKWLPTATGNMQSVPLITRPVARNTY

来源 Source

来源生物 organism	Murine minute virus (STRAIN MVMI)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10795
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	331.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	101

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1z1ca1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.2 — Parvoviridae-like VP

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1z1cA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	448.700 Å
晶胞边长 b length_b	416.700 Å
晶胞边长 c length_c	305.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	240

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.3250
R_free r_free	0.3290

fit	/app/data/saxs_computation/z1/1z1c/1z1c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z1/1z1c/1z1c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z1/1z1c/1z1c.dat

Structural Determinants of Tissue Tropism and In Vivo Pathogenicity for the Parvovirus Minute virus of Mice

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)